Biochemie 1
Chapter 1 Biochemistry and the Unity of Life
Belangrijkste atomen
1. Zuurstof (O)
2. Waterstof (H)
3. Koolstof (C)
4. Stikstof (N)
5. Fosfor (P)
Belangrijke functionele groepen
- Dubbele binding
- Hydroxyl groep = -OH
- Amino groep = -NH2
- Sulfhydryl groep = -SH
- Carbonyl groep = -C=O (aldehyde of keton)
- Carboxyl groep = -COOH (zuren)
4 klassen biomoleculen
1. Eiwitten → opgebouwd uit 20 aminozuren verbonden door een peptide binding
a. Belangrijkste rol is katalyseren, enzymen
2. Nucleïnezuren → bewaren en transporteren van alle informatie over cellulaire functies
en interacties
a. Opgebouwd uit nucleotiden (suiker + base + fosfor)
3. Lipiden → vetachtige stof met een hydrofobe en hydrofiele kant
a. Vormen membranen met hydrofobe delen naar elkaar toe
4. Koolhydraten → belangrijke brandstofbron
Prokaryoten vs eukaryoten
Verschillen - Eukaryote cellen zijn veel groter
- Eukaryoten hebben een kern met dan prokaryoten.
het DNA, bij prokaryoten ligt het
Overeenkomsten
DNA in de nucleoid, deze is niet
- Plasmamembraan om de cel
omgeven door een celmembraan.
(barrière voor nutriënten,
- Eukaryoten hebben
afvalstoffen)
membraangebonden organellen,
- Cytosol
prokaryoten bevatten geen
- Chromosomen
organellen.
- Ribosomen
Organellen + functies
- Plasmamembraan → scheidt de inhoud van de cel van de omgeving
- Celwand → stijve buitenlaag om een plantencel
,- Cytoplasma → alles waar een cel uit bestaat behalve de kern, de celmembraan en de
eventuele celwand. Hier vinden biochemische processen plaats
- Kern → hier bevindt zich het gehele genoom. Hier vindt ook DNA en RNA synthese
plaats
- Mitochondriën → energiebron, hier vinden energie-produceren reacties plaats
- Golgi apparaat → stapel van platte membranen welke betrokken zijn bij het
verwerken en uitscheiden van eiwitten en reacties die suikers koppelen aan andere
componenten
- Chloroplast → de plek waar fotosynthese plaatsvindt
- ER → membranen in de cel waar eiwitsynthese plaatsvindt
- Lysosomen → organel met verterende (hydrolytische) enzymen
- Vacuole → blaasje gevuld met vocht (plant)
, Chapter 2 Water, Weak Bonds, and the Generation of Order Out of Chaos
Water bestaat uit een zuurstofatoom en twee waterstofatomen welke zijn verbonden door
covalente bindingen. Zuurstof is elektronegatief, dit houdt in dat de zuurstof hard aan de
elektronen trekt. Dit maakt deze covalente binding een polaire binding, het zuurstofatoom
heeft een kleine negatieve lading en de waterstofatomen hebben een kleine positieve lading.
Waterstofbruggen
→ door de polaire verbinding van water, kan water een niet-covalente binding aangaan met
andere polaire groepen, een waterstofbrug
- Niet covalente binding, zwakker dan een covalente binding
- H-atoom is de hydrogen bond donor
- Het andere atoom (O of N) is de hydrogen bond acceptor
- Zorgt voor een hoog smelt- en kookpunt (omdat elke waterstofmolecuul 4 H-bruggen
aan kan gaan)
- Belangrijk bij het vormen van een goede structuur van eiwitten
- Kost weinig energie voor enzymen om te maken en af te breken
Oplosbaarheid van moleculen in water
- Hydrofiel → houdt van water
- Lijkt goed op te lossen in water
- Polaire stoffen, suiker, ionen en aminozuren
- Hydrofoob → is ‘bang’ voor water
- Lijkt niet op te lossen in water
- Apolaire stoffen, vetten
- Amphipatisch → houdt én is bang voor water
- Heeft een hydrofiele en hydrofobe kant
Hydrofobisch effect
→ het effect dat hydrofobe moleculen in een hydrofiele omgeving zich samen zullen voegen,
dit is een spontaan proces
- Entropie van het water wordt verhoogd
- Membranen, hydrofobe delen trekken naar elkaar toe
- Vouwing van eiwitten, hydrofobe delen trekken naar binnen en gaan een binding aan
met elkaar, hierdoor wordt de entropie van water verhoogd
- Hierbij ontstaan Van der Waals verbindingen
Elektrostatische interactie
→ interactie tussen een positief en negatief geladen ion waardoor een binding ontstaat
(zwakke binding)
- Ionbinding
- Zoutbruggen
Chapter 1 Biochemistry and the Unity of Life
Belangrijkste atomen
1. Zuurstof (O)
2. Waterstof (H)
3. Koolstof (C)
4. Stikstof (N)
5. Fosfor (P)
Belangrijke functionele groepen
- Dubbele binding
- Hydroxyl groep = -OH
- Amino groep = -NH2
- Sulfhydryl groep = -SH
- Carbonyl groep = -C=O (aldehyde of keton)
- Carboxyl groep = -COOH (zuren)
4 klassen biomoleculen
1. Eiwitten → opgebouwd uit 20 aminozuren verbonden door een peptide binding
a. Belangrijkste rol is katalyseren, enzymen
2. Nucleïnezuren → bewaren en transporteren van alle informatie over cellulaire functies
en interacties
a. Opgebouwd uit nucleotiden (suiker + base + fosfor)
3. Lipiden → vetachtige stof met een hydrofobe en hydrofiele kant
a. Vormen membranen met hydrofobe delen naar elkaar toe
4. Koolhydraten → belangrijke brandstofbron
Prokaryoten vs eukaryoten
Verschillen - Eukaryote cellen zijn veel groter
- Eukaryoten hebben een kern met dan prokaryoten.
het DNA, bij prokaryoten ligt het
Overeenkomsten
DNA in de nucleoid, deze is niet
- Plasmamembraan om de cel
omgeven door een celmembraan.
(barrière voor nutriënten,
- Eukaryoten hebben
afvalstoffen)
membraangebonden organellen,
- Cytosol
prokaryoten bevatten geen
- Chromosomen
organellen.
- Ribosomen
Organellen + functies
- Plasmamembraan → scheidt de inhoud van de cel van de omgeving
- Celwand → stijve buitenlaag om een plantencel
,- Cytoplasma → alles waar een cel uit bestaat behalve de kern, de celmembraan en de
eventuele celwand. Hier vinden biochemische processen plaats
- Kern → hier bevindt zich het gehele genoom. Hier vindt ook DNA en RNA synthese
plaats
- Mitochondriën → energiebron, hier vinden energie-produceren reacties plaats
- Golgi apparaat → stapel van platte membranen welke betrokken zijn bij het
verwerken en uitscheiden van eiwitten en reacties die suikers koppelen aan andere
componenten
- Chloroplast → de plek waar fotosynthese plaatsvindt
- ER → membranen in de cel waar eiwitsynthese plaatsvindt
- Lysosomen → organel met verterende (hydrolytische) enzymen
- Vacuole → blaasje gevuld met vocht (plant)
, Chapter 2 Water, Weak Bonds, and the Generation of Order Out of Chaos
Water bestaat uit een zuurstofatoom en twee waterstofatomen welke zijn verbonden door
covalente bindingen. Zuurstof is elektronegatief, dit houdt in dat de zuurstof hard aan de
elektronen trekt. Dit maakt deze covalente binding een polaire binding, het zuurstofatoom
heeft een kleine negatieve lading en de waterstofatomen hebben een kleine positieve lading.
Waterstofbruggen
→ door de polaire verbinding van water, kan water een niet-covalente binding aangaan met
andere polaire groepen, een waterstofbrug
- Niet covalente binding, zwakker dan een covalente binding
- H-atoom is de hydrogen bond donor
- Het andere atoom (O of N) is de hydrogen bond acceptor
- Zorgt voor een hoog smelt- en kookpunt (omdat elke waterstofmolecuul 4 H-bruggen
aan kan gaan)
- Belangrijk bij het vormen van een goede structuur van eiwitten
- Kost weinig energie voor enzymen om te maken en af te breken
Oplosbaarheid van moleculen in water
- Hydrofiel → houdt van water
- Lijkt goed op te lossen in water
- Polaire stoffen, suiker, ionen en aminozuren
- Hydrofoob → is ‘bang’ voor water
- Lijkt niet op te lossen in water
- Apolaire stoffen, vetten
- Amphipatisch → houdt én is bang voor water
- Heeft een hydrofiele en hydrofobe kant
Hydrofobisch effect
→ het effect dat hydrofobe moleculen in een hydrofiele omgeving zich samen zullen voegen,
dit is een spontaan proces
- Entropie van het water wordt verhoogd
- Membranen, hydrofobe delen trekken naar elkaar toe
- Vouwing van eiwitten, hydrofobe delen trekken naar binnen en gaan een binding aan
met elkaar, hierdoor wordt de entropie van water verhoogd
- Hierbij ontstaan Van der Waals verbindingen
Elektrostatische interactie
→ interactie tussen een positief en negatief geladen ion waardoor een binding ontstaat
(zwakke binding)
- Ionbinding
- Zoutbruggen
