Hoorcollege 4: Microbiologie van pathogene micro-organismen (03-09-2019)
Micro-organismen
Micro-organismen = Alle organismen die niet zichtbaar zijn met het blote oog.
Het overgrote deel van de organismen op aarde zijn micro-organismen. De microbiële diversiteit is enorm;
Er is veel meer variatie m.b.t. vorm, grootte, overlevingsplaats, etc. binnen micro-organismen dan binnen
‘hogere’ organismen.
Prokaryoten vs. Eukaryoten
Micro-organismen kunnen verdeeld worden in:
• Prokaryoten = Organismen die geen intracellulaire compartimenten hebben.
• Bacteriën en archaea.
• Eukaryoten = Organismen die duidelijk onderscheidbare kern en organellen hebben.
• Schimmels.
Prokaryoten Eukaryoten
Geen nucleus die omgeven is door een membraan. Een nucleus die omgeven is door een membraan.
Klein. Groot.
Geen intracellulaire organellen die omgeven zijn Intracellulaire organellen die omgeven zijn door
door een membraan. een membraan.
Eén circulair chromosoom. Meerdere lineaire chromosomen.
Geen complexe eukaryotische processen, zoals Complexe eukaryotische processen.
endocytose, intracellulaire vertering, mitose,
meiose.
Echter, er zijn ook zaken die hetzelfde zijn tussen prokaryoten en eukaryoten, zoals de genetische code,
het proces van eiwitsynthese, metabolische paden, etc.
Microbiële genomics
Microbiële genomics = Analyse van populaties van micro-organismen met DNA-gebaseerde methoden.
Het genoom van bacteriën kan gesequenced worden met de volgende methoden:
• Sanger sequencing.
• Next generation sequencing.
• Third generation sequencing.
Metagenomics wordt gebruikt om de verschillende soorten micro-organismen in een populatie van micro-
organismen te achterhalen. Daarnaast kunnen eigenschappen van bacteriesoorten achterhaald worden.
Metagenomics leidt tot de ontdekking van nieuwe microbiële groepen en genen. Opvallend is de variatie in
de grootte van bacteriële genomen. Ook binnen één soort kan de lengte van het genoom variëren.
VD:
• Het is mogelijk om organismen die niet kweekbaar zijn in het lab (90% tot 95% van alle bacteriën)
te analyseren.
• Het is mogelijk om micro-organismen te detecteren die in mindere mate aanwezig zijn.
• Het geeft inzicht in de associatie tussen ziekte en specifieke bacteriesoorten. [WC1, V4]
Humane microbiota
Humane microbiota = Alle bacteriën die op en in het menselijk lichaam leven.
1
Micro-organismen
Micro-organismen = Alle organismen die niet zichtbaar zijn met het blote oog.
Het overgrote deel van de organismen op aarde zijn micro-organismen. De microbiële diversiteit is enorm;
Er is veel meer variatie m.b.t. vorm, grootte, overlevingsplaats, etc. binnen micro-organismen dan binnen
‘hogere’ organismen.
Prokaryoten vs. Eukaryoten
Micro-organismen kunnen verdeeld worden in:
• Prokaryoten = Organismen die geen intracellulaire compartimenten hebben.
• Bacteriën en archaea.
• Eukaryoten = Organismen die duidelijk onderscheidbare kern en organellen hebben.
• Schimmels.
Prokaryoten Eukaryoten
Geen nucleus die omgeven is door een membraan. Een nucleus die omgeven is door een membraan.
Klein. Groot.
Geen intracellulaire organellen die omgeven zijn Intracellulaire organellen die omgeven zijn door
door een membraan. een membraan.
Eén circulair chromosoom. Meerdere lineaire chromosomen.
Geen complexe eukaryotische processen, zoals Complexe eukaryotische processen.
endocytose, intracellulaire vertering, mitose,
meiose.
Echter, er zijn ook zaken die hetzelfde zijn tussen prokaryoten en eukaryoten, zoals de genetische code,
het proces van eiwitsynthese, metabolische paden, etc.
Microbiële genomics
Microbiële genomics = Analyse van populaties van micro-organismen met DNA-gebaseerde methoden.
Het genoom van bacteriën kan gesequenced worden met de volgende methoden:
• Sanger sequencing.
• Next generation sequencing.
• Third generation sequencing.
Metagenomics wordt gebruikt om de verschillende soorten micro-organismen in een populatie van micro-
organismen te achterhalen. Daarnaast kunnen eigenschappen van bacteriesoorten achterhaald worden.
Metagenomics leidt tot de ontdekking van nieuwe microbiële groepen en genen. Opvallend is de variatie in
de grootte van bacteriële genomen. Ook binnen één soort kan de lengte van het genoom variëren.
VD:
• Het is mogelijk om organismen die niet kweekbaar zijn in het lab (90% tot 95% van alle bacteriën)
te analyseren.
• Het is mogelijk om micro-organismen te detecteren die in mindere mate aanwezig zijn.
• Het geeft inzicht in de associatie tussen ziekte en specifieke bacteriesoorten. [WC1, V4]
Humane microbiota
Humane microbiota = Alle bacteriën die op en in het menselijk lichaam leven.
1
