2 februari 2026 Diversiteit schimmels
Diversiteit van bacteriën
Operon: Meerdere genen achter 1 promoter polycistronisch
Technieken als RNAi kan alleen in eukaryoten.
Lastig te identificeren aan de hand van morfologie, want weinig divers
Gram kleuring onderscheiden grampositief (paars) en gramnegatief
(roze). Verschil zit hem in de soort celwand. Negatief = twee membranen
en dunne laag peptidoglycaan. Positief = 1 membraan en dikke laag
peptidoglycaan.
Autotroof – Co2 als koolstofbron
heterotroof – organische verbindingen als koolstofbron.
Bacterie is een nieuwe soort als combinatie tussen fenotypische en
genetische eigenschappen <97% identiek is 16S rRNA gene
Amplicon sequencing isoleren van DNA; PCR universele primers tegen
16S rRNA genen, sequencen van PCR producten
Shot-gun metagenomics: isoleren DNA; fragmenteren; sequencen;
genomen assembleren
”microbial dark matter” soorten die nooit gekweekt zijn
Waarom CPR bacterie pas in 2015 ontdekt? niet keweekbaar, ze zijn
heel klein dus passeren standaard filters waardoor je ze mist. Reageren
niet op de standaard primers die gebruikt worden voor amplicon
sequencing. Vaak afwijkende 16S rRNA genen: self-splicing intronen in het
16S rRNA gen.
e. coli modelorganisme voor gram negatief
bacillus subtilis voor gram positief
vmt diploma, goeie cijfers, vakken die je volgt. Onderzoeker over bacterien
of schimmels op uu of umcu. Motivatie 100-200 woorden + 3 artikelen die
erbij hoort, onderbouwen. Formulier invullen.
Diversiteit van schimmels
Slijmschimmels zijn geen schimmels, verder van schimmels dan
schimmels van de mens.
Phytopthora infestans is geen schimmel, maar een oomycete.
,Vroeger 5 phyla nu veel meer. Chytridiomycota, zyomycota,
glomeromycota, ascomycota, basidiomycota.
Waarom basidiomycota sporen worden gemaakt op basidia (steeltje)
Waarom ascomycota sporen worden gemaakt op ascen (zakje)
Tempeh gemaakt van mucoromycota
glomeromycota gaan interactie aan met grassen, zorgen voor extra water
en mineralen voor plant, krijgen er suikers voor terug.
Vliegenzwam bekendste basidiomycota generalist, dus groeit op veel
planten
Elk insect heeft unieke schimmels in maag/darm systeem. Uit
bodemmonsters komen er nog meer soorten bij. Conclusie: heel veel
schimmels.
Één soort als ze met elkaar kunnen voortplanten én vruchtbare
nakomelingen krijgen. Kan ook bij paddenstoelen. Veel schimmels kunnen
iig in het lab niet voorplanten, geen soort? Fungi imperfecti.
Schimmel soorten indelen met andere maatstaven. Dus morfologie,
gistcellen of schimmeldraden? Hoe zien voortplantingsstructuren eruit.
Metabolisme, welke pigmenten maken ze, of op wel substraat groeien ze?
Microtoxine, gifstof die giftig is voor mens en dier. Aflatoxine meest
bekend, veroorzaakt kanker, dieren kunnen niet meer voortplanten en
houden op met eten. Aspergillus orizae is super verwant maar wordt
gebruikt in voedselindustrie, hoe kan dat? Maakt geen aflatoxine.
Ecologische niche, plantpathogeen, als het genetisch dezelfde soort lijkt
maar niet pathogeen is op andere soorten planten, wordt het vaak gezien
als andere soort.
Fylogenie, vergelijken van DNA sequentie. Internal transcribed spacer
gebruiken, tussen 18S en 28S sDNA, om DNA sequentie te vergelijken (16S
in bacterie). >97%
Aspergillus flavus aspergillus (geslacht). 400 soorten, sexueel en
asexueel. Genoomsequenties tussen verschillende soorten van dit
geslacht kunnen wel 36% verschillen, zelfde als tussen mens en vis.
Binnen een soort, tussen verschillende isolaten zitten 100.000 snps,
stukjes die anders zijn. In aspergillus 0.3%, in de mens is dit 0.1%.
Schizophyllum commune, waaiertje. Als we alle stmamen van
verschillende plekken vergelijken hebben we 10-15% verschil binnen
dezelfde soort. Zelfde verschil als tussen mens en kat of koe. Ze kunnen
wel vruchtbare nakomelingen krijgen dus dezelfde soort.
,We weten niet of er onkweekbare schimmels zijn. Standaard media, de
rest wordt niet onderzocht.
Oranje schimmel op brood is neurospora crassa.
Candida albicans gistinfectie = humaan pathogeen. 50% van
sterfgevallen aan schimmelinfectie
Aspergillus fumigatus 50% van de sterfgevallen aan schimmelinfectie
Magnaporthe grisae rijstinfectie, belangrijkste voedingsgewas op aarde.
Aspergillus niger citroenzuurproductie, uien. DSM.
Ustilago maydis infecteert mais. Delicatesse als het geinfecteerd is,
maar lagere opbrengst. Vaak 1 maiskorrel net zo groot als hele maiskolf.
Zwarte maiskolf, koken, wordt blubberig en geserveert met taco’s.
Enzym “in gist”, in staat om bepaalde omzetting te doen. Glycolyse,
celdeling, etc,. begint in gist.
Nadeel modelsystemen. Lang geleden gesplitst, als iets in een ascomyceet
zo is hoeft het niet ook in een basidiomyceet zo te zijn. Verschillende
verschijningsvorm of levenscycli, betekend niet altijd zelde
eigenschappen. Bakkersgist heeft twee geslachten, schizophyllum heeft er
23000, kan altijd paren behalve met zichzelf. Modelsysteem is heel
beperkend.
Neuropora heeft stroming, dit gebeurd bijvoorbeeld niet in aspergillus,
septa gaan dicht.
4 februari 2026 Nutrition and growth
Bacteriën hebben water, koolstof, nutriënten en energie nodig. Ook
moeten ze elektronen kunnen doneren: reducing power.
Macro en micronutrienten. Macronutrienten natrium, koolstof, fosfor,
stikstof, zwavel, waterstof, calcium, kalium, zuurstof, magnesium
micronutrienten nutrienten die in lagere hoeveelheden nodig zijn,
metalen of organische groeifactoren. Ijzer, koper, vitaminen, aminozuren.
Cyanobacteriën gebruiken oxygene fotosynthese als metabolisch proces
om zuurstof te produceren. 13-48% van alle zuurstof op aarde. Produceren
ook toxines, zoals blauwalg.
Fototroof gebruikt licht als eneergiebron ATP (door gebruik van
elektronentransportketen en protonengradiënt): oxygene fotosynthese
water als elektronendonor en dan productie van zuurstof. Of anoxygene
photosynthese met andere donor.
, Fermentatie heeft geen elektronen acceptor van buitenaf nodig.
substraat level fosforylatie. Er ontstaat een fermentatie product, alcohol,
melkzuur, etc.
Microaerophilic heeft wel zuurstof nodig maar hele lage concentraties.
cable bacteria: bacterien groeien
onder anaerobe condities, oxidieren
H2S. bewegen richting zuurstof en
hebben zuurstof als elektronen
acceptor.
Chemoorganotroof krijgen
energie uit organische verbindingen
Chemolithotroof krijgen energie
uit anorganische verbindingen.
Fototroof krijgen energie uit licht.
Heterotroof krijgen koolstof uit
organische verbindingen
Autotroog krijgen koolstof uit
CO2, primary producers
Heterotrofen: groeien op suikers,
aminozuren, vetzuren of moeilijkere compelexe verbinndingen, PET (als
koolstofbron)
Wat is er nodig om een bepaalde koolstofbron te kunnen gebruiken
enzymen voor afbraak (vrijkomen), toegankelijkheid van de koolstof,
uitscheidings/opnemings enzymen. Je moet systemen hebben om op te
nemen of uit te scheiden.
Lactose, regulatie gen nodig, LacI, repressor protein. LacZ is het enzym,
breekt lactose af in glucose en galactose. LacY gene, permease, reguleert
de doorlaatbaarheid van de cel, dus regulatiesysteem, symporter. LacA,
codeert voor transacetylase, helpt beta galactosidase in hydrolyse van
lactose. McConkey
medium
ABC transporter ATP
binding cassette.
Weten dat er
meerdere manieren
zijn om energie te
krijgen.
Diversiteit van bacteriën
Operon: Meerdere genen achter 1 promoter polycistronisch
Technieken als RNAi kan alleen in eukaryoten.
Lastig te identificeren aan de hand van morfologie, want weinig divers
Gram kleuring onderscheiden grampositief (paars) en gramnegatief
(roze). Verschil zit hem in de soort celwand. Negatief = twee membranen
en dunne laag peptidoglycaan. Positief = 1 membraan en dikke laag
peptidoglycaan.
Autotroof – Co2 als koolstofbron
heterotroof – organische verbindingen als koolstofbron.
Bacterie is een nieuwe soort als combinatie tussen fenotypische en
genetische eigenschappen <97% identiek is 16S rRNA gene
Amplicon sequencing isoleren van DNA; PCR universele primers tegen
16S rRNA genen, sequencen van PCR producten
Shot-gun metagenomics: isoleren DNA; fragmenteren; sequencen;
genomen assembleren
”microbial dark matter” soorten die nooit gekweekt zijn
Waarom CPR bacterie pas in 2015 ontdekt? niet keweekbaar, ze zijn
heel klein dus passeren standaard filters waardoor je ze mist. Reageren
niet op de standaard primers die gebruikt worden voor amplicon
sequencing. Vaak afwijkende 16S rRNA genen: self-splicing intronen in het
16S rRNA gen.
e. coli modelorganisme voor gram negatief
bacillus subtilis voor gram positief
vmt diploma, goeie cijfers, vakken die je volgt. Onderzoeker over bacterien
of schimmels op uu of umcu. Motivatie 100-200 woorden + 3 artikelen die
erbij hoort, onderbouwen. Formulier invullen.
Diversiteit van schimmels
Slijmschimmels zijn geen schimmels, verder van schimmels dan
schimmels van de mens.
Phytopthora infestans is geen schimmel, maar een oomycete.
,Vroeger 5 phyla nu veel meer. Chytridiomycota, zyomycota,
glomeromycota, ascomycota, basidiomycota.
Waarom basidiomycota sporen worden gemaakt op basidia (steeltje)
Waarom ascomycota sporen worden gemaakt op ascen (zakje)
Tempeh gemaakt van mucoromycota
glomeromycota gaan interactie aan met grassen, zorgen voor extra water
en mineralen voor plant, krijgen er suikers voor terug.
Vliegenzwam bekendste basidiomycota generalist, dus groeit op veel
planten
Elk insect heeft unieke schimmels in maag/darm systeem. Uit
bodemmonsters komen er nog meer soorten bij. Conclusie: heel veel
schimmels.
Één soort als ze met elkaar kunnen voortplanten én vruchtbare
nakomelingen krijgen. Kan ook bij paddenstoelen. Veel schimmels kunnen
iig in het lab niet voorplanten, geen soort? Fungi imperfecti.
Schimmel soorten indelen met andere maatstaven. Dus morfologie,
gistcellen of schimmeldraden? Hoe zien voortplantingsstructuren eruit.
Metabolisme, welke pigmenten maken ze, of op wel substraat groeien ze?
Microtoxine, gifstof die giftig is voor mens en dier. Aflatoxine meest
bekend, veroorzaakt kanker, dieren kunnen niet meer voortplanten en
houden op met eten. Aspergillus orizae is super verwant maar wordt
gebruikt in voedselindustrie, hoe kan dat? Maakt geen aflatoxine.
Ecologische niche, plantpathogeen, als het genetisch dezelfde soort lijkt
maar niet pathogeen is op andere soorten planten, wordt het vaak gezien
als andere soort.
Fylogenie, vergelijken van DNA sequentie. Internal transcribed spacer
gebruiken, tussen 18S en 28S sDNA, om DNA sequentie te vergelijken (16S
in bacterie). >97%
Aspergillus flavus aspergillus (geslacht). 400 soorten, sexueel en
asexueel. Genoomsequenties tussen verschillende soorten van dit
geslacht kunnen wel 36% verschillen, zelfde als tussen mens en vis.
Binnen een soort, tussen verschillende isolaten zitten 100.000 snps,
stukjes die anders zijn. In aspergillus 0.3%, in de mens is dit 0.1%.
Schizophyllum commune, waaiertje. Als we alle stmamen van
verschillende plekken vergelijken hebben we 10-15% verschil binnen
dezelfde soort. Zelfde verschil als tussen mens en kat of koe. Ze kunnen
wel vruchtbare nakomelingen krijgen dus dezelfde soort.
,We weten niet of er onkweekbare schimmels zijn. Standaard media, de
rest wordt niet onderzocht.
Oranje schimmel op brood is neurospora crassa.
Candida albicans gistinfectie = humaan pathogeen. 50% van
sterfgevallen aan schimmelinfectie
Aspergillus fumigatus 50% van de sterfgevallen aan schimmelinfectie
Magnaporthe grisae rijstinfectie, belangrijkste voedingsgewas op aarde.
Aspergillus niger citroenzuurproductie, uien. DSM.
Ustilago maydis infecteert mais. Delicatesse als het geinfecteerd is,
maar lagere opbrengst. Vaak 1 maiskorrel net zo groot als hele maiskolf.
Zwarte maiskolf, koken, wordt blubberig en geserveert met taco’s.
Enzym “in gist”, in staat om bepaalde omzetting te doen. Glycolyse,
celdeling, etc,. begint in gist.
Nadeel modelsystemen. Lang geleden gesplitst, als iets in een ascomyceet
zo is hoeft het niet ook in een basidiomyceet zo te zijn. Verschillende
verschijningsvorm of levenscycli, betekend niet altijd zelde
eigenschappen. Bakkersgist heeft twee geslachten, schizophyllum heeft er
23000, kan altijd paren behalve met zichzelf. Modelsysteem is heel
beperkend.
Neuropora heeft stroming, dit gebeurd bijvoorbeeld niet in aspergillus,
septa gaan dicht.
4 februari 2026 Nutrition and growth
Bacteriën hebben water, koolstof, nutriënten en energie nodig. Ook
moeten ze elektronen kunnen doneren: reducing power.
Macro en micronutrienten. Macronutrienten natrium, koolstof, fosfor,
stikstof, zwavel, waterstof, calcium, kalium, zuurstof, magnesium
micronutrienten nutrienten die in lagere hoeveelheden nodig zijn,
metalen of organische groeifactoren. Ijzer, koper, vitaminen, aminozuren.
Cyanobacteriën gebruiken oxygene fotosynthese als metabolisch proces
om zuurstof te produceren. 13-48% van alle zuurstof op aarde. Produceren
ook toxines, zoals blauwalg.
Fototroof gebruikt licht als eneergiebron ATP (door gebruik van
elektronentransportketen en protonengradiënt): oxygene fotosynthese
water als elektronendonor en dan productie van zuurstof. Of anoxygene
photosynthese met andere donor.
, Fermentatie heeft geen elektronen acceptor van buitenaf nodig.
substraat level fosforylatie. Er ontstaat een fermentatie product, alcohol,
melkzuur, etc.
Microaerophilic heeft wel zuurstof nodig maar hele lage concentraties.
cable bacteria: bacterien groeien
onder anaerobe condities, oxidieren
H2S. bewegen richting zuurstof en
hebben zuurstof als elektronen
acceptor.
Chemoorganotroof krijgen
energie uit organische verbindingen
Chemolithotroof krijgen energie
uit anorganische verbindingen.
Fototroof krijgen energie uit licht.
Heterotroof krijgen koolstof uit
organische verbindingen
Autotroog krijgen koolstof uit
CO2, primary producers
Heterotrofen: groeien op suikers,
aminozuren, vetzuren of moeilijkere compelexe verbinndingen, PET (als
koolstofbron)
Wat is er nodig om een bepaalde koolstofbron te kunnen gebruiken
enzymen voor afbraak (vrijkomen), toegankelijkheid van de koolstof,
uitscheidings/opnemings enzymen. Je moet systemen hebben om op te
nemen of uit te scheiden.
Lactose, regulatie gen nodig, LacI, repressor protein. LacZ is het enzym,
breekt lactose af in glucose en galactose. LacY gene, permease, reguleert
de doorlaatbaarheid van de cel, dus regulatiesysteem, symporter. LacA,
codeert voor transacetylase, helpt beta galactosidase in hydrolyse van
lactose. McConkey
medium
ABC transporter ATP
binding cassette.
Weten dat er
meerdere manieren
zijn om energie te
krijgen.
