Data-analyse course 6 deel 2
Aantekeningen les week 1
Je kan je data uitzetten in een density plot (dot plot).
Naar analyse, dan selecteer plot (eerste vakje) en dan daaronder tweede grafiek. Met knopje
in zoemen, dan plekje selecteren. Krijg je hem groter. Als je weer terug wil dan helemaal op
de rechter knop drukken.
Hierna levende cellen selecteren (zitten niet in het hoekje). Hoekje eromheen maken.
Rechter hokje selecteren (polygolal). Alles eromheen selecteren. Bij de laatste dubbel klikken
en dan heb je hem. Zie afbeelding, dit zijn je levende cellen.
Je wil ook grafiek met pieken zien (histogram). Je maakt een histogram van de volgende
kanalen. Bij ons experiment wilde je kijken of ze CD4 of CD8 hadden. In eerste sample zat
niks. In tweede sample anti CD4-PE. In derde sample zat anti CD8-FITC. FITC meet je FL1.
PE meet je in FL2.
Om histogram te maken is eerst de rechter plek selecteren, daarna histogram (is linker
knopje bij grafiek). Daarna naar FCS en dan klik je op height, dan FL1-H. Zelfde doe je voor
FL2. Opletten dat je wel B1 selecteert. Je wil ze nu gaten op levende cellen. Naar gate, dan
van P2 de eerste selecteren en dan apply.
Je kan hem nog mooier maken met zoom knopje.
Bovenin bij display, druk je op show median statistics.
Je moet van elk van deze de drie grafieken maken. Je moet van alles het gemiddelde
hebben, de media en de CV (dit geeft aan de variantie).
Volgende week moet je alle gemiddelde hebben. Je kan bij statistics je FL1 en je FL2. Je kan
dan al je data aanklikken. Een dan je plot die je hebt (in dit geval plot 8 en 9).
Aantekeningen les week 2
Voor de validatie gebruik je beads. Je meet beads. Die beads hebben allemaal dezelfde
grootte (dezelfde forward scatter en dezelfde side scatter). Dus theoretisch zouden op
dezelfde lijn moeten liggen. 8 pieken per kleur (FL1, FL2, FL3 heb je daarvoor). Dus 8
verschillende kleuren groen.
Het eerste wat je moet doen bij de validatie is dat je moet tellen bij FL1 en FL2 of je 8 pieken
hebt. Daarna kijk je of je pieken niet te breed zijn. Je bekijkt alleen de hoogste piek. Met je
gate selecteer je de hoogste piek.
CV is covasion of varians (of VC). Check op je in FL1, FL2 en FL3 8 pieken ziet. De CV van
Aantekeningen les week 1
Je kan je data uitzetten in een density plot (dot plot).
Naar analyse, dan selecteer plot (eerste vakje) en dan daaronder tweede grafiek. Met knopje
in zoemen, dan plekje selecteren. Krijg je hem groter. Als je weer terug wil dan helemaal op
de rechter knop drukken.
Hierna levende cellen selecteren (zitten niet in het hoekje). Hoekje eromheen maken.
Rechter hokje selecteren (polygolal). Alles eromheen selecteren. Bij de laatste dubbel klikken
en dan heb je hem. Zie afbeelding, dit zijn je levende cellen.
Je wil ook grafiek met pieken zien (histogram). Je maakt een histogram van de volgende
kanalen. Bij ons experiment wilde je kijken of ze CD4 of CD8 hadden. In eerste sample zat
niks. In tweede sample anti CD4-PE. In derde sample zat anti CD8-FITC. FITC meet je FL1.
PE meet je in FL2.
Om histogram te maken is eerst de rechter plek selecteren, daarna histogram (is linker
knopje bij grafiek). Daarna naar FCS en dan klik je op height, dan FL1-H. Zelfde doe je voor
FL2. Opletten dat je wel B1 selecteert. Je wil ze nu gaten op levende cellen. Naar gate, dan
van P2 de eerste selecteren en dan apply.
Je kan hem nog mooier maken met zoom knopje.
Bovenin bij display, druk je op show median statistics.
Je moet van elk van deze de drie grafieken maken. Je moet van alles het gemiddelde
hebben, de media en de CV (dit geeft aan de variantie).
Volgende week moet je alle gemiddelde hebben. Je kan bij statistics je FL1 en je FL2. Je kan
dan al je data aanklikken. Een dan je plot die je hebt (in dit geval plot 8 en 9).
Aantekeningen les week 2
Voor de validatie gebruik je beads. Je meet beads. Die beads hebben allemaal dezelfde
grootte (dezelfde forward scatter en dezelfde side scatter). Dus theoretisch zouden op
dezelfde lijn moeten liggen. 8 pieken per kleur (FL1, FL2, FL3 heb je daarvoor). Dus 8
verschillende kleuren groen.
Het eerste wat je moet doen bij de validatie is dat je moet tellen bij FL1 en FL2 of je 8 pieken
hebt. Daarna kijk je of je pieken niet te breed zijn. Je bekijkt alleen de hoogste piek. Met je
gate selecteer je de hoogste piek.
CV is covasion of varians (of VC). Check op je in FL1, FL2 en FL3 8 pieken ziet. De CV van
