DNA structuur (11-9-15):
Voor PCR (polymerase chain reaction) is nodig: DNA, primers (=oligonucleotiden),
deoxynucleotiden, DNA polymerase, magnesium (want fosfaat heft negatieve lading)
Geen ATP nodig, want energie voor binding zit in deoxynucleotiden (difosfaat eraf,
mono over)
Ribose: op 2’ een OH > RNA
Deoxyribose: op 2’ een H > DNA
(accenten om verwarring met de gewone nummers
van basen te voorkomen)
Aan 1’ zit base
Aan 5’ zit fosfaatgroep
Aan 3’ bindt fosfaat van andere nucleotide
Basen:
Pyrimidines > makkelijke structuur: 1 ring >
cytosine en thymine
Purines > moeilijke structuur: 2 ringen > adenine en
guanine
^ Deze moet je kunnen herkennen, je hoeft ze niet te kunnen tekenen! C en G
hebben allebei 1x dubbelgebonden O!!
, Nucleotide = suiker + stikstofbase + fosfaatgroep
Nucleoside = suiker + stikstofbase > adenosine, guanosine, cytidine, uridine,
thymidine
Backbone van DNA = fosfaatgroepen en deoxyribose > verbonden via
fosfodiesterverbinding tussen fosfaat aan 5’ en OH van deoxyribose aan 3’
A en T/U: 2 H-bruggen
C en G: 3 H-bruggen > sterker
Dubbele helix:
- Base stacking = het verschijnsel dat aromatische groepen in het DNA graag
boven elkaar zitten, omdat dat energetisch gunstig is. Onder andere hierdoor
heeft het DNA een stevige structuur.
- Minor groove (= tussen twee strengen die aan elkaar zitten in) en major
groove (= tussen twee strengen die naast elkaar liggen door de draaiing,
maar niet aan elkaar vastzitten)
- 10 baseparen per turn
- Strengen hebben tegengestelde richting
Denaturatie (= uit elkaar gaan van strengen) door verhitten of door
verhogen pH, renaturatie (=hybridisatie) door verlagen
temperatuur of pH
DNA replicatie:
DNA-replicatie is semi-conservatief > twee oude strengen gaan uit
elkaar en aan allebei wordt een nieuwe streng gemaakt
Altijd van 5’ naar 3’
Chromosoom van bacterie heeft 1 origin of replication, chromosoom van
eukaryoten meerdere origins of replication, anders gaat het te langzaam
DNA polymerase heeft een 3’-uiteinde nodig om te starten, RNA polymerase niet.
Voor replicatie van DNA is er dus eerst een RNA-primer nodig.
‘Nick’ = plek op dubbelstrengs DNA waar geen fosfodiesterbinding is tussen de
nucleotiden van een streng
Replicatie is semidiscontinu: bij leading strand wel continu, bij lagging strand
niet
Lagging strand > Okazaki fragmenten
Voor PCR (polymerase chain reaction) is nodig: DNA, primers (=oligonucleotiden),
deoxynucleotiden, DNA polymerase, magnesium (want fosfaat heft negatieve lading)
Geen ATP nodig, want energie voor binding zit in deoxynucleotiden (difosfaat eraf,
mono over)
Ribose: op 2’ een OH > RNA
Deoxyribose: op 2’ een H > DNA
(accenten om verwarring met de gewone nummers
van basen te voorkomen)
Aan 1’ zit base
Aan 5’ zit fosfaatgroep
Aan 3’ bindt fosfaat van andere nucleotide
Basen:
Pyrimidines > makkelijke structuur: 1 ring >
cytosine en thymine
Purines > moeilijke structuur: 2 ringen > adenine en
guanine
^ Deze moet je kunnen herkennen, je hoeft ze niet te kunnen tekenen! C en G
hebben allebei 1x dubbelgebonden O!!
, Nucleotide = suiker + stikstofbase + fosfaatgroep
Nucleoside = suiker + stikstofbase > adenosine, guanosine, cytidine, uridine,
thymidine
Backbone van DNA = fosfaatgroepen en deoxyribose > verbonden via
fosfodiesterverbinding tussen fosfaat aan 5’ en OH van deoxyribose aan 3’
A en T/U: 2 H-bruggen
C en G: 3 H-bruggen > sterker
Dubbele helix:
- Base stacking = het verschijnsel dat aromatische groepen in het DNA graag
boven elkaar zitten, omdat dat energetisch gunstig is. Onder andere hierdoor
heeft het DNA een stevige structuur.
- Minor groove (= tussen twee strengen die aan elkaar zitten in) en major
groove (= tussen twee strengen die naast elkaar liggen door de draaiing,
maar niet aan elkaar vastzitten)
- 10 baseparen per turn
- Strengen hebben tegengestelde richting
Denaturatie (= uit elkaar gaan van strengen) door verhitten of door
verhogen pH, renaturatie (=hybridisatie) door verlagen
temperatuur of pH
DNA replicatie:
DNA-replicatie is semi-conservatief > twee oude strengen gaan uit
elkaar en aan allebei wordt een nieuwe streng gemaakt
Altijd van 5’ naar 3’
Chromosoom van bacterie heeft 1 origin of replication, chromosoom van
eukaryoten meerdere origins of replication, anders gaat het te langzaam
DNA polymerase heeft een 3’-uiteinde nodig om te starten, RNA polymerase niet.
Voor replicatie van DNA is er dus eerst een RNA-primer nodig.
‘Nick’ = plek op dubbelstrengs DNA waar geen fosfodiesterbinding is tussen de
nucleotiden van een streng
Replicatie is semidiscontinu: bij leading strand wel continu, bij lagging strand
niet
Lagging strand > Okazaki fragmenten
