Aangezien DNA dubbelstrengs is, is de oriëntatie van de TATA box asymmetrisch. RNA
polymerase kan hier maar op 1 manier op binden.
RNA polymerase synthetiseert de nieuwe streng van 5’ → 3’. RNA polymerase beweegt zich
dus van 3’ → 5’ over de template strand. De sequentie die RNA polymerase nodig heeft om
te starten met transcriptie is de TATA box. Dit is een sequentie die op de template strand
moet liggen. Tegenover de template strand ligt de coding strand, welke dus niet TATA als
sequentie heeft, maar ATAT. De promotor is daarmee asymmetrisch. De oriëntatie van de
promotor bepaalt daarom welke richting de transcriptie op gaat. De oriëntatie van de TATA
box bepaalt dus ook welke streng de template strand is. De template strand moet 3’TATA5’
bevatten om de template strand te zijn.
De consensussequentie is een gemiddelde van alle sequenties; hij wordt bepaalt door vele
sequenties met dezelfde functie te vergelijken en voor elke poisitie de meest voorkomende
nucleotide te bepalen. Daarom is het een ‘theoretische sequentie’. In werkelijkheid zal de
sequentie wellich niet voorkomen, omdat er niet gekeken is of deze wel daadwerkelijk
bestaat. Met de consensussequentie kan wel de sterkte van de sequentie bepaald worden.
Hoe meer de sequentie op de bijbehorende consensussequentie lijkt, hoe sterker hij is.\
Aantal initiaties per tijdseenheid per promotor
Hoe sterker de sequentie van de promotor lijkt op de consensussequentie van de promotor,
hoe meer initiaties er zullen plaatsvinden, hoe sterker de promotor is.
,Wat is een fundamenteel verschil tussen RNA-polymerase I en III, en RNA-polymerase
II?
RNA polymerase II heeft een C-terminaal domein (CTD, c-terminale staart) waar capping,
splicing en poly-a-factoren op kunnen binden (factoren voor processing dus). RNA
polymerase I en III hebben geen CTD.
Aan de CTD van RNA polymerase II kunnen fosfaatgroepen binden.
Figuur 6-18 laat een DNA streng zien waar transcriptie gaat plaatsvinden. Het onderste
gedeelte laat een transcriptie-initiatie complex zien.
Het DNA heeft een activator die gebonden is op een enhancer sequentie (een cis-regulatoire
sequentie voor die activator); een TATA box waar de general transcriptionfactors op gaan
binden, en ongeveer 25 nucleotiden downstream van de TATA box het startpunt van de
transcriptie. Tussen de activator en de TATA box en tussen de TATA box en het startpunt
van transcriptie zit spacer DNA. Het DNA vormt een loop zodat de activator interactie kan
aangaan met de mediator, een groot eiwit complex dat vele transcriptiefactoren, activators,
RNA polymerase, histone-modifying enzymes en chromatine remodelling complex vast
houdt. Na de binding van alle eiwitten die nodig zijn in het transcription initiation complex kan
de transcriptie plaatsvinden.
De CTD van RNA polymerase II bestaat uit repeats van 7 aminozuren. TFIIH fosforyleert alle
Serines op positie 5 in die repeats. De capping eiwitten kunnen op deze fosfaatgroepen
binden. De andere eiwitten die kunnen binden op de CTD en betrokken zijn bij splicing
kunnen binden op gefosforyleert Ser2 en Ser5 of alleen Ser2. Alleen de capping eiwitten
kunnen dus binden op gefosforyleert Ser5, wat veroorzaakt wordt door TFIIH.
/kan jij
hiervoor bedenken?
De effeciëntie waarmee de rRNAs getranscribeerd worden is dan groter. Er zijn namelijk
veel meer rRNA transcripten nodig dan van mRNA.
, mRNAs kunnen meerdere malen gebruikt worden voor translatie, maar rRNAs zijn zelf het
eindproduct en van 1 rRNA is niet meer rRNA te maken.
Een triplet kan beginnen bij het eerste nucleotide, het tweede nucleotide of het derde
nucleotide. Dit geeft al 3 mogelijk reading frames. DNA is dubbelstrengs, dus het frame kan
afgelezen worden vanaf beide strengen. Dit geeft 2x3 = 6 mogelijke reading frames.
Nagaan in welk frame het start- en stopcodon zitten
Eukaryoot DNA bevat intronen die eruit worden geknipt. In intronen zitten vaak start- en
stopcodons, maar deze komen dan niet terecht in het mRNA.
Wobble base-paring is het fenomeen waarbij het laatste aminozuur van het codon niet exact
hoeft te paren met het anticodon. Er hoeft bijvoorbeeld maar 1 waterstofbrug gevormd te
worden in plaats van 2 of 3. Hierdoor wordt de specificiteit van het laatste nucleotide kleiner,
waardoor er niet voor elk aparte codon een apart tRNA hoeft te zijn.
polymerase kan hier maar op 1 manier op binden.
RNA polymerase synthetiseert de nieuwe streng van 5’ → 3’. RNA polymerase beweegt zich
dus van 3’ → 5’ over de template strand. De sequentie die RNA polymerase nodig heeft om
te starten met transcriptie is de TATA box. Dit is een sequentie die op de template strand
moet liggen. Tegenover de template strand ligt de coding strand, welke dus niet TATA als
sequentie heeft, maar ATAT. De promotor is daarmee asymmetrisch. De oriëntatie van de
promotor bepaalt daarom welke richting de transcriptie op gaat. De oriëntatie van de TATA
box bepaalt dus ook welke streng de template strand is. De template strand moet 3’TATA5’
bevatten om de template strand te zijn.
De consensussequentie is een gemiddelde van alle sequenties; hij wordt bepaalt door vele
sequenties met dezelfde functie te vergelijken en voor elke poisitie de meest voorkomende
nucleotide te bepalen. Daarom is het een ‘theoretische sequentie’. In werkelijkheid zal de
sequentie wellich niet voorkomen, omdat er niet gekeken is of deze wel daadwerkelijk
bestaat. Met de consensussequentie kan wel de sterkte van de sequentie bepaald worden.
Hoe meer de sequentie op de bijbehorende consensussequentie lijkt, hoe sterker hij is.\
Aantal initiaties per tijdseenheid per promotor
Hoe sterker de sequentie van de promotor lijkt op de consensussequentie van de promotor,
hoe meer initiaties er zullen plaatsvinden, hoe sterker de promotor is.
,Wat is een fundamenteel verschil tussen RNA-polymerase I en III, en RNA-polymerase
II?
RNA polymerase II heeft een C-terminaal domein (CTD, c-terminale staart) waar capping,
splicing en poly-a-factoren op kunnen binden (factoren voor processing dus). RNA
polymerase I en III hebben geen CTD.
Aan de CTD van RNA polymerase II kunnen fosfaatgroepen binden.
Figuur 6-18 laat een DNA streng zien waar transcriptie gaat plaatsvinden. Het onderste
gedeelte laat een transcriptie-initiatie complex zien.
Het DNA heeft een activator die gebonden is op een enhancer sequentie (een cis-regulatoire
sequentie voor die activator); een TATA box waar de general transcriptionfactors op gaan
binden, en ongeveer 25 nucleotiden downstream van de TATA box het startpunt van de
transcriptie. Tussen de activator en de TATA box en tussen de TATA box en het startpunt
van transcriptie zit spacer DNA. Het DNA vormt een loop zodat de activator interactie kan
aangaan met de mediator, een groot eiwit complex dat vele transcriptiefactoren, activators,
RNA polymerase, histone-modifying enzymes en chromatine remodelling complex vast
houdt. Na de binding van alle eiwitten die nodig zijn in het transcription initiation complex kan
de transcriptie plaatsvinden.
De CTD van RNA polymerase II bestaat uit repeats van 7 aminozuren. TFIIH fosforyleert alle
Serines op positie 5 in die repeats. De capping eiwitten kunnen op deze fosfaatgroepen
binden. De andere eiwitten die kunnen binden op de CTD en betrokken zijn bij splicing
kunnen binden op gefosforyleert Ser2 en Ser5 of alleen Ser2. Alleen de capping eiwitten
kunnen dus binden op gefosforyleert Ser5, wat veroorzaakt wordt door TFIIH.
/kan jij
hiervoor bedenken?
De effeciëntie waarmee de rRNAs getranscribeerd worden is dan groter. Er zijn namelijk
veel meer rRNA transcripten nodig dan van mRNA.
, mRNAs kunnen meerdere malen gebruikt worden voor translatie, maar rRNAs zijn zelf het
eindproduct en van 1 rRNA is niet meer rRNA te maken.
Een triplet kan beginnen bij het eerste nucleotide, het tweede nucleotide of het derde
nucleotide. Dit geeft al 3 mogelijk reading frames. DNA is dubbelstrengs, dus het frame kan
afgelezen worden vanaf beide strengen. Dit geeft 2x3 = 6 mogelijke reading frames.
Nagaan in welk frame het start- en stopcodon zitten
Eukaryoot DNA bevat intronen die eruit worden geknipt. In intronen zitten vaak start- en
stopcodons, maar deze komen dan niet terecht in het mRNA.
Wobble base-paring is het fenomeen waarbij het laatste aminozuur van het codon niet exact
hoeft te paren met het anticodon. Er hoeft bijvoorbeeld maar 1 waterstofbrug gevormd te
worden in plaats van 2 of 3. Hierdoor wordt de specificiteit van het laatste nucleotide kleiner,
waardoor er niet voor elk aparte codon een apart tRNA hoeft te zijn.
