COLLEGE 1 – TRANSCRIPTION FACTORS & ENHANCERS
Transcrip)e factoren (TF’s): Eiwi%en die transcrip/e reguleren door
te binden aan DNA met specifieke sequen/es.
- Effector domain: Een deel van een transcrip/efactor dat
verantwoordelijk is voor het uitvoeren van een specifieke
func/e wanneer de transcrip/efactor ac/ef is.
o Stabiliseren van transcrip/emachinerie (zoals RNAP);
Ac/viteit van een TF reguleren; Enzyma/sche
ac/viteit; Aantrekken van andere co-factoren.
- DNA-binding domain (DBD): Het deel van een
transcrip/efactor dat specifiek bindt aan bepaalde
sequen/es op het DNA.
o Herkenningssequen/es zijn kort en niet specifiek,
waardoor meerdere transcrip/efactoren aan dezelfde sequen/e kunnen
binden.
• Sommige transcrip/efactoren hebben meerdere DNA-bindende
domeinen, om een sterker en specifieker bindingspatroon te hebben.
o C2H2-ZNF (C2H2 Zinc Finger): Type DNA-bindend domein dat veel voorkomt bij
transcrip/efactoren, met een zinkion omgeven door aminozuren.
• Het is niet specifiek, omdat het maar met 4 basen kan binden.
o Homeodomain: Type DNA-bindend domein dat voorkomt bij
transcrip/efactoren, met een helix-turn-helixstructuur.
Transcrip)efactor expansie: Diversifiëren van transcrip/efactoren door middel van
dupliceren en evolueren van het DNA-binding domain.
- Door duplica/es komen de DBD van verschillende TF-families vaak overeen.
- Transcrip/efactor reguleert één gen à Evolueert en kan meerdere genen reguleren
à Evolueert en kan alleen nog maar specifieke genen reguleren.
- Subfunc/onaliza/on à Twee kopieën van het gen behouden elk een deel van de
oorspronkelijke func/es.
- Neofunc/onaliza/on à Één kopie van het gen heeT een nieuwe func/e die niet
aanwezig was op het originele gen.
o Divergence of a cofactor or a signal à Transcrip/efactoren interageren met
nieuwe signaalmoleculen.
o Emergence of a noval circuit à
Transcrip/efactoren interageren met
nieuw-geëvolueerde targetgenen.
o Acquisi/on of a noval target à
Transcrip/efactoren interageren met
nieuwe andere targetgenen.
, Posi)on Weight Matrix (PWM): Een tabel waarin staat welke
basen-le%ers de transcrip/efactor verkiest op elke posi/e van
het DNA.
- Hierbij wordt de affiniteit van meerdere
transcrip/efactor voor verschillende basen op
verschillende posi/es in het DNA gemeten.
- Bit vertegenwoordigt de mate van conserva/e van een
bepaalde posi/e in de sequen/e.
- De hoogte van elke le%er geeT aan hoe vaak die le%er
voorkomt op die posi/e.
- Houdt geen rekening met DNA-methyla/e,
posi/eaVankelijkheden, DNA-vorm en co-binding.
Mo)ef: Specifiek patroon van DNA-sequen/es dat veel voorkomt als bindingsplaats voor
een specifieke transcrip/efactor of eiwit.
- Selex: Laboratoriumtechniek die wordt gebruikt om mo/fs te vinden, door de niet-
gebonden sequen/es weg te spoelen en de gebonden sequen/es te sequencen.
o Nadeel à Werkt niet op genoom-niveau.
o Er is geen limiet aan het aantal verschillende sequen/es die je kan doen. De
TF die wordt gebruikt, zal de best passende sequen/es binden.
- EMSA: Een laboratoriumtechniek die wordt gebruikt om de interac/e met
transcrip/efactoren te bestuderen op basis van de DNA-bewegelijkheid.
o De interac/e tussen transcrip/efactoren en DNA wordt onderzocht door eerst
transcrip/efactoren te laten binden aan DNA-sequen/es en vervolgens
veranderingen in de migra/esnelheid van deze complexen te meten /jdens
elektroforese.
o Nadelen à Werkt niet op genoom-niveau; Minder geschikt voor ontdekken
van nieuwe mo/even.
- ChIP-seq: Laboratoriumtechniek die gebruikt wordt om in kaart te brengen waar
transcrip/efactoren, histonmodifica/es, enzv. in het genoom aan DNA binden.
o Nadeel à Kan geen indirecte bindingen waarnemen.
Pioneer factors: Transcrip/efactoren die binden aan dichte
chroma/nestructuren om de toegankelijkheid van chroma/ne voor
transcrip/efactoren te vergroten.
- Spelen een belangrijke rol bij het ini/ëren van genexpressie in
vroege stadia van celdifferen/a/e.
- Onderhouden van de celstatus.
Transcrip/efactoren binden coöpera/ef à TFs werken samen bij het
binden aan DNA om genexpressie te reguleren.
- Eerste TF bindt aan DNA à DNA vorm verandert à Andere TFs binden en
stabiliseren elkaar.
Transcrip)e factoren (TF’s): Eiwi%en die transcrip/e reguleren door
te binden aan DNA met specifieke sequen/es.
- Effector domain: Een deel van een transcrip/efactor dat
verantwoordelijk is voor het uitvoeren van een specifieke
func/e wanneer de transcrip/efactor ac/ef is.
o Stabiliseren van transcrip/emachinerie (zoals RNAP);
Ac/viteit van een TF reguleren; Enzyma/sche
ac/viteit; Aantrekken van andere co-factoren.
- DNA-binding domain (DBD): Het deel van een
transcrip/efactor dat specifiek bindt aan bepaalde
sequen/es op het DNA.
o Herkenningssequen/es zijn kort en niet specifiek,
waardoor meerdere transcrip/efactoren aan dezelfde sequen/e kunnen
binden.
• Sommige transcrip/efactoren hebben meerdere DNA-bindende
domeinen, om een sterker en specifieker bindingspatroon te hebben.
o C2H2-ZNF (C2H2 Zinc Finger): Type DNA-bindend domein dat veel voorkomt bij
transcrip/efactoren, met een zinkion omgeven door aminozuren.
• Het is niet specifiek, omdat het maar met 4 basen kan binden.
o Homeodomain: Type DNA-bindend domein dat voorkomt bij
transcrip/efactoren, met een helix-turn-helixstructuur.
Transcrip)efactor expansie: Diversifiëren van transcrip/efactoren door middel van
dupliceren en evolueren van het DNA-binding domain.
- Door duplica/es komen de DBD van verschillende TF-families vaak overeen.
- Transcrip/efactor reguleert één gen à Evolueert en kan meerdere genen reguleren
à Evolueert en kan alleen nog maar specifieke genen reguleren.
- Subfunc/onaliza/on à Twee kopieën van het gen behouden elk een deel van de
oorspronkelijke func/es.
- Neofunc/onaliza/on à Één kopie van het gen heeT een nieuwe func/e die niet
aanwezig was op het originele gen.
o Divergence of a cofactor or a signal à Transcrip/efactoren interageren met
nieuwe signaalmoleculen.
o Emergence of a noval circuit à
Transcrip/efactoren interageren met
nieuw-geëvolueerde targetgenen.
o Acquisi/on of a noval target à
Transcrip/efactoren interageren met
nieuwe andere targetgenen.
, Posi)on Weight Matrix (PWM): Een tabel waarin staat welke
basen-le%ers de transcrip/efactor verkiest op elke posi/e van
het DNA.
- Hierbij wordt de affiniteit van meerdere
transcrip/efactor voor verschillende basen op
verschillende posi/es in het DNA gemeten.
- Bit vertegenwoordigt de mate van conserva/e van een
bepaalde posi/e in de sequen/e.
- De hoogte van elke le%er geeT aan hoe vaak die le%er
voorkomt op die posi/e.
- Houdt geen rekening met DNA-methyla/e,
posi/eaVankelijkheden, DNA-vorm en co-binding.
Mo)ef: Specifiek patroon van DNA-sequen/es dat veel voorkomt als bindingsplaats voor
een specifieke transcrip/efactor of eiwit.
- Selex: Laboratoriumtechniek die wordt gebruikt om mo/fs te vinden, door de niet-
gebonden sequen/es weg te spoelen en de gebonden sequen/es te sequencen.
o Nadeel à Werkt niet op genoom-niveau.
o Er is geen limiet aan het aantal verschillende sequen/es die je kan doen. De
TF die wordt gebruikt, zal de best passende sequen/es binden.
- EMSA: Een laboratoriumtechniek die wordt gebruikt om de interac/e met
transcrip/efactoren te bestuderen op basis van de DNA-bewegelijkheid.
o De interac/e tussen transcrip/efactoren en DNA wordt onderzocht door eerst
transcrip/efactoren te laten binden aan DNA-sequen/es en vervolgens
veranderingen in de migra/esnelheid van deze complexen te meten /jdens
elektroforese.
o Nadelen à Werkt niet op genoom-niveau; Minder geschikt voor ontdekken
van nieuwe mo/even.
- ChIP-seq: Laboratoriumtechniek die gebruikt wordt om in kaart te brengen waar
transcrip/efactoren, histonmodifica/es, enzv. in het genoom aan DNA binden.
o Nadeel à Kan geen indirecte bindingen waarnemen.
Pioneer factors: Transcrip/efactoren die binden aan dichte
chroma/nestructuren om de toegankelijkheid van chroma/ne voor
transcrip/efactoren te vergroten.
- Spelen een belangrijke rol bij het ini/ëren van genexpressie in
vroege stadia van celdifferen/a/e.
- Onderhouden van de celstatus.
Transcrip/efactoren binden coöpera/ef à TFs werken samen bij het
binden aan DNA om genexpressie te reguleren.
- Eerste TF bindt aan DNA à DNA vorm verandert à Andere TFs binden en
stabiliseren elkaar.
