Samenvatting
MIB-11306
Biochemie
Hoorcollege 1
De vrije energie (G) geeft aan of een neacte of pnoces kan venlopen De vnije enengie G) is
een combinate van enthalpie (H, enengie die het kost of die vnijkomt en entropie (S, mate
van wanonde, gnote moleculen hebben een kleinen mate van wanonde dan kleine
moleculen Een neacte venloopt spontaan bij een vengnotng van de wanonde GS > 0
De venandening van de vnije enengie G) van een neacte geeft aan welke kant de neacte of
het pnoces oploopt G = Hsysteem – T Ssysteem. Als ) < 0, dan is Stotaal > 0
Eiwitenn:
- L-isomeren van aminozunen in eiwiten
- D-isomeren van aminozunen niet in eiwiten
Als je L- en D-isomenen zou mengen in eiwiten, dan weet je niet zeken welke kant de
nestgnoep op ‘wijst’ en dus hoe het aminozuun en uit ziet Dat dodelijk is voon een cel
Eiwiten en enzymen bestaan uit polypeptdeketens Deze zijn lexibel, maan bepenkt
beweeglijk De peptdebinding is een vlakke, stanne venbinding en venmindent het aantal
mogelijke stnuctunen Zo voonkom je dat de nestgnoep alsnog gaat dnaaien nondom het
molecuul
Primaire structuurn: volgonde van aminozunen
Secundaire structuurn: alfa-helix, beta-sheet, beta-tunn en beta-loop
Tertiaire structuurn: vouwing van secundaine stnuctunen in elkaan
Quaternaire structuurn: meendene subunits vonmen samen een eiwit
Endocrien systeemn: signalening via het bloed
Enzymenn: katalysatonen Gvensnellen neactes , bevondenen transitiestadium Gis
nooit echt waangenomen omdat het zo kont is, maan en is een tussenstadium bij
katalytsche neactes
Enzymen zijn eng specifek Dit hoeft niet noodzakelijkenwijs te ziten in de
neacte die wondt uitgevoend Dezelfde enzymneacte kan zowel specifek Geiwit
knippen bij bloedstolling als aspecifek Geiwiten knippen in de maag zijn
Carbonic anhydrase = lost CO2 op in H2O Gin je bloed Dit wondt omgezet in canbonzuun
HCO3- en H+ Dit wondt ween vnijgegeven in de longen
Veel enzymen hebben cofactors nodig Gapo-enzym + cofacton = holo-enzym n:
- Metaal GZink bindt een watenmolecuul, waandoon één van de pnotonen minden
stabiel wondt en uit elkaan getnokken wondt, hiendoon kan CO2 veel snellen binden
Nikkel
- Coenzym
o Prosthetische groep = eng vast gevonden aan enzym
, Samenvatting
MIB-11306
o Cosubstraat = alleen gebonden tjdens katalyse zelf
Iedene neacte heeft 2 pnincipesn:
- De venandening in vnije enengie tussen de substnaten en
pnoducten bepaalt of een neacte loopt G) < 0
- De vnije enengie die nodig is om de neacte in gang te
zeten, wondt bepaald doon de actvate enengie G)#
)o’ = -RT lnGK’
)’ = bij 25 gnaden Celcius, pH = 7 en dnuk = 1 ban
) > 0 = endergoon, niet spontaan
) < 0 = exergoon, wel spontaan
De cnitenia voon of een neacte spontaan venloop hangt af van
), en niet van )0’
R = gasconstante = 8,315 x 10-3
LnGx = 2,303 logGx
T = 298 gnaden Kelvin
RT lnGx = 5,71 logGx
E + S ES E + P Gneacte van de tweede onde Enzym wondt voonzien
van nepsubstnaat, waandoon het ES niet meen uit elkaan kan vallen
nadien Hiendoon kun je een enzym ‘bevniezen’ in de ES-toestand Met
het echte substnaat kun je dit nooit waannemen omdat het te snel gaat
De constantes Gk bepalen hoe lang iedene fase duunt
De acteve kant is een dniedimensionale spleet Dit is slechts een klein deel van het totale
volume van een enzym Enzymen zijn lexibel en de acteve plaats kan wonden gevonmd doon
de binding van het substnaat Ginduced ft En komt extna enengie vnij wanneen gebonden
waten wondt vnijgemaakt Acteve kant bestaat uit aminozunen die vaak ven uit elkaan liggen,
waandoon het lastg te voonspellen is wat de acteve kant is
Substnaten wonden gebonden doon elektnostatsche intenactes, watenstotnuggen, Van Den
Waals knachten en hydnofobe intenactes
Kinetiek = de studie naan de snelheid van chemische neactes
Een enzymneacte is nooit 100% één kant op Het is een
evenwichtsneacte Deels blijft substnaat en deels wondt pnoduct
Op een gegeven moment vlakt de cunve af, doondat de
tenugneactes ook een nol gaan spelen bij gnote hoeveelheden
MIB-11306
Biochemie
Hoorcollege 1
De vrije energie (G) geeft aan of een neacte of pnoces kan venlopen De vnije enengie G) is
een combinate van enthalpie (H, enengie die het kost of die vnijkomt en entropie (S, mate
van wanonde, gnote moleculen hebben een kleinen mate van wanonde dan kleine
moleculen Een neacte venloopt spontaan bij een vengnotng van de wanonde GS > 0
De venandening van de vnije enengie G) van een neacte geeft aan welke kant de neacte of
het pnoces oploopt G = Hsysteem – T Ssysteem. Als ) < 0, dan is Stotaal > 0
Eiwitenn:
- L-isomeren van aminozunen in eiwiten
- D-isomeren van aminozunen niet in eiwiten
Als je L- en D-isomenen zou mengen in eiwiten, dan weet je niet zeken welke kant de
nestgnoep op ‘wijst’ en dus hoe het aminozuun en uit ziet Dat dodelijk is voon een cel
Eiwiten en enzymen bestaan uit polypeptdeketens Deze zijn lexibel, maan bepenkt
beweeglijk De peptdebinding is een vlakke, stanne venbinding en venmindent het aantal
mogelijke stnuctunen Zo voonkom je dat de nestgnoep alsnog gaat dnaaien nondom het
molecuul
Primaire structuurn: volgonde van aminozunen
Secundaire structuurn: alfa-helix, beta-sheet, beta-tunn en beta-loop
Tertiaire structuurn: vouwing van secundaine stnuctunen in elkaan
Quaternaire structuurn: meendene subunits vonmen samen een eiwit
Endocrien systeemn: signalening via het bloed
Enzymenn: katalysatonen Gvensnellen neactes , bevondenen transitiestadium Gis
nooit echt waangenomen omdat het zo kont is, maan en is een tussenstadium bij
katalytsche neactes
Enzymen zijn eng specifek Dit hoeft niet noodzakelijkenwijs te ziten in de
neacte die wondt uitgevoend Dezelfde enzymneacte kan zowel specifek Geiwit
knippen bij bloedstolling als aspecifek Geiwiten knippen in de maag zijn
Carbonic anhydrase = lost CO2 op in H2O Gin je bloed Dit wondt omgezet in canbonzuun
HCO3- en H+ Dit wondt ween vnijgegeven in de longen
Veel enzymen hebben cofactors nodig Gapo-enzym + cofacton = holo-enzym n:
- Metaal GZink bindt een watenmolecuul, waandoon één van de pnotonen minden
stabiel wondt en uit elkaan getnokken wondt, hiendoon kan CO2 veel snellen binden
Nikkel
- Coenzym
o Prosthetische groep = eng vast gevonden aan enzym
, Samenvatting
MIB-11306
o Cosubstraat = alleen gebonden tjdens katalyse zelf
Iedene neacte heeft 2 pnincipesn:
- De venandening in vnije enengie tussen de substnaten en
pnoducten bepaalt of een neacte loopt G) < 0
- De vnije enengie die nodig is om de neacte in gang te
zeten, wondt bepaald doon de actvate enengie G)#
)o’ = -RT lnGK’
)’ = bij 25 gnaden Celcius, pH = 7 en dnuk = 1 ban
) > 0 = endergoon, niet spontaan
) < 0 = exergoon, wel spontaan
De cnitenia voon of een neacte spontaan venloop hangt af van
), en niet van )0’
R = gasconstante = 8,315 x 10-3
LnGx = 2,303 logGx
T = 298 gnaden Kelvin
RT lnGx = 5,71 logGx
E + S ES E + P Gneacte van de tweede onde Enzym wondt voonzien
van nepsubstnaat, waandoon het ES niet meen uit elkaan kan vallen
nadien Hiendoon kun je een enzym ‘bevniezen’ in de ES-toestand Met
het echte substnaat kun je dit nooit waannemen omdat het te snel gaat
De constantes Gk bepalen hoe lang iedene fase duunt
De acteve kant is een dniedimensionale spleet Dit is slechts een klein deel van het totale
volume van een enzym Enzymen zijn lexibel en de acteve plaats kan wonden gevonmd doon
de binding van het substnaat Ginduced ft En komt extna enengie vnij wanneen gebonden
waten wondt vnijgemaakt Acteve kant bestaat uit aminozunen die vaak ven uit elkaan liggen,
waandoon het lastg te voonspellen is wat de acteve kant is
Substnaten wonden gebonden doon elektnostatsche intenactes, watenstotnuggen, Van Den
Waals knachten en hydnofobe intenactes
Kinetiek = de studie naan de snelheid van chemische neactes
Een enzymneacte is nooit 100% één kant op Het is een
evenwichtsneacte Deels blijft substnaat en deels wondt pnoduct
Op een gegeven moment vlakt de cunve af, doondat de
tenugneactes ook een nol gaan spelen bij gnote hoeveelheden
