R en RStudio voor TOE
Console (R) → linksonder
Rekenmachine symbolen voor R code:
Wat? In R code: Voorbeeld: Voorbeeld R code:
Optellen + twee plus drie 2+3
Aftrekken - twee min drie 2-3
Vermenigvuldigen * twee keer drie 2*3
Delen / twee gedeeld door drie 2/3
Machtsverheffen ^ twee tot de macht drie 2^3
Worteltrekken sqrt() de wortel van drie sqrt(3)
- Punt als decimaal teken
- Komma als scheidingsteken
Een functie in R heeft vaak de volgende opzet: functienaam(argument1, argument2, ...). Als
argumenten geef je de input (bijvoorbeeld een variabele of een hele dataset) of specificeer
je duidelijker wat je precies wil. Het ligt aan de functie hoeveel argumenten je moet geven en
wat je dan precies als argument(en) moet geven.
Functie: sample(), waarmee je random dingen kunt selecteren ('samplen'). Als argumenten
geef je hier uit welke dingen je wil kiezen, en hoeveel je er random wilt kiezen. De 'dingen'
waar je random uit selecteert kunnen getallen, maar bijvoorbeeld ook namen, zijn. Deze
voer je zelf in. Bv: sample(c("Niek", "Laila", "Esmée", "Camal", "Alec"), size = 1). De ‘c’
heeft ie nodig en de aanhalingstekens ook, de ‘size’ ervoor niet, kan ook zo:
sample(c("Niek", "Laila", "Esmée", "Camal", "Alec"), 1). R weet bij elke functie de
volgorde van de argumenten, dus als je die correct aanhoudt en een komma ertussen
gebruikt als scheidingsteken, dan hoef je de naam van het argument en het =-teken niet per
se toe te voegen. Helpt wel om het overzichtelijk te houden.
Als je wilt dat de waardes ook meerdere keren geselecteerd kunnen worden dan:
sample(c(5, 11, 38, 52, 67, 93), 3, replace = TRUE).
R script → linksboven
Met een R script kun je je werk opslaan én aanpassen. Ook kun je zo makkelijk je werk
delen met teamgenoten van je paper. Werken in RStudio doe je dus met een R script. Om
een nieuw R script te maken klik je op File > New file > R script of je kunt de knop in de
bovenbalk gebruiken die een wit blad voorstelt met een klein groen plusje in de
linkerbovenhoek: Als je een R script of ander bestand opent in RStudio, dan krijg je
,linksboven een vierde paneel erbij. Dit wordt het 'source' paneel, of soms de teksteditor,
genoemd.
Om een commando vanuit een script uit te voeren, zet je je cursor in de regel die je wilt
runnen en gebruik je CTRL + Enter (Windows) of Command + Enter (Mac), of de knop 'Run'
rechtsbovenin het R script. Als je meerdere commando's of het hele script in één keer wilt
uitvoeren, selecteer dan met je muis alle code of gebruik CTRL + A (Windows) of Command
+ A (Mac), en druk dan op CTRL + Enter (Windows) of Command + Enter (Mac) of de knop
'Run' rechtsbovenin het R script.
Stel dat je een keer een opdracht niet kan uitvoeren, controleer dan altijd even of R niet al
ergens een rood kruisje heeft staan in je script. Meestal helpt het al om goed op de ,.()""
tekens te letten!
Zijn de kleuren lastig leesbaar voor jou? Of vind je doorgaans een dark mode fijner? Dan
kan het helpen om een ander thema te gebruiken in R. Dit doe je als volgt. Ga naar het
menu Tools → Global Options.
Ga nu naar Appearance → Editor Theme. Er is bij Editor Theme een lijstje aan opties die je
kunt uitproberen. Via de knop “Apply” kun je je keuze opslaan. Zo maakt het thema Vibrant
Ink de achtergrond zwart en zijn de tekst kleuren groen, rood, en paars. Je kunt bij de Editor
Themes kijken of er een kleurenthema is die voor jou de tekst beter leesbaar maakt. Je kunt
ook natuurlijk kiezen voor een thema wat je het mooiste vindt ;).
In een R script kun je dus je R commando's en codes bijhouden, en dit opslaan. Om het
overzichtelijk te houden kun je hier ook titels, subtitels en opmerkingen bij plaatsen. Dit doe
je door de regel te beginnen met een "#" (hashtag) en daarachter te typen. Door de # weet R
dat het in die regel om een 'comment' gaat en niet om een commando dat moet worden
uitgevoerd. Typ bovenaan je script een titel met een hashtag ervoor, bijvoorbeeld:
# Practicum TOE: Grasple les "Inleiding R en RStudio". Je kunt ook meerdere hashtags
tegelijk gebruiken om onderscheid te maken tussen bijvoorbeeld titels, subtitels en
opmerkingen. Je kan ook regels leeg lagen voor het overzicht.
Tip: de “antwoorden” of reacties die R geeft op je commando zie je staan in
de Console onder je R Script. Het kan natuurlijk handig zijn om de
antwoorden die R geeft te noteren. Dit kun je ook door middel van comments
toevoegen aan je script.
Omgeving → rechtsboven
Rechtsbovenin zien we de omgeving. Als je een dataset opent zal deze hier verschijnen,
maar je kunt ook zelf andere dingen in je omgeving zetten. Dit worden vaak 'objecten'
genoemd. Alle objecten (variabelen, functies en data) die je als gebruiker definieert, worden
in de omgeving bijgehouden. Op die manier kun je ze later makkelijk nog een keer
'oproepen' en gebruiken. Iets definieren doe je in R door <- ('assign') te gebruiken. Het
volgende commando definieert bijvoorbeeld een nieuwe variabele 'var1' met een waarde van
8. var1 <- 8
, Vervolgens kun je 'var1' oproepen in je R script en weet R dat de waarde 8 hierbij hoort.
Probeer maar eens: var1 + 3. Dit geeft je als resultaat in de console 11 (en dat klopt, want
eigenlijk staat hier 8 + 3). Wat je definieert en hoe je dit noemt, mag je helemaal zelf weten.
Let wel op dat R hoofdlettergevoelig is! 'var1' en 'Var1' zijn dus twee verschillende dingen
(en 'Var1' bestaat niet in dit geval). Ook kan de naam van een object geen spatie bevatten of
beginnen met een cijfer, dus 'var 1' en '1var' kunnen bijvoorbeeld niet.
We kunnen ook functies gebruiken bij het maken van objecten: var2 <- c("Niek", "Laila",
"Esmée", "Camal", "Alec"). In de omgeving komt nu 'var2' te staan met de vijf namen die
we eerder hebben gebruikt in de functie sample(). Door de functie c() te gebruiken worden
de vijf namen gecombineerd tot één object. Vervolgens kunnen we 'var2' nu gebruiken in
ons R script. R haalt de waardes die daarbij horen dan zelf uit de omgeving. Run
bijvoorbeeld: sample(var2, size = 2). Hiermee trekken we weer random twee namen uit de
vijf namen die in 'var2' zijn gedefinieerd. We zouden ook het resultaat van dit commando,
dus de twee getrokken namen, kunnen opslaan in een nieuw object: getrokken_namen <-
sample(var2, size = 2).
Als je RStudio afsluit krijg je vaak een melding: save workspace image to …. Hier wordt
eigenlijk gevraagd of je datgene wat je in je omgeving hebt staan op wil slaan. Wij raden aan
om dit NIET te doen. Als het goed is heb je alle commando's die nodig zijn voor het openen
of definieren van dingen in je omgeving ook in je R script staan. Het werkt dan vaak fijner om
een volgende keer dat je RStudio opent met een schone (lege) omgeving te beginnen, en je
script opnieuw te runnen. Op die manier heb je geen 'oude' of onnodige dingen in je
omgeving staan, en weet je meteen of alles in je R script goed runt. Let op: je moet dan dus
wel álles in je script opnieuw runnen, voordat je verder kunt werken. Alles in 1x runnen kan
door met je muis alle code te selecteren of CTRL/Cmd + A te gebruiken, en daarna te
drukken op CTRL/Cmd + Enter of de knop 'Run' rechtsbovenin het R script.
Paneel → rechtsonder
Als laatste hebben we nog het paneel rechtsonder, met files, plots, packages etc. Het
tabblad Files (bestanden) is een simpele bestandenverkenner. Hiermee kun je rechtstreeks
vanuit RStudio bestanden openen, hernoemen en verplaatsen. Je kunt naar een gewenste
map op je computer browsen door op de drie puntjes rechtsbovenin te klikken. Vervolgens
kun je die map als standaard instellen voor R om in te zoeken of bestanden in op te slaan.
Dit doe je door deze map als 'working directory' in te stellen. Klik hiervoor op 'More' en 'Set
As Working Directory':
Het tabblad Plots zal nu leeg zijn. Hier zie je namelijk al je gegenereerde plots (zoals
spreidingsdiagrammen, histogrammen etc.), maar die hebben we nu nog niet. Als je een
plotje maakt, opent dit tabblad automatisch zodat je het kunt bekijken. Als je meerdere
dingen plot, kun je hiertussen navigeren met de blauwe pijlen linksboven in het paneel. Je
kunt plots ook vergroten ('Zoom') of exporteren als afbeelding of pdf ('Export'). In de les
'Eerste visualisaties' gaan we met plots aan de slag.
Het tabblad Packages (pakketten) omvat informatie over al je geïnstalleerde packages.
Zoals uitgelegd in de les 'Waarom R en RStudio' werkt R met functies, die vaak weer zijn
ondergebracht in packages. Sommige packages worden standaard geïnstalleerd zodra je R
Console (R) → linksonder
Rekenmachine symbolen voor R code:
Wat? In R code: Voorbeeld: Voorbeeld R code:
Optellen + twee plus drie 2+3
Aftrekken - twee min drie 2-3
Vermenigvuldigen * twee keer drie 2*3
Delen / twee gedeeld door drie 2/3
Machtsverheffen ^ twee tot de macht drie 2^3
Worteltrekken sqrt() de wortel van drie sqrt(3)
- Punt als decimaal teken
- Komma als scheidingsteken
Een functie in R heeft vaak de volgende opzet: functienaam(argument1, argument2, ...). Als
argumenten geef je de input (bijvoorbeeld een variabele of een hele dataset) of specificeer
je duidelijker wat je precies wil. Het ligt aan de functie hoeveel argumenten je moet geven en
wat je dan precies als argument(en) moet geven.
Functie: sample(), waarmee je random dingen kunt selecteren ('samplen'). Als argumenten
geef je hier uit welke dingen je wil kiezen, en hoeveel je er random wilt kiezen. De 'dingen'
waar je random uit selecteert kunnen getallen, maar bijvoorbeeld ook namen, zijn. Deze
voer je zelf in. Bv: sample(c("Niek", "Laila", "Esmée", "Camal", "Alec"), size = 1). De ‘c’
heeft ie nodig en de aanhalingstekens ook, de ‘size’ ervoor niet, kan ook zo:
sample(c("Niek", "Laila", "Esmée", "Camal", "Alec"), 1). R weet bij elke functie de
volgorde van de argumenten, dus als je die correct aanhoudt en een komma ertussen
gebruikt als scheidingsteken, dan hoef je de naam van het argument en het =-teken niet per
se toe te voegen. Helpt wel om het overzichtelijk te houden.
Als je wilt dat de waardes ook meerdere keren geselecteerd kunnen worden dan:
sample(c(5, 11, 38, 52, 67, 93), 3, replace = TRUE).
R script → linksboven
Met een R script kun je je werk opslaan én aanpassen. Ook kun je zo makkelijk je werk
delen met teamgenoten van je paper. Werken in RStudio doe je dus met een R script. Om
een nieuw R script te maken klik je op File > New file > R script of je kunt de knop in de
bovenbalk gebruiken die een wit blad voorstelt met een klein groen plusje in de
linkerbovenhoek: Als je een R script of ander bestand opent in RStudio, dan krijg je
,linksboven een vierde paneel erbij. Dit wordt het 'source' paneel, of soms de teksteditor,
genoemd.
Om een commando vanuit een script uit te voeren, zet je je cursor in de regel die je wilt
runnen en gebruik je CTRL + Enter (Windows) of Command + Enter (Mac), of de knop 'Run'
rechtsbovenin het R script. Als je meerdere commando's of het hele script in één keer wilt
uitvoeren, selecteer dan met je muis alle code of gebruik CTRL + A (Windows) of Command
+ A (Mac), en druk dan op CTRL + Enter (Windows) of Command + Enter (Mac) of de knop
'Run' rechtsbovenin het R script.
Stel dat je een keer een opdracht niet kan uitvoeren, controleer dan altijd even of R niet al
ergens een rood kruisje heeft staan in je script. Meestal helpt het al om goed op de ,.()""
tekens te letten!
Zijn de kleuren lastig leesbaar voor jou? Of vind je doorgaans een dark mode fijner? Dan
kan het helpen om een ander thema te gebruiken in R. Dit doe je als volgt. Ga naar het
menu Tools → Global Options.
Ga nu naar Appearance → Editor Theme. Er is bij Editor Theme een lijstje aan opties die je
kunt uitproberen. Via de knop “Apply” kun je je keuze opslaan. Zo maakt het thema Vibrant
Ink de achtergrond zwart en zijn de tekst kleuren groen, rood, en paars. Je kunt bij de Editor
Themes kijken of er een kleurenthema is die voor jou de tekst beter leesbaar maakt. Je kunt
ook natuurlijk kiezen voor een thema wat je het mooiste vindt ;).
In een R script kun je dus je R commando's en codes bijhouden, en dit opslaan. Om het
overzichtelijk te houden kun je hier ook titels, subtitels en opmerkingen bij plaatsen. Dit doe
je door de regel te beginnen met een "#" (hashtag) en daarachter te typen. Door de # weet R
dat het in die regel om een 'comment' gaat en niet om een commando dat moet worden
uitgevoerd. Typ bovenaan je script een titel met een hashtag ervoor, bijvoorbeeld:
# Practicum TOE: Grasple les "Inleiding R en RStudio". Je kunt ook meerdere hashtags
tegelijk gebruiken om onderscheid te maken tussen bijvoorbeeld titels, subtitels en
opmerkingen. Je kan ook regels leeg lagen voor het overzicht.
Tip: de “antwoorden” of reacties die R geeft op je commando zie je staan in
de Console onder je R Script. Het kan natuurlijk handig zijn om de
antwoorden die R geeft te noteren. Dit kun je ook door middel van comments
toevoegen aan je script.
Omgeving → rechtsboven
Rechtsbovenin zien we de omgeving. Als je een dataset opent zal deze hier verschijnen,
maar je kunt ook zelf andere dingen in je omgeving zetten. Dit worden vaak 'objecten'
genoemd. Alle objecten (variabelen, functies en data) die je als gebruiker definieert, worden
in de omgeving bijgehouden. Op die manier kun je ze later makkelijk nog een keer
'oproepen' en gebruiken. Iets definieren doe je in R door <- ('assign') te gebruiken. Het
volgende commando definieert bijvoorbeeld een nieuwe variabele 'var1' met een waarde van
8. var1 <- 8
, Vervolgens kun je 'var1' oproepen in je R script en weet R dat de waarde 8 hierbij hoort.
Probeer maar eens: var1 + 3. Dit geeft je als resultaat in de console 11 (en dat klopt, want
eigenlijk staat hier 8 + 3). Wat je definieert en hoe je dit noemt, mag je helemaal zelf weten.
Let wel op dat R hoofdlettergevoelig is! 'var1' en 'Var1' zijn dus twee verschillende dingen
(en 'Var1' bestaat niet in dit geval). Ook kan de naam van een object geen spatie bevatten of
beginnen met een cijfer, dus 'var 1' en '1var' kunnen bijvoorbeeld niet.
We kunnen ook functies gebruiken bij het maken van objecten: var2 <- c("Niek", "Laila",
"Esmée", "Camal", "Alec"). In de omgeving komt nu 'var2' te staan met de vijf namen die
we eerder hebben gebruikt in de functie sample(). Door de functie c() te gebruiken worden
de vijf namen gecombineerd tot één object. Vervolgens kunnen we 'var2' nu gebruiken in
ons R script. R haalt de waardes die daarbij horen dan zelf uit de omgeving. Run
bijvoorbeeld: sample(var2, size = 2). Hiermee trekken we weer random twee namen uit de
vijf namen die in 'var2' zijn gedefinieerd. We zouden ook het resultaat van dit commando,
dus de twee getrokken namen, kunnen opslaan in een nieuw object: getrokken_namen <-
sample(var2, size = 2).
Als je RStudio afsluit krijg je vaak een melding: save workspace image to …. Hier wordt
eigenlijk gevraagd of je datgene wat je in je omgeving hebt staan op wil slaan. Wij raden aan
om dit NIET te doen. Als het goed is heb je alle commando's die nodig zijn voor het openen
of definieren van dingen in je omgeving ook in je R script staan. Het werkt dan vaak fijner om
een volgende keer dat je RStudio opent met een schone (lege) omgeving te beginnen, en je
script opnieuw te runnen. Op die manier heb je geen 'oude' of onnodige dingen in je
omgeving staan, en weet je meteen of alles in je R script goed runt. Let op: je moet dan dus
wel álles in je script opnieuw runnen, voordat je verder kunt werken. Alles in 1x runnen kan
door met je muis alle code te selecteren of CTRL/Cmd + A te gebruiken, en daarna te
drukken op CTRL/Cmd + Enter of de knop 'Run' rechtsbovenin het R script.
Paneel → rechtsonder
Als laatste hebben we nog het paneel rechtsonder, met files, plots, packages etc. Het
tabblad Files (bestanden) is een simpele bestandenverkenner. Hiermee kun je rechtstreeks
vanuit RStudio bestanden openen, hernoemen en verplaatsen. Je kunt naar een gewenste
map op je computer browsen door op de drie puntjes rechtsbovenin te klikken. Vervolgens
kun je die map als standaard instellen voor R om in te zoeken of bestanden in op te slaan.
Dit doe je door deze map als 'working directory' in te stellen. Klik hiervoor op 'More' en 'Set
As Working Directory':
Het tabblad Plots zal nu leeg zijn. Hier zie je namelijk al je gegenereerde plots (zoals
spreidingsdiagrammen, histogrammen etc.), maar die hebben we nu nog niet. Als je een
plotje maakt, opent dit tabblad automatisch zodat je het kunt bekijken. Als je meerdere
dingen plot, kun je hiertussen navigeren met de blauwe pijlen linksboven in het paneel. Je
kunt plots ook vergroten ('Zoom') of exporteren als afbeelding of pdf ('Export'). In de les
'Eerste visualisaties' gaan we met plots aan de slag.
Het tabblad Packages (pakketten) omvat informatie over al je geïnstalleerde packages.
Zoals uitgelegd in de les 'Waarom R en RStudio' werkt R met functies, die vaak weer zijn
ondergebracht in packages. Sommige packages worden standaard geïnstalleerd zodra je R
