[Titel van document]
[ONDERTITEL VAN DOCUMENT]
KOPPIES, M. (MAARTJE)
LEERDOELEN NEURONALE
AANDOENINGEN 2024
,M. Koppies – B-B3NAAN16 - Biologie UU
Inhoudsopgave
NEURONALE AANDOENINGEN LEERDOELEN ...................................................................................... 2
INTRODUCTIE HC................................................................................................................................................ 2
HANDLEIDING INTRODUCTIE ............................................................................................................................. 2
HANDLEIDING EXPERIMENT A ........................................................................................................................... 3
Experiment A stoffen ...................................................................................................................................... 3
HANDLEIDING EXPERIMENT B ............................................................................................................................ 3
Experiment B stoffen....................................................................................................................................... 3
HANDLEIDING EXPERIMENT C............................................................................................................................ 3
Experiment C stoffen ...................................................................................................................................... 4
PCR- GENOTYPERING ......................................................................................................................................... 4
Genotypering stoffen....................................................................................................................................... 4
ARTIKELEN LEERDOELEN .................................................................................................................................... 4
Alten et al., 2021, Role of Aberrant Spontaneous Neurotransmission in SNAP25-Associated
Encephalopathies ............................................................................................................................................. 4
Nuber et al. 2018, Abrogating Native α-Synuclein Tetramers in Mice Causes a L-DOPA-Responsive
Motor Syndrome Closely Resembling Parkinson's Disease ........................................................................... 5
Lu et al.: Identification of genes associated with cortical malformation using a transposon-mediated
somatic mutagenesis screen in mice ............................................................................................................... 6
Oligodendrocyte-encoded Kir4.1 function is required for axonal integrity ................................................... 6
UITWERKINGEN ................................................................................................................................................... 7
INTRODUCTIE HC................................................................................................................................................ 7
HANDLEIDING INTRODUCTIE ........................................................................................................................... 10
HANDLEIDING EXPERIMENT A ......................................................................................................................... 11
Experiment A stoffen .................................................................................................................................... 12
HANDLEIDING EXPERIMENT B .......................................................................................................................... 13
Experiment B stoffen..................................................................................................................................... 13
HANDLEIDING EXPERIMENT C.......................................................................................................................... 14
Experiment C stoffen .................................................................................................................................... 15
PCR- GENOTYPERING ....................................................................................................................................... 15
Genotypering stoffen..................................................................................................................................... 17
UITWERKING ARTIKELEN .................................................................................................................................. 17
Alten et al., 2021, Role of Aberrant Spontaneous Neurotransmission in SNAP25-Associated
Encephalopathies ........................................................................................................................................... 21
Nuber et al. 2018, Abrogating Native α-Synuclein Tetramers in Mice Causes a L-DOPA-Responsive
Motor Syndrome Closely Resembling Parkinson's Disease ......................................................................... 28
Lu et al.: Identification of genes associated with cortical malformation using a transposon-mediated
somatic mutagenesis screen in mice. ............................................................................................................ 36
Sliced Human Cortical Organoids for Modeling Distinct Cortical Layer Formation ................................. 43
Oligodendrocyte-encoded Kir4.1 function is required for axonal integrity ................................................. 48
1
,M. Koppies – B-B3NAAN16 - Biologie UU
Neuronale aandoeningen leerdoelen
Introductie HC
1. Wat betekent mouse LG1?
2. Wat onderzoek je met een ICC experiment; wat kan je wel zien en wat
niet?
a. En wat gebruik je hiervoor?
3. Wat in een indirect ICC/IHC?
a. En welk antilichaam zorgt hier voor de kleuring?
4. Wat betekent Alexa488?
5. …..[] antilichamen uit tabel halen.
6. Welke 3 stappen bestaat een ICC uit?
a. En wat is de functie van elke stap?
b. En welke methoden kan je voor elke stap gebruiken?
7. Wat is juist (fluorescente microscopie): Excitatie > emissie of Excitatie <
Emissie ?
8. Welke kleuren horen bij de volgende golflengtes: 405, 488, 568, 633/647?
9. Waarom is een confocale microscoop zo handig?
10. Hoe heet de klassieke manier van knock-ins/ko maken?
11. Hoe werkt gene targeting? Benoem de 5 stappen.
12. Wat is het verschil tussen een globale en een conditionele KO?
a. Hoe kan je een contionele KO maken?
b. Beschrijf een genotyperingsprotocol voor een globale en een
conditionele KO muislijn.
13. Hoe kan je het probleem met homozygote lethaliteit oplossen?
a. Welke muizen kruis je dan met elkaar?
14. Waar moet je op letten bij het maken van een mastermix/ het mengen van
antlichamen?
15. Wat is het verschil tussen stabiele en transiente transfectie?
Handleiding introductie
16. Wat is een in vitro experiment?
17. Wat is een ex vivo experiment?
18. Wat doe je met electroporatie?
19. Waarom coat je de plaatjes met poly-lysine en laminine?
20. Wat is de functie van lipofectamine?
2
, M. Koppies – B-B3NAAN16 - Biologie UU
21. Wat is het verschil tussen een globale en een conditionele ko?
Handleiding experiment A
22. Wat voor cellen worden hier gebruikt?
23. Welke controle wordt hier gebruikt? En waarom?
24. Wat is de proef conditie?
25. Wat voor mutatie zit er in het gen?
26. Wat is de functie van dTomato?
27. Welke 4 vragen kunnen met dit experiment worden beantwoord?
28. Welke 3 stappen zijn nodig voor de eerste AB worden toegevoegd? En wat
doe je met deze stappen?
29. Waarom moet je 3x wassen met PBS voordat de secundaire AB erop
kunnen?
Experiment A stoffen
- Wat is de functie van PFA?
- Wat doe je met PBS?
- Wat is de functie van Triton-X? En van Natriumcitraat?
- Wat is NGS?
Handleiding experiment B
30. Welke muizen gebruiken we hier?
31. Welke techniek is hier gebruikt om een knock-in te maken?
32. Wat wordt er bedoelt met polarisatie?
a. Wanneer gebeurt dit in de ontwikkeling?
33. Wat is de floxed lijn?
34. Wat is een cre-driver lijn?
35. Welke cellen bevatten Emx1?
36. Welke condities analyseren we in dit experiment?
37. Wat is het doel van dit experiment? (3)
38. Wat zijn de 3 stappen van fixatie?
Experiment B stoffen
- Triton-X, Natriumcitraat, NGS
- Wat is de functie van de blokbuffer?
Handleiding experiment C
39. Wat voor model systeem gebruiken we in dit experiment?
3
[ONDERTITEL VAN DOCUMENT]
KOPPIES, M. (MAARTJE)
LEERDOELEN NEURONALE
AANDOENINGEN 2024
,M. Koppies – B-B3NAAN16 - Biologie UU
Inhoudsopgave
NEURONALE AANDOENINGEN LEERDOELEN ...................................................................................... 2
INTRODUCTIE HC................................................................................................................................................ 2
HANDLEIDING INTRODUCTIE ............................................................................................................................. 2
HANDLEIDING EXPERIMENT A ........................................................................................................................... 3
Experiment A stoffen ...................................................................................................................................... 3
HANDLEIDING EXPERIMENT B ............................................................................................................................ 3
Experiment B stoffen....................................................................................................................................... 3
HANDLEIDING EXPERIMENT C............................................................................................................................ 3
Experiment C stoffen ...................................................................................................................................... 4
PCR- GENOTYPERING ......................................................................................................................................... 4
Genotypering stoffen....................................................................................................................................... 4
ARTIKELEN LEERDOELEN .................................................................................................................................... 4
Alten et al., 2021, Role of Aberrant Spontaneous Neurotransmission in SNAP25-Associated
Encephalopathies ............................................................................................................................................. 4
Nuber et al. 2018, Abrogating Native α-Synuclein Tetramers in Mice Causes a L-DOPA-Responsive
Motor Syndrome Closely Resembling Parkinson's Disease ........................................................................... 5
Lu et al.: Identification of genes associated with cortical malformation using a transposon-mediated
somatic mutagenesis screen in mice ............................................................................................................... 6
Oligodendrocyte-encoded Kir4.1 function is required for axonal integrity ................................................... 6
UITWERKINGEN ................................................................................................................................................... 7
INTRODUCTIE HC................................................................................................................................................ 7
HANDLEIDING INTRODUCTIE ........................................................................................................................... 10
HANDLEIDING EXPERIMENT A ......................................................................................................................... 11
Experiment A stoffen .................................................................................................................................... 12
HANDLEIDING EXPERIMENT B .......................................................................................................................... 13
Experiment B stoffen..................................................................................................................................... 13
HANDLEIDING EXPERIMENT C.......................................................................................................................... 14
Experiment C stoffen .................................................................................................................................... 15
PCR- GENOTYPERING ....................................................................................................................................... 15
Genotypering stoffen..................................................................................................................................... 17
UITWERKING ARTIKELEN .................................................................................................................................. 17
Alten et al., 2021, Role of Aberrant Spontaneous Neurotransmission in SNAP25-Associated
Encephalopathies ........................................................................................................................................... 21
Nuber et al. 2018, Abrogating Native α-Synuclein Tetramers in Mice Causes a L-DOPA-Responsive
Motor Syndrome Closely Resembling Parkinson's Disease ......................................................................... 28
Lu et al.: Identification of genes associated with cortical malformation using a transposon-mediated
somatic mutagenesis screen in mice. ............................................................................................................ 36
Sliced Human Cortical Organoids for Modeling Distinct Cortical Layer Formation ................................. 43
Oligodendrocyte-encoded Kir4.1 function is required for axonal integrity ................................................. 48
1
,M. Koppies – B-B3NAAN16 - Biologie UU
Neuronale aandoeningen leerdoelen
Introductie HC
1. Wat betekent mouse LG1?
2. Wat onderzoek je met een ICC experiment; wat kan je wel zien en wat
niet?
a. En wat gebruik je hiervoor?
3. Wat in een indirect ICC/IHC?
a. En welk antilichaam zorgt hier voor de kleuring?
4. Wat betekent Alexa488?
5. …..[] antilichamen uit tabel halen.
6. Welke 3 stappen bestaat een ICC uit?
a. En wat is de functie van elke stap?
b. En welke methoden kan je voor elke stap gebruiken?
7. Wat is juist (fluorescente microscopie): Excitatie > emissie of Excitatie <
Emissie ?
8. Welke kleuren horen bij de volgende golflengtes: 405, 488, 568, 633/647?
9. Waarom is een confocale microscoop zo handig?
10. Hoe heet de klassieke manier van knock-ins/ko maken?
11. Hoe werkt gene targeting? Benoem de 5 stappen.
12. Wat is het verschil tussen een globale en een conditionele KO?
a. Hoe kan je een contionele KO maken?
b. Beschrijf een genotyperingsprotocol voor een globale en een
conditionele KO muislijn.
13. Hoe kan je het probleem met homozygote lethaliteit oplossen?
a. Welke muizen kruis je dan met elkaar?
14. Waar moet je op letten bij het maken van een mastermix/ het mengen van
antlichamen?
15. Wat is het verschil tussen stabiele en transiente transfectie?
Handleiding introductie
16. Wat is een in vitro experiment?
17. Wat is een ex vivo experiment?
18. Wat doe je met electroporatie?
19. Waarom coat je de plaatjes met poly-lysine en laminine?
20. Wat is de functie van lipofectamine?
2
, M. Koppies – B-B3NAAN16 - Biologie UU
21. Wat is het verschil tussen een globale en een conditionele ko?
Handleiding experiment A
22. Wat voor cellen worden hier gebruikt?
23. Welke controle wordt hier gebruikt? En waarom?
24. Wat is de proef conditie?
25. Wat voor mutatie zit er in het gen?
26. Wat is de functie van dTomato?
27. Welke 4 vragen kunnen met dit experiment worden beantwoord?
28. Welke 3 stappen zijn nodig voor de eerste AB worden toegevoegd? En wat
doe je met deze stappen?
29. Waarom moet je 3x wassen met PBS voordat de secundaire AB erop
kunnen?
Experiment A stoffen
- Wat is de functie van PFA?
- Wat doe je met PBS?
- Wat is de functie van Triton-X? En van Natriumcitraat?
- Wat is NGS?
Handleiding experiment B
30. Welke muizen gebruiken we hier?
31. Welke techniek is hier gebruikt om een knock-in te maken?
32. Wat wordt er bedoelt met polarisatie?
a. Wanneer gebeurt dit in de ontwikkeling?
33. Wat is de floxed lijn?
34. Wat is een cre-driver lijn?
35. Welke cellen bevatten Emx1?
36. Welke condities analyseren we in dit experiment?
37. Wat is het doel van dit experiment? (3)
38. Wat zijn de 3 stappen van fixatie?
Experiment B stoffen
- Triton-X, Natriumcitraat, NGS
- Wat is de functie van de blokbuffer?
Handleiding experiment C
39. Wat voor model systeem gebruiken we in dit experiment?
3
