HC 8 genetische modelsystemen
Upstream (eerder in signaal keten) downstream (later in signaal keten)
Loss of function: rem weghalen
Gain of function: sterkere motor
Forward genetics: fenotype gen
- Chemische mutagnese
- P-element transposon hoppinf en integratie
- Begin bij biologisch process – vind nieuwe genen
- Zoek naar mutaties met specifiek fenotype
Reverse genetics: gen fenotype
- Locale P-element insertie en PCR
- Overexpressie met GAL4/UAS
- RNAi – expressie van short hairpin/ injectie dsRNA
- CRISPR/Cas9 – targeted knockouts
- Begin met bekend gen – zoek naar functie en fenotype
Drosophila genetische tools:
- P-elementen (transposons= kunnen stukkjes in DNA
verspringen) kunnen in het genoom integreren (door
middel van transposase enzym in DNA integreren) eind 21bp
repeats
o Gebruikt om mutaties in te brengen
o Transgenen
- GAL4/UAS system (transcriptiefactor) bij gist DGal4 transcriptionele
activator bind aan ‘upstream activating sequences’ geeft expressie gen X
o Weefsel-specifieke overexpressie
- Balancer chromosomen
o Elk van de 4 chromosomen is
‘gemerkt’
met een
zichtbaar
fenotype
o Een
balancerchromosoom voorkomt
recombinatie en maakt het mogelijk om
(lethale) mutaties stabiel te onderhouden in een populatie.
F3: 25% homozygoot voor mutant
Bij maternal effect mutatie moet je naar F4 kijken omdat er zo veel maternaal
product (eiwit en RNA van moeder) aanwezig
is.
, - CRISPR/Cas9
o Targeted knock-in en kock-out
blaasjes op vleugel
Bij RNAi geen knock-out maar een knock-down
- Expressie van short hairpin RNA genen
- dsRNA wordt in de cellen verwerkt tot siRNA
o mRNA afbraak, blokkade translatie
o gene knockdown
WANNEER FORWARD WANNEER REVERSE (VOORBEELDEN)
Samengesteld oog van de fruitvlieg bestaat uit een groot aantal ommatidia (deze
vormen een regelmatig patroon) verstoring van dit patroon is makkelijk te zien
7 is kleiner(rood)
, Als je mutatie hebt en kan gebruiken om extra mutaties in uit te brengen om te
kijken of je een gen een dubbel mutant kan maken en een ander gen kan vinden
die een suppressor (onderdrukken) kan zijn
Mutatie sevenless is nodig voor ontwikkeling van R7 fotoreceptoren in het oog
(is tyrosine kinase)
Een zwakke mutatie zorgt voor een temperatuur gevoelig effect van sevenless
bij non-permissive temperatuur ontwikkeld R7 nog net sensitieve basis om te
screenen voor modifiers
Mutatie in Boss resulteert in ‘rough eye’fenotype omdat er te veel R7 wordt
gevormd = Dominant modifier: slechts 1 mutant allel is al genoeg voor een
fenotype
Dominante suppressor en enhancer genen werken vaak in dezelfde
signaaltransductie route
celdeling
Epistase analyse kruis verschillende mutanten wat is het fenotype?
Upstream (eerder in signaal keten) downstream (later in signaal keten)
Loss of function: rem weghalen
Gain of function: sterkere motor
Forward genetics: fenotype gen
- Chemische mutagnese
- P-element transposon hoppinf en integratie
- Begin bij biologisch process – vind nieuwe genen
- Zoek naar mutaties met specifiek fenotype
Reverse genetics: gen fenotype
- Locale P-element insertie en PCR
- Overexpressie met GAL4/UAS
- RNAi – expressie van short hairpin/ injectie dsRNA
- CRISPR/Cas9 – targeted knockouts
- Begin met bekend gen – zoek naar functie en fenotype
Drosophila genetische tools:
- P-elementen (transposons= kunnen stukkjes in DNA
verspringen) kunnen in het genoom integreren (door
middel van transposase enzym in DNA integreren) eind 21bp
repeats
o Gebruikt om mutaties in te brengen
o Transgenen
- GAL4/UAS system (transcriptiefactor) bij gist DGal4 transcriptionele
activator bind aan ‘upstream activating sequences’ geeft expressie gen X
o Weefsel-specifieke overexpressie
- Balancer chromosomen
o Elk van de 4 chromosomen is
‘gemerkt’
met een
zichtbaar
fenotype
o Een
balancerchromosoom voorkomt
recombinatie en maakt het mogelijk om
(lethale) mutaties stabiel te onderhouden in een populatie.
F3: 25% homozygoot voor mutant
Bij maternal effect mutatie moet je naar F4 kijken omdat er zo veel maternaal
product (eiwit en RNA van moeder) aanwezig
is.
, - CRISPR/Cas9
o Targeted knock-in en kock-out
blaasjes op vleugel
Bij RNAi geen knock-out maar een knock-down
- Expressie van short hairpin RNA genen
- dsRNA wordt in de cellen verwerkt tot siRNA
o mRNA afbraak, blokkade translatie
o gene knockdown
WANNEER FORWARD WANNEER REVERSE (VOORBEELDEN)
Samengesteld oog van de fruitvlieg bestaat uit een groot aantal ommatidia (deze
vormen een regelmatig patroon) verstoring van dit patroon is makkelijk te zien
7 is kleiner(rood)
, Als je mutatie hebt en kan gebruiken om extra mutaties in uit te brengen om te
kijken of je een gen een dubbel mutant kan maken en een ander gen kan vinden
die een suppressor (onderdrukken) kan zijn
Mutatie sevenless is nodig voor ontwikkeling van R7 fotoreceptoren in het oog
(is tyrosine kinase)
Een zwakke mutatie zorgt voor een temperatuur gevoelig effect van sevenless
bij non-permissive temperatuur ontwikkeld R7 nog net sensitieve basis om te
screenen voor modifiers
Mutatie in Boss resulteert in ‘rough eye’fenotype omdat er te veel R7 wordt
gevormd = Dominant modifier: slechts 1 mutant allel is al genoeg voor een
fenotype
Dominante suppressor en enhancer genen werken vaak in dezelfde
signaaltransductie route
celdeling
Epistase analyse kruis verschillende mutanten wat is het fenotype?
