Fylogenie-reconstructie → Het classificeren en reconstrueren van de geschiedenis van het
leven.
Waarom belangrijk? → Enerzijds een indeling maken van het leven, en anderzijds een
uitleg hoe het leven is ontstaan en in elkaar zit. → Geeft mogelijkheid data beter te
begrijpen.
Systeem indelingen veranderen nog voortdurend.
Begrijpen hoe diversiteit ontstaat → grote vraag van evolutie
Wat is een fylogenie? → De studie van evolutionaire relaties tussen organismen of genen
om de geschiedenis te reconstrueren. (maat van verwantschap is hiervoor belangrijk)
Beschrijving van het ontstaan en de verwantschap van groepen. → weergegeven in een
fylogenetische boom.
Huidig levende soorten kunnen niet elkaars afstammeling zijn!!
Eerste boom → evolutie als ‘vertakkingsproces’
Macro-evolutie → zorgt voor veranderingen in allelfrequenties binnen populaties.
Reproductieve isolatie genereert evolutionaire onafhankelijkheid (geen gene flow meer) →
soortvorming (niet automatisch!)
Er moet een link komen tussen micro en macro evolutie. Ziet verandering pas terug in
fylogenie als speciatie optreedt.
Geen gene flow → veranderingen die optreden zijn onafhankelijk aan de gang binnen
geïsoleerde populaties → speciatie kan optreden. → populaties divergeren (kan
permanentie isolatie optreden)
Wie is nauwer verwant aan wie in een fylogenetische boom?
Recent gesplitste groepen zijn meer verwant aan elkaar dan eerder gesplitste groepen.
(interne vertakkingsstructuur is belangrijk). Eerder gesplitste groepen hebben langer te tijd
om de veranderen (evolueren) dan groepen die pas veel later in de boom zijn afgesplitst.
Plaatsing in de boom geeft niet perse aan hoe nauw verwant je bent aan een ander
organisme.
De vertakkingen zijn te bepalen met een kenmerkentabel → deze geeft aan welke soorten
een bepaald kenmerk hebben en welke niet, zodat de juiste afsplitsingen in de boom
aangegeven kunnen worden. Een 0 geeft aan dat het kenmerk niet aanwezig is en een 1
wel.
, Tips → De uiteinden van een evolutionaire boom, representatief van soorten, genen,
populaties.
Branches → Lineages die door de tijd heen evolueren, leidend naar aftakkingen (speciatie
die vervolgens weer vertakken.
Node → Punt waar een tak splitst → speciatie event
Clade → Gemeenschappelijke voorouder met al z’n nakomelingen.
Zustergroep → Twee groepen hebben een gemeenschappelijke voorouder die geen andere
groep heeft.
Basal taxon → groep die heel vroeg is afgesplitst van de andere groepen in de boom.
Verwantschap kunnen we weergeven in een fylogenie dmv een geneste hiërarchie (steeds
grotere groepen (clades))
MRCA→ Most recent common ancestor
LUCA → last universal common ancestor
Cladistiek → Een systeem om fylogenieën af te leiden van homologe kenmerken. Hierbij
wordt veel gekeken naar verwantschap. De groepen worden verdeeld in clades.
Een groep mag alleen een clade worden genoemd als deze monofyletisch is!
Clades kunnen uit meerdere taxa (fylogenetische groep zonder hiërarchische indeling →
soort, genus, familie, orde, enz.) , maar ook uit 1 of 2 representatieve leden om grote
stappen te laten zien (bv mens en kat voor zoogdierengroep)
Taxon → groep zonder hiërarchische indeling (als je het niet wilt benoemen)
Systematiek → probeert groepen en indelingen te maken op basis van fylogenetisch
verwantschap (meerdere mogelijkheden daarvoor)
Monofyletische groep → alle organismen hebben dezelfde gemeenschappelijke voorouder
die zelf ook tot het taxon behoort. (in cladistiek wordt deze een clade genoemd)
Parafyletische groep→ Taxon waarbij de laatste voorouder wel tot het taxon behoort, maar
niet alle afstammelingen.
Polyfyletische groep → groep die bestaat uit nakomelingen van meerdere voorouders.
Laatste voorouder behoort zelf niet tot het taxon. Organismen worden bij elkaar gestopt in
een groep die niet dezelfde gemeenschappelijke ouder hebben.
leven.
Waarom belangrijk? → Enerzijds een indeling maken van het leven, en anderzijds een
uitleg hoe het leven is ontstaan en in elkaar zit. → Geeft mogelijkheid data beter te
begrijpen.
Systeem indelingen veranderen nog voortdurend.
Begrijpen hoe diversiteit ontstaat → grote vraag van evolutie
Wat is een fylogenie? → De studie van evolutionaire relaties tussen organismen of genen
om de geschiedenis te reconstrueren. (maat van verwantschap is hiervoor belangrijk)
Beschrijving van het ontstaan en de verwantschap van groepen. → weergegeven in een
fylogenetische boom.
Huidig levende soorten kunnen niet elkaars afstammeling zijn!!
Eerste boom → evolutie als ‘vertakkingsproces’
Macro-evolutie → zorgt voor veranderingen in allelfrequenties binnen populaties.
Reproductieve isolatie genereert evolutionaire onafhankelijkheid (geen gene flow meer) →
soortvorming (niet automatisch!)
Er moet een link komen tussen micro en macro evolutie. Ziet verandering pas terug in
fylogenie als speciatie optreedt.
Geen gene flow → veranderingen die optreden zijn onafhankelijk aan de gang binnen
geïsoleerde populaties → speciatie kan optreden. → populaties divergeren (kan
permanentie isolatie optreden)
Wie is nauwer verwant aan wie in een fylogenetische boom?
Recent gesplitste groepen zijn meer verwant aan elkaar dan eerder gesplitste groepen.
(interne vertakkingsstructuur is belangrijk). Eerder gesplitste groepen hebben langer te tijd
om de veranderen (evolueren) dan groepen die pas veel later in de boom zijn afgesplitst.
Plaatsing in de boom geeft niet perse aan hoe nauw verwant je bent aan een ander
organisme.
De vertakkingen zijn te bepalen met een kenmerkentabel → deze geeft aan welke soorten
een bepaald kenmerk hebben en welke niet, zodat de juiste afsplitsingen in de boom
aangegeven kunnen worden. Een 0 geeft aan dat het kenmerk niet aanwezig is en een 1
wel.
, Tips → De uiteinden van een evolutionaire boom, representatief van soorten, genen,
populaties.
Branches → Lineages die door de tijd heen evolueren, leidend naar aftakkingen (speciatie
die vervolgens weer vertakken.
Node → Punt waar een tak splitst → speciatie event
Clade → Gemeenschappelijke voorouder met al z’n nakomelingen.
Zustergroep → Twee groepen hebben een gemeenschappelijke voorouder die geen andere
groep heeft.
Basal taxon → groep die heel vroeg is afgesplitst van de andere groepen in de boom.
Verwantschap kunnen we weergeven in een fylogenie dmv een geneste hiërarchie (steeds
grotere groepen (clades))
MRCA→ Most recent common ancestor
LUCA → last universal common ancestor
Cladistiek → Een systeem om fylogenieën af te leiden van homologe kenmerken. Hierbij
wordt veel gekeken naar verwantschap. De groepen worden verdeeld in clades.
Een groep mag alleen een clade worden genoemd als deze monofyletisch is!
Clades kunnen uit meerdere taxa (fylogenetische groep zonder hiërarchische indeling →
soort, genus, familie, orde, enz.) , maar ook uit 1 of 2 representatieve leden om grote
stappen te laten zien (bv mens en kat voor zoogdierengroep)
Taxon → groep zonder hiërarchische indeling (als je het niet wilt benoemen)
Systematiek → probeert groepen en indelingen te maken op basis van fylogenetisch
verwantschap (meerdere mogelijkheden daarvoor)
Monofyletische groep → alle organismen hebben dezelfde gemeenschappelijke voorouder
die zelf ook tot het taxon behoort. (in cladistiek wordt deze een clade genoemd)
Parafyletische groep→ Taxon waarbij de laatste voorouder wel tot het taxon behoort, maar
niet alle afstammelingen.
Polyfyletische groep → groep die bestaat uit nakomelingen van meerdere voorouders.
Laatste voorouder behoort zelf niet tot het taxon. Organismen worden bij elkaar gestopt in
een groep die niet dezelfde gemeenschappelijke ouder hebben.
