Werkcollege uitwerkingen GP Seline Donkers
Werkcolleges GP
Werkcollege 1:
Opdracht 1.1
- Bij het eerste rijtje gaat het om enkel de base en bij het tweede rijtje gaat het om de
base inclusief de suikergroep. Leren!! Deoxy en gewoon ook leren. Helixstructuur
kun je niet maken met de OH groep daarom een H bij DNA en OH bij RNA.
- Adenosinetrifosfaat
- dCTP = deoxycytosinetrifosfaat
dATP = deoxyguanosinetrifosfaat
dTTP = deocythymidinetrifosfaat
dGTP = deoxyadenosinetrifosfaat
Opdracht 1.2
a.
b. Lys → glu = AAA/AAG → GAA/GAG dus 1e A is dan naar G gegaan dus kan
Asp → Ala = GAU/GAC → GCU/GCC/GCA dus 2e A wordt een C dus kan niet
Phe →Leu = UUU/UUC → CUU/CUC/CUA/CUG dus 1e U wordt een C dus kan
c. Gaat hetzelfde als het onderste rijtje bij vraag A.
d. Wordt enkel voor RNA gebruikt en niet voor DNA. DNA is langlevend dus zou
schadelijk zijn en RNA leeft niet lang dus is minder erg. Je zou enkel een fout eiwit
kunnen maken maar die leven ook niet heel erg lang. Virus doet replicatie met RNA.
Wij kunnen dit niet uit onszelf. Kan leiden tot een andere mutatie van covid.
Opdracht 1.3
Links is replicatie. Transcriptie rechts
1
,Werkcollege uitwerkingen GP Seline Donkers
Opdracht 1.4
Op plek 102 zit glycine → GGA
GCA geen effect → alanine → neutrale mutatie
UGA inactivatie → stopcodon → nonsense en loss-of-fuction
Opdracht 1.5
Er ontstaat hier een frameshift waardoor de hele volgorde verandert en je dus een heel
ander eiwit krijgt.
Opdracht 1.6
a. GGTGA....CTCCA
b. Dit zou kunnen leiden tot dat de snRNP niet kan binden en intron niet verwijderd
wordt.
Opdracht 1.7
AAAUCUG AUG GAA CGC UAC
Met Glu Arg Tyr
Opdracht 1.8
CATGCAAAGTAATAGGT
CAU-GCA-AAG-UAAUAGGU
His-Ala-Lys
Opdracht 1.9
TAACTGTTGATGCTCAT
UA-ACU-GUU-GAU-GCU-CAU
Thr-Val-Asp-Ala-His
Werkcollege 2: Effect van mutaties op fenotype
Opdracht 2.1
Hemofilie→X-linked recessief
Achondroplastische dwerg → autosomaal dominant
a. Bij hemofilie loss-of-function en bij achondroplastische dwerg gain-of-function.
(Achondroplasie wordt veroorzaakt door actieverende mutatie in FGFR3. Activering
leidt tot continue remming van chondrocyt differentiatie en dus beengroei. Bij begin
normale beengroei daalt de concentratie van FGF hormoon.)
b. De straling in de kerncentrale heeft voor mutaties gezorgd die doorgegeven zijn aan
hun kinderen, maar de hemofilie kan niet door de vader zijn overgedragen want het
is X-linked en hij heeft een Y overgegeven aan zijn zoon. Dus enkel het tweede geval
kan veroorzaakt zijn door omstandigheden in de fabriek, maar kan ook gewoon door
spontane mutaties zijn ontstaan.
Opdracht 2.2
Keratine 71 (KRT71) = recht/krul, fibroblast groeifactor 5 (FGF5) =kort/lang en R-spondin–2
(RSPO2) = ruig/normaal.
a. Omdat ze deel uitmaken van genfamilies, die uit meerdere vergelijkbare sequenties
bestaan en ontstaan zijn door dublicaties in de loop van de evolutie.
2
, Werkcollege uitwerkingen GP Seline Donkers
b. A of C positie 451 vanaf start codon op het cDNA is rechtharig en T451 geeft krullend
haar. Verklaring Arg heeft 6 codons, waarvan er twee (AGG en CGG) in een stap naar
TGG kunnen gaan.
De weergave van de positie van de SNP is afhankelijk waar je begint met tellen, begin
chromosoom (en dan welke streng), begin gen, begin mRNA of zoals hier begin code.
In het paper regereert men de SNP ‘at position 5,542,806 on chromosoom 27 non-
curly haired dogs carried the CC genotype; curly coated dogs had the TT genotype’.
c. Korthaar = UGC = Cys, langhaar = UUC = Phe, plaats = 95
d. T is recessief en G dominant, loss-of-function
e. De insertie kan effect hebben op de expressie van het RSPO2 eiwit bijv. de insertie
kan voor hogere/lagere concentratie van mRNA zorgen door de transcriptie van
RSPO2 te verhogen/verlagen b.v. doordat het een gen regulerende sequentie bevat
waar activerende/remmende transcriptie factoren aan kunnen binden.
Of
De insertie kan voor een hogere/lagere concentratie van mRNA zorgen door de
afbraak van het mRNA te remmen/stimuleren b.v. doordat het de 3-D
vorm/conformatie van het mRNA verandert waardoor het een slechter/beter
substraat voor de RNA afbraak enzymen wordt.
f. B → lang haar ipv kort = FGF5, wenkbrauw versiering = RSPO2
C → krul haar ipv recht = KRT71, bek versiering = RSPO2
D → lang haar ipv kort = FGF5
E → lang haar ipc kort = FGF5, bek versiering = RSPO2
Opdracht 2.3
a. Geeft 78 intronen, 2386000 baseparen.
b. 4665. Want ook een stopcodon dat geen aminozuur geeft en start wordt er vaak
afgeknipt.
c. Er moet een promotorsite zitten voor exon 33. Als je twee promotorsites hebt kun je
beide gevallen soms vinden. Dit kan leiden tot een eiwit als er een startcodon in exon
33 zit, als dit niet het geval is dan krijg je dus geen eiwit.
d. Dit kan ontstaan doordat sommige exonen eruit geknipt worden. Vaak zijn eerste en
laatste exon wel gewoon aanwezig. Alternatieve splicing. Eerste en laatste zitten er
altijd in omdat splicing altijd tussen exonen in plaatsvindt.
e. Dit kan je dan een frameshift mutatie krijgt welke 1 verplaatst want 19/3 = 6+1. Dit
leidt ertoe dat alle codons anders zijn.
f. Dit kan zo zijn als exon 51 uit een aantal baseparen bestaat waardoor de frameshift
terug veranderd waardoor vanaf exon 52 alle codons weer als vanouds zijn.
3
Werkcolleges GP
Werkcollege 1:
Opdracht 1.1
- Bij het eerste rijtje gaat het om enkel de base en bij het tweede rijtje gaat het om de
base inclusief de suikergroep. Leren!! Deoxy en gewoon ook leren. Helixstructuur
kun je niet maken met de OH groep daarom een H bij DNA en OH bij RNA.
- Adenosinetrifosfaat
- dCTP = deoxycytosinetrifosfaat
dATP = deoxyguanosinetrifosfaat
dTTP = deocythymidinetrifosfaat
dGTP = deoxyadenosinetrifosfaat
Opdracht 1.2
a.
b. Lys → glu = AAA/AAG → GAA/GAG dus 1e A is dan naar G gegaan dus kan
Asp → Ala = GAU/GAC → GCU/GCC/GCA dus 2e A wordt een C dus kan niet
Phe →Leu = UUU/UUC → CUU/CUC/CUA/CUG dus 1e U wordt een C dus kan
c. Gaat hetzelfde als het onderste rijtje bij vraag A.
d. Wordt enkel voor RNA gebruikt en niet voor DNA. DNA is langlevend dus zou
schadelijk zijn en RNA leeft niet lang dus is minder erg. Je zou enkel een fout eiwit
kunnen maken maar die leven ook niet heel erg lang. Virus doet replicatie met RNA.
Wij kunnen dit niet uit onszelf. Kan leiden tot een andere mutatie van covid.
Opdracht 1.3
Links is replicatie. Transcriptie rechts
1
,Werkcollege uitwerkingen GP Seline Donkers
Opdracht 1.4
Op plek 102 zit glycine → GGA
GCA geen effect → alanine → neutrale mutatie
UGA inactivatie → stopcodon → nonsense en loss-of-fuction
Opdracht 1.5
Er ontstaat hier een frameshift waardoor de hele volgorde verandert en je dus een heel
ander eiwit krijgt.
Opdracht 1.6
a. GGTGA....CTCCA
b. Dit zou kunnen leiden tot dat de snRNP niet kan binden en intron niet verwijderd
wordt.
Opdracht 1.7
AAAUCUG AUG GAA CGC UAC
Met Glu Arg Tyr
Opdracht 1.8
CATGCAAAGTAATAGGT
CAU-GCA-AAG-UAAUAGGU
His-Ala-Lys
Opdracht 1.9
TAACTGTTGATGCTCAT
UA-ACU-GUU-GAU-GCU-CAU
Thr-Val-Asp-Ala-His
Werkcollege 2: Effect van mutaties op fenotype
Opdracht 2.1
Hemofilie→X-linked recessief
Achondroplastische dwerg → autosomaal dominant
a. Bij hemofilie loss-of-function en bij achondroplastische dwerg gain-of-function.
(Achondroplasie wordt veroorzaakt door actieverende mutatie in FGFR3. Activering
leidt tot continue remming van chondrocyt differentiatie en dus beengroei. Bij begin
normale beengroei daalt de concentratie van FGF hormoon.)
b. De straling in de kerncentrale heeft voor mutaties gezorgd die doorgegeven zijn aan
hun kinderen, maar de hemofilie kan niet door de vader zijn overgedragen want het
is X-linked en hij heeft een Y overgegeven aan zijn zoon. Dus enkel het tweede geval
kan veroorzaakt zijn door omstandigheden in de fabriek, maar kan ook gewoon door
spontane mutaties zijn ontstaan.
Opdracht 2.2
Keratine 71 (KRT71) = recht/krul, fibroblast groeifactor 5 (FGF5) =kort/lang en R-spondin–2
(RSPO2) = ruig/normaal.
a. Omdat ze deel uitmaken van genfamilies, die uit meerdere vergelijkbare sequenties
bestaan en ontstaan zijn door dublicaties in de loop van de evolutie.
2
, Werkcollege uitwerkingen GP Seline Donkers
b. A of C positie 451 vanaf start codon op het cDNA is rechtharig en T451 geeft krullend
haar. Verklaring Arg heeft 6 codons, waarvan er twee (AGG en CGG) in een stap naar
TGG kunnen gaan.
De weergave van de positie van de SNP is afhankelijk waar je begint met tellen, begin
chromosoom (en dan welke streng), begin gen, begin mRNA of zoals hier begin code.
In het paper regereert men de SNP ‘at position 5,542,806 on chromosoom 27 non-
curly haired dogs carried the CC genotype; curly coated dogs had the TT genotype’.
c. Korthaar = UGC = Cys, langhaar = UUC = Phe, plaats = 95
d. T is recessief en G dominant, loss-of-function
e. De insertie kan effect hebben op de expressie van het RSPO2 eiwit bijv. de insertie
kan voor hogere/lagere concentratie van mRNA zorgen door de transcriptie van
RSPO2 te verhogen/verlagen b.v. doordat het een gen regulerende sequentie bevat
waar activerende/remmende transcriptie factoren aan kunnen binden.
Of
De insertie kan voor een hogere/lagere concentratie van mRNA zorgen door de
afbraak van het mRNA te remmen/stimuleren b.v. doordat het de 3-D
vorm/conformatie van het mRNA verandert waardoor het een slechter/beter
substraat voor de RNA afbraak enzymen wordt.
f. B → lang haar ipv kort = FGF5, wenkbrauw versiering = RSPO2
C → krul haar ipv recht = KRT71, bek versiering = RSPO2
D → lang haar ipv kort = FGF5
E → lang haar ipc kort = FGF5, bek versiering = RSPO2
Opdracht 2.3
a. Geeft 78 intronen, 2386000 baseparen.
b. 4665. Want ook een stopcodon dat geen aminozuur geeft en start wordt er vaak
afgeknipt.
c. Er moet een promotorsite zitten voor exon 33. Als je twee promotorsites hebt kun je
beide gevallen soms vinden. Dit kan leiden tot een eiwit als er een startcodon in exon
33 zit, als dit niet het geval is dan krijg je dus geen eiwit.
d. Dit kan ontstaan doordat sommige exonen eruit geknipt worden. Vaak zijn eerste en
laatste exon wel gewoon aanwezig. Alternatieve splicing. Eerste en laatste zitten er
altijd in omdat splicing altijd tussen exonen in plaatsvindt.
e. Dit kan je dan een frameshift mutatie krijgt welke 1 verplaatst want 19/3 = 6+1. Dit
leidt ertoe dat alle codons anders zijn.
f. Dit kan zo zijn als exon 51 uit een aantal baseparen bestaat waardoor de frameshift
terug veranderd waardoor vanaf exon 52 alle codons weer als vanouds zijn.
3
