EVOLUTIONARY GENOMICS
RECENT HUMAN EVOLUTION – WEEK 8
Wanneer DNA op korte tijdschalen wordt vergeleken, dan worden er dus geen eiwitten
gebruikt maar echt DNA. Op een korte tijdschaal is evolutie helemaal geen stamboom, het is
meer een netwerk. Dit is vanwege een aantal processen: crossing-over, recombination,
incomplete lineage sorting & gene flow/admixture.
Recombinatie is een belangrijke consequentie als er naar genomische data gekeken wordt.
De chromosomen die er zijn, zijn altijd een mix van twee andere chromosomen (behalve Y).
Bij een stamboom gaat alles steeds terug naar één gemeenschappelijke voorouder, maar als
er aan een kind gevraagd wordt om een stamboom te tekenen, dan wordt dit een stamboom
met de familieleden. In de tree of life stamboom is het altijd zo dat één voorouder meerdere
nakomelingen maakt, maar een ‘stamboom’ is één kind het gevolg van 4 grootouders dus
het gaat de andere kant op. En dit is het gevolg van recombinatie.
Recombinatie interacteert ook met vele andere processen, zoals incomplete lineage
sorting.
Binnen een populatie bevindt zich op een
gegeven moment genetische variatie. Dit
heeft een consequentie, want op het
moment van een speciatie (twee populaties
die nooit meer nakomelingen zullen
produceren) vindt dit plaats op de
dwarsdoorsnede van variatie. En dit kan
betekenen dat sommige individuen uit soort
B meer lijken op individuen uit soort A
doordat het ontstaan van variatie even
duurt.
En dit is incomplete lineage soorten, wat aangeeft dat wanneer twee populaties van elkaar
afgesplitst zijn, dan is er nog genetische variatie die niet helemaal consistent is met de
fylogenetische boom vanwege de divergentie in de speciatie anders is.
Er is ook een andere situatie met een voorouderlijk
allel. Er ontstaat een nieuw allel tijdens de
verschillende speciaties maar op een gegeven
moment ‘springt’ een allel over op een andere
populatie terwijl de populaties wel gesplitst zijn. Maar
soms gebeurt het gewoon dat de allelen
overspringen, voornamelijk bij populaties die nog niet
heel erg ver uit elkaar staan. Dit wordt gene flow /
admixture genoemd.
Dus in conclusie, er zijn drie complicaties wanneer er
gekeken wordt naar populatie genomische data vergeleken met de tree of life. Al deze drie
complicaties leidt tot genetische variatie binnen (verschillende) populaties:
- Recombinatie evolutie als een netwerk i.p.v. fylogenetische boom, waarbij een
deel van het genoom een hele andere geschiedenis kan hebben als een ander deel;
- Incomplete lineage sorting voorouderlijke genetische variatie dat lang wordt
onderhouden;
RECENT HUMAN EVOLUTION – WEEK 8
Wanneer DNA op korte tijdschalen wordt vergeleken, dan worden er dus geen eiwitten
gebruikt maar echt DNA. Op een korte tijdschaal is evolutie helemaal geen stamboom, het is
meer een netwerk. Dit is vanwege een aantal processen: crossing-over, recombination,
incomplete lineage sorting & gene flow/admixture.
Recombinatie is een belangrijke consequentie als er naar genomische data gekeken wordt.
De chromosomen die er zijn, zijn altijd een mix van twee andere chromosomen (behalve Y).
Bij een stamboom gaat alles steeds terug naar één gemeenschappelijke voorouder, maar als
er aan een kind gevraagd wordt om een stamboom te tekenen, dan wordt dit een stamboom
met de familieleden. In de tree of life stamboom is het altijd zo dat één voorouder meerdere
nakomelingen maakt, maar een ‘stamboom’ is één kind het gevolg van 4 grootouders dus
het gaat de andere kant op. En dit is het gevolg van recombinatie.
Recombinatie interacteert ook met vele andere processen, zoals incomplete lineage
sorting.
Binnen een populatie bevindt zich op een
gegeven moment genetische variatie. Dit
heeft een consequentie, want op het
moment van een speciatie (twee populaties
die nooit meer nakomelingen zullen
produceren) vindt dit plaats op de
dwarsdoorsnede van variatie. En dit kan
betekenen dat sommige individuen uit soort
B meer lijken op individuen uit soort A
doordat het ontstaan van variatie even
duurt.
En dit is incomplete lineage soorten, wat aangeeft dat wanneer twee populaties van elkaar
afgesplitst zijn, dan is er nog genetische variatie die niet helemaal consistent is met de
fylogenetische boom vanwege de divergentie in de speciatie anders is.
Er is ook een andere situatie met een voorouderlijk
allel. Er ontstaat een nieuw allel tijdens de
verschillende speciaties maar op een gegeven
moment ‘springt’ een allel over op een andere
populatie terwijl de populaties wel gesplitst zijn. Maar
soms gebeurt het gewoon dat de allelen
overspringen, voornamelijk bij populaties die nog niet
heel erg ver uit elkaar staan. Dit wordt gene flow /
admixture genoemd.
Dus in conclusie, er zijn drie complicaties wanneer er
gekeken wordt naar populatie genomische data vergeleken met de tree of life. Al deze drie
complicaties leidt tot genetische variatie binnen (verschillende) populaties:
- Recombinatie evolutie als een netwerk i.p.v. fylogenetische boom, waarbij een
deel van het genoom een hele andere geschiedenis kan hebben als een ander deel;
- Incomplete lineage sorting voorouderlijke genetische variatie dat lang wordt
onderhouden;
