WEEK 7
• aangeven wat Antoni van Leeuwenhoek, Martinus Beijerinck, Robert Koch, Carl Woese en
Craig Venter betekend hebben voor de microbiologie,
- Antoni van Leeuwenhoek: maakte een microscoop met 300x vergroting. In 1676 tekening
bacteriën.
- Martinus Beijerinck: voor de 1e keer virussen beschreven, de tabaksmozaiek ziekte d.m.v. filtratie
experiment (1898).
- Robert Koch: isolatie van ziekteverwekkers, kweken van micro-organismen.
- Carl Woese: universal tree of life gebaseerd op ribosomale RNA genen. ‘’Wolf, these things aren’t
even bacteria.’’ -> Archea – apart domein.
- Craig Venter: shot gun sequencing (metagenomics), sequencen van humane genoom. Verbetering
van de sequencing technieken.
• de groepen micro-organismen noemen met hun belangrijkste karakteristieken,
Prokaryote micro-organismen:
- Domein Bacteria
- Domein Archaea
- Geen nucleus en organellen
- Eencellig
Eukaryote micro-organismen:
- Schimmels
- Protisten (alle eukaryote organismen die geen plant, dier of schimmel zijn)
- Kern en organellen
- Groter dan de meeste prokaryoten
Groep omschrijving
Bacteriën Groep micro-organismen die geen kern bevatten en
meestal peptidoglycaan in hun celwand hebben
Archaea Groep micro-organismen waartoe de methanogenen
behoren
Schimmels Groep micro-organismen die zonder uitzondering
heterotroof zijn
Protisten zijn eukaryoot, maar geen schimmel, plant of dier
Bacteriën: missen een kern, missen cellulaire chromosomen, bijna altijd een celwand met
peptidoglycaan, flagel waarmee ze kunnen bewegen/hechten aan een oppervlak.
Archaea: leven onder extreme condities, missen een kern, hebben circulaire chromosomen,
vermenigvuldigen zich door deling, missen peptidoglycaan in de celwand, flagel.
Schimmels: meer verwant met dieren dan planten, vermenigvuldigen via sporen, heterotroof,
chitine en glucaan in de celwand.
Protisten: verzamelnaam (geen planten, dieren of schimmels), heterotroof en autotroof,
geslachtelijk en ongeslachtelijke voortplanting.
, • de vier verschillende vormen van voeding uitleggen
en herkennen,
- Chemoautotroof
- Chemoheterotroof
- Fotoautotroof
- Fotoheterotroof
• aangeven wat globaal het aantal kweekbare bacteriën in de bodem is,
- Er zijn 100 miljoen keer zoveel bacteriën in de zee (13 x 1028), als dat er sterren zijn in het (tot zover
bekende) universum.
- Het aantal micro-organismen in een theelepel grond (1 x 109) is hetzelfde als het aantal bewoners
van Afrika in 2011.
- We dragen 400x zoveel microbiologische cellen bij ons als mensen die ooit op aarde hebben
geleefd.
• de mogelijkheden en beperkingen van licht microscopie, transmissie en scanning
electronenmicroscopie bespreken,
- Licht microscopie: bacteriën & schimmels zichtbaar, maar geen virussen.
- Transmissie: virussen zichtbaar, hele dunne coupes, alleen dode cellen (ook een
elektronenmicroscoop).
- Scanning elektronenmicroscopie: virussen zichtbaar, metaal over een monster sprayen, kijkt alleen
naar het oppervlakte van het monster, alleen dode cellen.
• uitleggen hoe de Gram kleuring werkt, beschrijven hoe celwanden van Gram-positieve en
Gram-negatieve bacteriën verschillen in structuur en hoe ze kleuren tijdens de Gram-
kleuring,
- Gram-positieve bacteriën: paars, hebben een plasmamembraan en een celwand die bestaat uit
een dikke laag peptidoglycaan.
- Gram-negatieve bacteriën: roze, hebben een plasmamembraan en een celwand die bestaat uit een
dunne laag peptidoglycaan en een 2e membraan (beschermende functie tegen bv. antibiotica).
, Stap Handeling
1 Smeer de bacteriën op het objectglaasje
2 Haal objectglaasje snel door de vlam
3 Kristalviolet 20 seconden
4 Was met water
5 Jodium 60 seconden
6 Alcohol 10-20 seconden
7 Was met water
8 Safranine 60 seconden
9 Was met water
10 Droog het objectglaasje
• structuren van de prokaryote cel benoemen,
• verschil aangeven en herkennen tussen complexe (rijke) media en defined (minimale) media,
Minimaal/gedefinieerd medium: bekende hoeveelheden van alle ingrediënten. Belangrijk voor een
organisme is een koolstofbron, stikstofbron en sporenelementen.
Rijk/ongedefinieerd medium: bevat complexe ingrediënten, zoals gist, extract of pepton, waardoor
de samenstelling niet precies bekend is.
• verschil uitleggen tussen selectieve en differentiële media en aangeven wat MacConkey
medium is en hoe te interpreteren,
Er zijn ook selectieve media die de groei van bepaalde micro-organismen mogelijk maken en die van
andere remmen.
Daarnaast zijn er ook differentiële media die onderscheid kunnen maken tussen bacteriën op basis
van een bepaalde eigenschap.
Een voorbeeld van een medium dat zowel selectief is als differentieel is MacConkey-medium:
- Het bevat galzouten en is daarom selectief voor Gram-negatieve bacteriën. Deze kunnen er wel op
groeien, terwijl Gram-positieven geremd worden in hun groei.
- Daarnaast is het medium differentieel, sinds het als koolstofbron lactose en pepton bevat. Als een
bacterie lactose kan vergisten dan wordt het medium zuur en kleurt het donkerroze.
, • de verschillende fases in een groeicurve opnoemen en aangeven wat er tijdens iedere fase
gebeurt,
1. Lagfase: de bacteriën passen zich aan aan de groeiomstandigheden.
2. Logfase: de populatie groeit exponentieel (de y-as is een log-schaal, waardoor het een rechte lijn
wordt).
3. Stationaire fase: de populatie heeft netto geen nieuwe bacteriën.
4. Afstervingsfase: het aantal bacteriën neemt af.
• uitleggen en berekenen wat de generatietijd is,
Gernatietijd: de tijd die een bacterie nodig heeft om zich te delen tijdens de exponentiële fase
(logfase).
• uitleggen op welke manieren de hoeveelheid cellen in een cultuur worden bepaald en dit
toepassen,
Plaattelmethode: hierbij neem je 1ml monster uit je oplossing en die gebruik je om een
verdunningsreeks te maken.
1) Vanuit de verdunningen plaats je steeds 1ml uit op een voedingsbodem.
2) Die incubeer je overnacht zodat je losse kolonies krijgt.
3) Door die kolonies te tellen kun je de concentratie in de oorspronkelijke cultuur bepalen.
Optische dichtheid methode: het bepalen van de concentratie cellen door het meten van de
optische dichtheid met een spectrofotometer.
De plaattelmethode meet alleen levende cellen. De optische dichtheid methode meet ook dode
cellen, en pas als de cellen lyseren gaat de optische dichtheid omlaag.
• uitleggen wat het belang is van DNA technieken voor het identificeren van micro-
organismen, beschrijven van de stappen van PCR en hoe PCR wordt toegepast voor
identificeren van micro-organismen,
DNA technieken:
- 16s/18s rRNA gen
- Onderdeel van de 30S subunit van het ribosoom
- Geconserveerd
- Variabele stukken (binden primers aan, vormt PCR product wat je kunt sequencen)
- Identificatie en verwantschap (vergelijken met bestaande sequenties)
DNA technieken (onafhankelijk van kweken):
- Isoleren DNA of cellen
- Amplificatie van 16S/18S rRNA gen met PCR met primers tegen geconserveerde stukken (universele
primers)
- Sequencen van de PCR producten
- Vergelijkbaar met sequenties in een database
• aangeven wat Antoni van Leeuwenhoek, Martinus Beijerinck, Robert Koch, Carl Woese en
Craig Venter betekend hebben voor de microbiologie,
- Antoni van Leeuwenhoek: maakte een microscoop met 300x vergroting. In 1676 tekening
bacteriën.
- Martinus Beijerinck: voor de 1e keer virussen beschreven, de tabaksmozaiek ziekte d.m.v. filtratie
experiment (1898).
- Robert Koch: isolatie van ziekteverwekkers, kweken van micro-organismen.
- Carl Woese: universal tree of life gebaseerd op ribosomale RNA genen. ‘’Wolf, these things aren’t
even bacteria.’’ -> Archea – apart domein.
- Craig Venter: shot gun sequencing (metagenomics), sequencen van humane genoom. Verbetering
van de sequencing technieken.
• de groepen micro-organismen noemen met hun belangrijkste karakteristieken,
Prokaryote micro-organismen:
- Domein Bacteria
- Domein Archaea
- Geen nucleus en organellen
- Eencellig
Eukaryote micro-organismen:
- Schimmels
- Protisten (alle eukaryote organismen die geen plant, dier of schimmel zijn)
- Kern en organellen
- Groter dan de meeste prokaryoten
Groep omschrijving
Bacteriën Groep micro-organismen die geen kern bevatten en
meestal peptidoglycaan in hun celwand hebben
Archaea Groep micro-organismen waartoe de methanogenen
behoren
Schimmels Groep micro-organismen die zonder uitzondering
heterotroof zijn
Protisten zijn eukaryoot, maar geen schimmel, plant of dier
Bacteriën: missen een kern, missen cellulaire chromosomen, bijna altijd een celwand met
peptidoglycaan, flagel waarmee ze kunnen bewegen/hechten aan een oppervlak.
Archaea: leven onder extreme condities, missen een kern, hebben circulaire chromosomen,
vermenigvuldigen zich door deling, missen peptidoglycaan in de celwand, flagel.
Schimmels: meer verwant met dieren dan planten, vermenigvuldigen via sporen, heterotroof,
chitine en glucaan in de celwand.
Protisten: verzamelnaam (geen planten, dieren of schimmels), heterotroof en autotroof,
geslachtelijk en ongeslachtelijke voortplanting.
, • de vier verschillende vormen van voeding uitleggen
en herkennen,
- Chemoautotroof
- Chemoheterotroof
- Fotoautotroof
- Fotoheterotroof
• aangeven wat globaal het aantal kweekbare bacteriën in de bodem is,
- Er zijn 100 miljoen keer zoveel bacteriën in de zee (13 x 1028), als dat er sterren zijn in het (tot zover
bekende) universum.
- Het aantal micro-organismen in een theelepel grond (1 x 109) is hetzelfde als het aantal bewoners
van Afrika in 2011.
- We dragen 400x zoveel microbiologische cellen bij ons als mensen die ooit op aarde hebben
geleefd.
• de mogelijkheden en beperkingen van licht microscopie, transmissie en scanning
electronenmicroscopie bespreken,
- Licht microscopie: bacteriën & schimmels zichtbaar, maar geen virussen.
- Transmissie: virussen zichtbaar, hele dunne coupes, alleen dode cellen (ook een
elektronenmicroscoop).
- Scanning elektronenmicroscopie: virussen zichtbaar, metaal over een monster sprayen, kijkt alleen
naar het oppervlakte van het monster, alleen dode cellen.
• uitleggen hoe de Gram kleuring werkt, beschrijven hoe celwanden van Gram-positieve en
Gram-negatieve bacteriën verschillen in structuur en hoe ze kleuren tijdens de Gram-
kleuring,
- Gram-positieve bacteriën: paars, hebben een plasmamembraan en een celwand die bestaat uit
een dikke laag peptidoglycaan.
- Gram-negatieve bacteriën: roze, hebben een plasmamembraan en een celwand die bestaat uit een
dunne laag peptidoglycaan en een 2e membraan (beschermende functie tegen bv. antibiotica).
, Stap Handeling
1 Smeer de bacteriën op het objectglaasje
2 Haal objectglaasje snel door de vlam
3 Kristalviolet 20 seconden
4 Was met water
5 Jodium 60 seconden
6 Alcohol 10-20 seconden
7 Was met water
8 Safranine 60 seconden
9 Was met water
10 Droog het objectglaasje
• structuren van de prokaryote cel benoemen,
• verschil aangeven en herkennen tussen complexe (rijke) media en defined (minimale) media,
Minimaal/gedefinieerd medium: bekende hoeveelheden van alle ingrediënten. Belangrijk voor een
organisme is een koolstofbron, stikstofbron en sporenelementen.
Rijk/ongedefinieerd medium: bevat complexe ingrediënten, zoals gist, extract of pepton, waardoor
de samenstelling niet precies bekend is.
• verschil uitleggen tussen selectieve en differentiële media en aangeven wat MacConkey
medium is en hoe te interpreteren,
Er zijn ook selectieve media die de groei van bepaalde micro-organismen mogelijk maken en die van
andere remmen.
Daarnaast zijn er ook differentiële media die onderscheid kunnen maken tussen bacteriën op basis
van een bepaalde eigenschap.
Een voorbeeld van een medium dat zowel selectief is als differentieel is MacConkey-medium:
- Het bevat galzouten en is daarom selectief voor Gram-negatieve bacteriën. Deze kunnen er wel op
groeien, terwijl Gram-positieven geremd worden in hun groei.
- Daarnaast is het medium differentieel, sinds het als koolstofbron lactose en pepton bevat. Als een
bacterie lactose kan vergisten dan wordt het medium zuur en kleurt het donkerroze.
, • de verschillende fases in een groeicurve opnoemen en aangeven wat er tijdens iedere fase
gebeurt,
1. Lagfase: de bacteriën passen zich aan aan de groeiomstandigheden.
2. Logfase: de populatie groeit exponentieel (de y-as is een log-schaal, waardoor het een rechte lijn
wordt).
3. Stationaire fase: de populatie heeft netto geen nieuwe bacteriën.
4. Afstervingsfase: het aantal bacteriën neemt af.
• uitleggen en berekenen wat de generatietijd is,
Gernatietijd: de tijd die een bacterie nodig heeft om zich te delen tijdens de exponentiële fase
(logfase).
• uitleggen op welke manieren de hoeveelheid cellen in een cultuur worden bepaald en dit
toepassen,
Plaattelmethode: hierbij neem je 1ml monster uit je oplossing en die gebruik je om een
verdunningsreeks te maken.
1) Vanuit de verdunningen plaats je steeds 1ml uit op een voedingsbodem.
2) Die incubeer je overnacht zodat je losse kolonies krijgt.
3) Door die kolonies te tellen kun je de concentratie in de oorspronkelijke cultuur bepalen.
Optische dichtheid methode: het bepalen van de concentratie cellen door het meten van de
optische dichtheid met een spectrofotometer.
De plaattelmethode meet alleen levende cellen. De optische dichtheid methode meet ook dode
cellen, en pas als de cellen lyseren gaat de optische dichtheid omlaag.
• uitleggen wat het belang is van DNA technieken voor het identificeren van micro-
organismen, beschrijven van de stappen van PCR en hoe PCR wordt toegepast voor
identificeren van micro-organismen,
DNA technieken:
- 16s/18s rRNA gen
- Onderdeel van de 30S subunit van het ribosoom
- Geconserveerd
- Variabele stukken (binden primers aan, vormt PCR product wat je kunt sequencen)
- Identificatie en verwantschap (vergelijken met bestaande sequenties)
DNA technieken (onafhankelijk van kweken):
- Isoleren DNA of cellen
- Amplificatie van 16S/18S rRNA gen met PCR met primers tegen geconserveerde stukken (universele
primers)
- Sequencen van de PCR producten
- Vergelijkbaar met sequenties in een database
