Week 7
wirussen
·
niet kuend/geen organisme
⇌
genetisch materiaal
·
eiwilmantel
·
afhankelijk van andere cellen voor replicatie
Prokaryote micro-organismes
·
Domein Bacteria
·
Domein Archaea
·
eencellig
·
geen nucleus en
organellen
Enkaryote micro-organismes
Koninkrijk Schimmels
·
·
Protisten
Zowel een als
meercellige
·
·
nucleus & organellen
Microscopie
Brightfield
-clkleuring
Fluorescentie
·
Structuurkleuring
-
reporter eiwitten
scanning elektronen SEM
-
opp cellen/structuren in beeld
Transmissie elektronen TEM
-Binnenkant & contouren van cellen Istrusturen
,kweken
·
Petrischaal met agar en media
·
Erlenmeyermet vloeibaar media
·
fermentoren : ook groeien in vloeibaar media
Welke energiebronnen welke trofen ?
·
,
·
Welke nutrienten aminozuren ,
·
Welke (a)biotische factoren
-
temp
·
gastheer
매
-
co4 b
-
atmosferische druk
Sequencing
Reincultuur = 1 Soort op Plaat
sanger sequencing taxonomie/fylogenie ~
verwantschappen
genoom analyse short long read
sequencing
metagenomics =
sequencing onafhankelijk van kweken
·
DNA sequencen van hele
groep verschillende organismes
-
mbv. .
Moleculaire markers sequenties/genen
welk gen gebruik je als marker ?
Iets wat alle
organismes van wat je will testen hebben
PCR amplificatie met universele primers voor :
-
I6S rRNA (bacterian) []
-
ITS internal transcribedSpacer (schimmels)*
·
Inderdelen vanDNA
x
·
Pijltjes zijn Primers
o
, Hoe werkt Par ? Polymerase chain Reaction
·
dNTPs = A , T, 6 ,
L
·
2 Primers
·
Tag Polymerasa
Weel DNA
genereren
o m te kunnen
sequencen
Wirussen Kennisslip 7 .
I
eigenschappen
·
klein
·
hebben
erfelijk
materiaal
·
Delen niet
·
missen eiwit translatie machinerie
·
geen ATP synthese
·
gastheercel voor vermenigvuldigen
Algemene Structuur
S DNA S DNA SSRNA dSRNA
·
OM DNA/RNA eiwitmantel
·
Sommige hebben eromheen envelop = stukje membraan van
gastheer
met virale eiwitten
·
virussen hebben
enzym om celwand af te breken
·
RNA Polymerase voor replicatie
·
enzym om RNA om te zetten naa DNA-reverse transcriptase
↳alleen retrovirussen
bij
zetten hun RNA als DNA in shromosomal
algemene replicatiecyclus DNA
host range-virus kan alleen
bepaalde gastheercellen infecteren
↳door receptoren
·
gastheer maakt viruseiwitten en
genoom
↳ assembleren spontaan
, Basterisfagen
·
bacteriën infecteren
·
heel soort specificl
·
lytische cyclus
-
"exploderen"
-
RNA of DNA in wel
injesteren en basteriesel machinerie maakt meer virussen
waarna er zoveel zijn dat de cel explodeert
·
lysogene cyclus
in
genoom blijven zitten
-
-
wan later nog lytische syclus ingaan
·
Profag DNA : het ingebouwde DNA
-lytisch
virulente fagen : virus dood
gastheer
temperate fagen : faag -
DNA in bacterie
chromosoom integreren
en beide leven. kunnen daarna
lylissh'
lysogene curve
lytische ·
aantal virussen
curve nauwelijks
merkbaar tot
lytisshe cyclus
actief wordt
viroom= alle virussen in en op
je lichaam
Human endogenous retrovirus elements HERV =
5 % van
je genoom afkomstig uit retrovirussen
·
Profagen
hebben genen voor toxines
bacterie heeft
genen voor het Secretiesysteem van de genen
·
Retrovirus RNA virus dat mbv reverse transcriptase van RNA
zijn
=
een DNA Kopie maakt en dat in DNA
gastheer integreerd .
wirussen
·
niet kuend/geen organisme
⇌
genetisch materiaal
·
eiwilmantel
·
afhankelijk van andere cellen voor replicatie
Prokaryote micro-organismes
·
Domein Bacteria
·
Domein Archaea
·
eencellig
·
geen nucleus en
organellen
Enkaryote micro-organismes
Koninkrijk Schimmels
·
·
Protisten
Zowel een als
meercellige
·
·
nucleus & organellen
Microscopie
Brightfield
-clkleuring
Fluorescentie
·
Structuurkleuring
-
reporter eiwitten
scanning elektronen SEM
-
opp cellen/structuren in beeld
Transmissie elektronen TEM
-Binnenkant & contouren van cellen Istrusturen
,kweken
·
Petrischaal met agar en media
·
Erlenmeyermet vloeibaar media
·
fermentoren : ook groeien in vloeibaar media
Welke energiebronnen welke trofen ?
·
,
·
Welke nutrienten aminozuren ,
·
Welke (a)biotische factoren
-
temp
·
gastheer
매
-
co4 b
-
atmosferische druk
Sequencing
Reincultuur = 1 Soort op Plaat
sanger sequencing taxonomie/fylogenie ~
verwantschappen
genoom analyse short long read
sequencing
metagenomics =
sequencing onafhankelijk van kweken
·
DNA sequencen van hele
groep verschillende organismes
-
mbv. .
Moleculaire markers sequenties/genen
welk gen gebruik je als marker ?
Iets wat alle
organismes van wat je will testen hebben
PCR amplificatie met universele primers voor :
-
I6S rRNA (bacterian) []
-
ITS internal transcribedSpacer (schimmels)*
·
Inderdelen vanDNA
x
·
Pijltjes zijn Primers
o
, Hoe werkt Par ? Polymerase chain Reaction
·
dNTPs = A , T, 6 ,
L
·
2 Primers
·
Tag Polymerasa
Weel DNA
genereren
o m te kunnen
sequencen
Wirussen Kennisslip 7 .
I
eigenschappen
·
klein
·
hebben
erfelijk
materiaal
·
Delen niet
·
missen eiwit translatie machinerie
·
geen ATP synthese
·
gastheercel voor vermenigvuldigen
Algemene Structuur
S DNA S DNA SSRNA dSRNA
·
OM DNA/RNA eiwitmantel
·
Sommige hebben eromheen envelop = stukje membraan van
gastheer
met virale eiwitten
·
virussen hebben
enzym om celwand af te breken
·
RNA Polymerase voor replicatie
·
enzym om RNA om te zetten naa DNA-reverse transcriptase
↳alleen retrovirussen
bij
zetten hun RNA als DNA in shromosomal
algemene replicatiecyclus DNA
host range-virus kan alleen
bepaalde gastheercellen infecteren
↳door receptoren
·
gastheer maakt viruseiwitten en
genoom
↳ assembleren spontaan
, Basterisfagen
·
bacteriën infecteren
·
heel soort specificl
·
lytische cyclus
-
"exploderen"
-
RNA of DNA in wel
injesteren en basteriesel machinerie maakt meer virussen
waarna er zoveel zijn dat de cel explodeert
·
lysogene cyclus
in
genoom blijven zitten
-
-
wan later nog lytische syclus ingaan
·
Profag DNA : het ingebouwde DNA
-lytisch
virulente fagen : virus dood
gastheer
temperate fagen : faag -
DNA in bacterie
chromosoom integreren
en beide leven. kunnen daarna
lylissh'
lysogene curve
lytische ·
aantal virussen
curve nauwelijks
merkbaar tot
lytisshe cyclus
actief wordt
viroom= alle virussen in en op
je lichaam
Human endogenous retrovirus elements HERV =
5 % van
je genoom afkomstig uit retrovirussen
·
Profagen
hebben genen voor toxines
bacterie heeft
genen voor het Secretiesysteem van de genen
·
Retrovirus RNA virus dat mbv reverse transcriptase van RNA
zijn
=
een DNA Kopie maakt en dat in DNA
gastheer integreerd .
