Opdracht 1
Op de X-as staat log(p) (probability of recognition) en op de y-as staat Pi*n, n=het aantal
epitopen per pathogeen. Pi= probability of mounting an immune response
a. Als R0 kleiner wordt, verschuift de (het linkerdeel van de) grafiek naar rechts. Dit
betekent dat bij minder repertoire de p kleiner wordt doordat er minder kans is op
positieve selectie. Als de R0 groter wordt verschuift de grafiek naar links, doordat de
kans op epitoop herkenning groter wordt (meer positieve selectie)
Als S kleiner wordt, wordt het aantal self peptiden kleiner en vindt er minder
negatieve selectie plaats. Hierdoor verschuift het rechterdeel van de grafiek meer
naar rechts. Als S groter wordt is er meer negatieve selectie en verschuift het
rechterdeel van de grafiek naar links, want de probability of recognition wordt kleiner
omdat er meer T-cellen negatief geselecteerd worden.
> curve(Pin(logp=x),from=-10,to=0)
> curve(Pin(r0=1e8,logp=x),add=TRUE,col="blue")
> curve(Pin(r0=1e10,logp=x),add=TRUE,col="green")
> curve(Pin(s=1e4,logp=x),add=TRUE,col="red")
> curve(Pin(s=1e6,logp=x),add=TRUE,col="yellow")
b. Het immuunsysteem heeft een hoge diversiteit, omdat er ook een groot aantal self-
antigenen (S) is. De hoge diversiteit wordt dus niet veroorzaakt door het aantal
lichaamsvreemde antigenen, maar door het aantal lichaamseigen antigenen
(maximum Pi en dus de maximale immuunrespons kan namelijk worden gevonden
Op de X-as staat log(p) (probability of recognition) en op de y-as staat Pi*n, n=het aantal
epitopen per pathogeen. Pi= probability of mounting an immune response
a. Als R0 kleiner wordt, verschuift de (het linkerdeel van de) grafiek naar rechts. Dit
betekent dat bij minder repertoire de p kleiner wordt doordat er minder kans is op
positieve selectie. Als de R0 groter wordt verschuift de grafiek naar links, doordat de
kans op epitoop herkenning groter wordt (meer positieve selectie)
Als S kleiner wordt, wordt het aantal self peptiden kleiner en vindt er minder
negatieve selectie plaats. Hierdoor verschuift het rechterdeel van de grafiek meer
naar rechts. Als S groter wordt is er meer negatieve selectie en verschuift het
rechterdeel van de grafiek naar links, want de probability of recognition wordt kleiner
omdat er meer T-cellen negatief geselecteerd worden.
> curve(Pin(logp=x),from=-10,to=0)
> curve(Pin(r0=1e8,logp=x),add=TRUE,col="blue")
> curve(Pin(r0=1e10,logp=x),add=TRUE,col="green")
> curve(Pin(s=1e4,logp=x),add=TRUE,col="red")
> curve(Pin(s=1e6,logp=x),add=TRUE,col="yellow")
b. Het immuunsysteem heeft een hoge diversiteit, omdat er ook een groot aantal self-
antigenen (S) is. De hoge diversiteit wordt dus niet veroorzaakt door het aantal
lichaamsvreemde antigenen, maar door het aantal lichaamseigen antigenen
(maximum Pi en dus de maximale immuunrespons kan namelijk worden gevonden
