Opdrachten behorende bij DNA Fingerprint week 2
Probeer het antwoord op de volgende vragen in eigen woorden uit te leggen:
1. Leg het principe uit van fluorescentie.
Bijvoorbeel je gelred is een fluorescerende dye, bind met dsDNA. Als je met UV licht
aanslaat gaan de elektronen in een aangeslagen toestand, vallen terug in de
grondtoestand en zenden daarbij licht uit in een andere golflengte.
2. Op welke wijze worden de PCR fragmenten fluorescent gelabeld?
De fluorescerende labels worden aan 1 van de primers van het primer paar toegevoegd, met NHS-
esters en amino bindingen worden deze gekoppeld aan het 5’einde van de primer. Zo kan er
bijvoorbeeld een 6-carbon spacer worden toegevoegd label-(CH2)6-primer. Er kunnen
verschillende labels ingebouwd worden zodat producten met vergelijkbare lengtes te
onderscheiden zijn. De CCD camera neemt vervolgens dee labels waar en deze verschijnen als
gekleurde pieken.
3. Hoe kan het dat je met slechts 5 kleuren toch 24 verschillende markers kan
meten?
In een kleur ‘kanaal’ kun je verschillende markers meten mits ze niet binnen hetzelfde
amplificatiegebied vallen.
4. Welk humaan locus is het meest Polymorf en waarom zijn deze interessant voor
Forensisch Onderzoek?
Het HLA superlocus. Dit is een genomisch gebied dat codeert voor zes HLA-genen en ten
menste 132 eiwitcoderende genen die een belangrijke rol spelen bij de regulatie van het
immunsysteem en andere moleculaire en cellulaire processen.
5. Leg uit wat stutter is en welke verschillende vormen van stutter er bestaan.
Het polymerase dat het DNA synthetiseert heeft een repeat overgeslagen tijdens de
productie van het pcr product of hij heeft er eentje extra bij gezet, dat betekent naast het
echte pcr product je een pcr product krijgt dat 4 basen paren kleiner is of 4 basen paren
groter is. De tetranucleotiden hebben het minste kans op stutter.
6. Welke STRs hebben de grootste stutter pieken: dinucleotide, trinucleotide of
tetranucleotide repeats?
dinucleotide, want bij tetranucleotiden is minder kans op stutter omdat het fragment 1
base te kort is.
7. Open het Excel bestand
van https://scv10mr-cdnpre-p-cus-00.azureedge.net/-/media/files/products-and-
services/genetic-identity/str-analysis/1036-revised-allele-freqs-popstats-july-19-2017-
vs-3.xlsx?
rev=fbc0e03e7f3540f9994bc2c8f6bb4cd4&sc_lang=en&_gl=1*1c7amaj*_ga*MTc2ODUw
MDYzOC4xNjM3MjcwMTYz*_ga_3KTGR4JGE1*MTYzNzI3MDE2Mi4xLjAuMTYzNzI3MDE3
MC4w
Stel dat een persoon van alle markers uit de lijst in een profiel alleen de allelen en 20 en
21 heeft. Wat is de kans dat een willekeurig persoon ook dit DNA profiel heeft?
Probability = 0,1038*0,0643=0,0067
Probeer het antwoord op de volgende vragen in eigen woorden uit te leggen:
1. Leg het principe uit van fluorescentie.
Bijvoorbeel je gelred is een fluorescerende dye, bind met dsDNA. Als je met UV licht
aanslaat gaan de elektronen in een aangeslagen toestand, vallen terug in de
grondtoestand en zenden daarbij licht uit in een andere golflengte.
2. Op welke wijze worden de PCR fragmenten fluorescent gelabeld?
De fluorescerende labels worden aan 1 van de primers van het primer paar toegevoegd, met NHS-
esters en amino bindingen worden deze gekoppeld aan het 5’einde van de primer. Zo kan er
bijvoorbeeld een 6-carbon spacer worden toegevoegd label-(CH2)6-primer. Er kunnen
verschillende labels ingebouwd worden zodat producten met vergelijkbare lengtes te
onderscheiden zijn. De CCD camera neemt vervolgens dee labels waar en deze verschijnen als
gekleurde pieken.
3. Hoe kan het dat je met slechts 5 kleuren toch 24 verschillende markers kan
meten?
In een kleur ‘kanaal’ kun je verschillende markers meten mits ze niet binnen hetzelfde
amplificatiegebied vallen.
4. Welk humaan locus is het meest Polymorf en waarom zijn deze interessant voor
Forensisch Onderzoek?
Het HLA superlocus. Dit is een genomisch gebied dat codeert voor zes HLA-genen en ten
menste 132 eiwitcoderende genen die een belangrijke rol spelen bij de regulatie van het
immunsysteem en andere moleculaire en cellulaire processen.
5. Leg uit wat stutter is en welke verschillende vormen van stutter er bestaan.
Het polymerase dat het DNA synthetiseert heeft een repeat overgeslagen tijdens de
productie van het pcr product of hij heeft er eentje extra bij gezet, dat betekent naast het
echte pcr product je een pcr product krijgt dat 4 basen paren kleiner is of 4 basen paren
groter is. De tetranucleotiden hebben het minste kans op stutter.
6. Welke STRs hebben de grootste stutter pieken: dinucleotide, trinucleotide of
tetranucleotide repeats?
dinucleotide, want bij tetranucleotiden is minder kans op stutter omdat het fragment 1
base te kort is.
7. Open het Excel bestand
van https://scv10mr-cdnpre-p-cus-00.azureedge.net/-/media/files/products-and-
services/genetic-identity/str-analysis/1036-revised-allele-freqs-popstats-july-19-2017-
vs-3.xlsx?
rev=fbc0e03e7f3540f9994bc2c8f6bb4cd4&sc_lang=en&_gl=1*1c7amaj*_ga*MTc2ODUw
MDYzOC4xNjM3MjcwMTYz*_ga_3KTGR4JGE1*MTYzNzI3MDE2Mi4xLjAuMTYzNzI3MDE3
MC4w
Stel dat een persoon van alle markers uit de lijst in een profiel alleen de allelen en 20 en
21 heeft. Wat is de kans dat een willekeurig persoon ook dit DNA profiel heeft?
Probability = 0,1038*0,0643=0,0067
