Samenvatting Biochemie
Hydrofiele moleculen hebben een lading of zijn polair, waardoor ze
waterstofbruggen met water kunnen vormen. Hydrofobe moleculen zijn niet
polair en hebben geen lading.
Een zuur is een stof die protonen loslaten als ze in water worden opgelost; dus er
wordt H3O+ gevormd. Sterke zuren geven snel proton af aan water, zwakke zuren
niet. Bij meer neutrale concentraties nemen ze proton ook weer sneller op.
Een stof is base als het een proton van water kan opnemen.
Buffer = zwakke zuren en basen die protoenen opnemen en afstaan bij pH rond
de 7
Fosfolipide twee OH groepen in glycerol zijn gebonden aan fatty acids. En de
derde OH groep is gebonden aan een fosfor zuur. Fosfaat is verder gebonden
aan een van de polaire groepen zoals choline.
Purine = dubbele ring; A en G
Pyrimidine = enkele ring; C, T en U
Nucleoside = base + suiker
Nucleotide = base + suiker + fosfaatgroep
Topoisomerase zorgt voor het ontwinden van DNA
Bèta sheet kan parallel zijn (zelfde richting al naastgelegen segmenten) of
antiparallel (in omgekeerde richting als naastgelegen segmenten
Protein domein = substructuur dat zich onafhankelijk van andere deel eiwit kan
vouwen. Verschillende domeinen van een eiwit hebben vaak verschillende
functies.
Domein shuffling = evolutionair proces waarbij eiwitten ontstaan door
samenkomen van al bestaande domeinen in nieuwe combinaties
Coiled-coil = wanneer twee of meer helices samenvoegen en om elkaar heen
draaien.
Nabijgelegen delen van peptide keten moeten in eiwit ervoor zorgen dat water
niet kan binden. Water kan er namelijk voor zorgen dat het ligand niet meer kan
binden doordat het waterstofbruggen vormt met het eiwit. Daarnaast kunnen
polaire aminozuur zijketens de reactiviteit veranderen.
Soorten bindingen tussen eiwitten
- Deel van oppervlak ene eiwit contacteert een loop van polypeptide keten
(een ‘string’) op het andere eiwit
- Twee alfa helices vormen samen een coiled-coil
- Matching van een oppervlak met andere eiwit. vormen veel zwakke
bindingen tussen de twee oppervlakten
Hydrofiele moleculen hebben een lading of zijn polair, waardoor ze
waterstofbruggen met water kunnen vormen. Hydrofobe moleculen zijn niet
polair en hebben geen lading.
Een zuur is een stof die protonen loslaten als ze in water worden opgelost; dus er
wordt H3O+ gevormd. Sterke zuren geven snel proton af aan water, zwakke zuren
niet. Bij meer neutrale concentraties nemen ze proton ook weer sneller op.
Een stof is base als het een proton van water kan opnemen.
Buffer = zwakke zuren en basen die protoenen opnemen en afstaan bij pH rond
de 7
Fosfolipide twee OH groepen in glycerol zijn gebonden aan fatty acids. En de
derde OH groep is gebonden aan een fosfor zuur. Fosfaat is verder gebonden
aan een van de polaire groepen zoals choline.
Purine = dubbele ring; A en G
Pyrimidine = enkele ring; C, T en U
Nucleoside = base + suiker
Nucleotide = base + suiker + fosfaatgroep
Topoisomerase zorgt voor het ontwinden van DNA
Bèta sheet kan parallel zijn (zelfde richting al naastgelegen segmenten) of
antiparallel (in omgekeerde richting als naastgelegen segmenten
Protein domein = substructuur dat zich onafhankelijk van andere deel eiwit kan
vouwen. Verschillende domeinen van een eiwit hebben vaak verschillende
functies.
Domein shuffling = evolutionair proces waarbij eiwitten ontstaan door
samenkomen van al bestaande domeinen in nieuwe combinaties
Coiled-coil = wanneer twee of meer helices samenvoegen en om elkaar heen
draaien.
Nabijgelegen delen van peptide keten moeten in eiwit ervoor zorgen dat water
niet kan binden. Water kan er namelijk voor zorgen dat het ligand niet meer kan
binden doordat het waterstofbruggen vormt met het eiwit. Daarnaast kunnen
polaire aminozuur zijketens de reactiviteit veranderen.
Soorten bindingen tussen eiwitten
- Deel van oppervlak ene eiwit contacteert een loop van polypeptide keten
(een ‘string’) op het andere eiwit
- Twee alfa helices vormen samen een coiled-coil
- Matching van een oppervlak met andere eiwit. vormen veel zwakke
bindingen tussen de twee oppervlakten
