De cel
2.1 Biomolecules (19-09-2022)
- De complexiteit van leven vereist een enorm aantal
verschillende biochemische stoffen, zoals eiwitten, suikers,
lipiden, nucleïnezuren
- Door kleine eenheden te combineren tot grote wordt een
gigantische diversiteit aan (macro)moleculen mogelijk.
Suikers
- Basis bouwstenen zijn de monosacchariden met de stoichiometrische formule:
(CH2O)n
- Monosacchariden zijn onderverdeeld op basis van: aantal koolstofatomen, locatie
van carbonylgroep en structuur
- Lineaire vorm: C-C-C-C
- Cyclische vorm: ring van C’s
- Isomeren:
- De alfa en beta kant kunnen spontaan in elkaar veranderen
- 3 bekende sacchariden: maltose, lactose en sucrose
- Disaccharide: 2
- Oligosaccharides: 2 – 10
- Polysacchariden: 10 – duizenden monomeren
- Monosacchariden kunnen gekoppeld worden door elke -OH groep, waardoor vertakkingen mogelijk zijn
Functies:
- Productie en opslag van energie
- Mechanische ondersteuning voor cellen
- Reguleren van eiwitfunctie, activiteit, vouwing
- Modificatie van lipiden
- Tafelsuiker bestaat uit disacharide van glucose en fructose
- Polymerisatie: beide reacties zijn gekatalyseerd
door enzymen à
Vetzuren
- Basis bouwsteen van lipiden
- Amphipathisch
- Verzadigd (recht) en onverzadig (dubbele binding, knik)
,- Triglycerides (1)
- Phopholipdiden (2)
- Glycolipids
- Steroids (3)
Aminozuren
- Zijketen (R) die vastzit aan de a-koolstofatoom is variabel
- R kan 20 verschillende groepen zijn
- Elke R geeft een aminozuur verschillende physicochemische
eigenschappen: structuur, vorm, hydrophiliciteit, oplosbaarheid, pH
- Zijketen kan zijn: basisch, zuur, ongeladen polair, niet polair
- Cellen gebruiken uitsluitend de L-aminozuren om eiwitten te maken
- Basische zijketen: positief geladen, hydrofiel, kan
ionenbinding aangaan met zure zijketens
- Zure zijketens: negatief geladen, hydrofiel, kan ionenbinding aangaan met
basische zijketens
- Ongeladen polaire zijketens:
polair, hydrofiel, kan H-bruggen vormen met andere polaire
zijketens, kan H-bruggen vormen met water
Aromatisch à
,Niet polair: ongeladen en apolair,
hydrofoob, kan geen H-bruggen
vormen met andere (a)polaire
zijketens en met water
- N-terminus: amine groep
- C-terminus: carboxyl-groep
- Eiwitten hebben net als RNA en DNA een polariteit(richting)
- Lineaire polypeptideketens zullen gaan vouwen op basis van de aminozuursequentie en de
physicochemische eigenschappen van de aminozuurzijketens
De krachten die eiwitten doen vouwen:
- Krachten verschillen in sterkte, sommigen erg zwak
- Maar, een groot aantal zwakke individuele interacties kunnen samen in een sterke kracht resulteren
- Hydrofobe interacties zitten vaak in het binnenste eiwit
- Polaire aminozuren kunnen ook in het binnenste voorkomen, waar ze H-bruggen met elkaar kunnen
vormen en de eiwitstructuur te kunnen stabiliseren.
Hoe binden eiwitten aan elkaar?
Als eiwitten aan elkaar binden, worden hierbij dezelfde krachten gebruikt als bij eiwitvouwing
Nucleotiden
- Het nucleotide bestaat uit: triphosphate, ribose, base
- Nucleoside: Base + suiker
- Pyrimidines: 1 ring (T,C,U)
- Purines: 2 ringen (A, G)
- DNA nucleotiden bevatten een OH groep minder dan RNA
- RNA moleculen bevatten nooit T-ribonucleotiden
- RNA heeft standaard geen volledig complementaire RNA streng (zoals DNA
wel heeft)
- Nucleïnezuren zijn directioneel (beide kanten)
- Bij polymerisatie is ATP nodig voor de energie en Polymerase als catalysator
,
2.1 Biomolecules (19-09-2022)
- De complexiteit van leven vereist een enorm aantal
verschillende biochemische stoffen, zoals eiwitten, suikers,
lipiden, nucleïnezuren
- Door kleine eenheden te combineren tot grote wordt een
gigantische diversiteit aan (macro)moleculen mogelijk.
Suikers
- Basis bouwstenen zijn de monosacchariden met de stoichiometrische formule:
(CH2O)n
- Monosacchariden zijn onderverdeeld op basis van: aantal koolstofatomen, locatie
van carbonylgroep en structuur
- Lineaire vorm: C-C-C-C
- Cyclische vorm: ring van C’s
- Isomeren:
- De alfa en beta kant kunnen spontaan in elkaar veranderen
- 3 bekende sacchariden: maltose, lactose en sucrose
- Disaccharide: 2
- Oligosaccharides: 2 – 10
- Polysacchariden: 10 – duizenden monomeren
- Monosacchariden kunnen gekoppeld worden door elke -OH groep, waardoor vertakkingen mogelijk zijn
Functies:
- Productie en opslag van energie
- Mechanische ondersteuning voor cellen
- Reguleren van eiwitfunctie, activiteit, vouwing
- Modificatie van lipiden
- Tafelsuiker bestaat uit disacharide van glucose en fructose
- Polymerisatie: beide reacties zijn gekatalyseerd
door enzymen à
Vetzuren
- Basis bouwsteen van lipiden
- Amphipathisch
- Verzadigd (recht) en onverzadig (dubbele binding, knik)
,- Triglycerides (1)
- Phopholipdiden (2)
- Glycolipids
- Steroids (3)
Aminozuren
- Zijketen (R) die vastzit aan de a-koolstofatoom is variabel
- R kan 20 verschillende groepen zijn
- Elke R geeft een aminozuur verschillende physicochemische
eigenschappen: structuur, vorm, hydrophiliciteit, oplosbaarheid, pH
- Zijketen kan zijn: basisch, zuur, ongeladen polair, niet polair
- Cellen gebruiken uitsluitend de L-aminozuren om eiwitten te maken
- Basische zijketen: positief geladen, hydrofiel, kan
ionenbinding aangaan met zure zijketens
- Zure zijketens: negatief geladen, hydrofiel, kan ionenbinding aangaan met
basische zijketens
- Ongeladen polaire zijketens:
polair, hydrofiel, kan H-bruggen vormen met andere polaire
zijketens, kan H-bruggen vormen met water
Aromatisch à
,Niet polair: ongeladen en apolair,
hydrofoob, kan geen H-bruggen
vormen met andere (a)polaire
zijketens en met water
- N-terminus: amine groep
- C-terminus: carboxyl-groep
- Eiwitten hebben net als RNA en DNA een polariteit(richting)
- Lineaire polypeptideketens zullen gaan vouwen op basis van de aminozuursequentie en de
physicochemische eigenschappen van de aminozuurzijketens
De krachten die eiwitten doen vouwen:
- Krachten verschillen in sterkte, sommigen erg zwak
- Maar, een groot aantal zwakke individuele interacties kunnen samen in een sterke kracht resulteren
- Hydrofobe interacties zitten vaak in het binnenste eiwit
- Polaire aminozuren kunnen ook in het binnenste voorkomen, waar ze H-bruggen met elkaar kunnen
vormen en de eiwitstructuur te kunnen stabiliseren.
Hoe binden eiwitten aan elkaar?
Als eiwitten aan elkaar binden, worden hierbij dezelfde krachten gebruikt als bij eiwitvouwing
Nucleotiden
- Het nucleotide bestaat uit: triphosphate, ribose, base
- Nucleoside: Base + suiker
- Pyrimidines: 1 ring (T,C,U)
- Purines: 2 ringen (A, G)
- DNA nucleotiden bevatten een OH groep minder dan RNA
- RNA moleculen bevatten nooit T-ribonucleotiden
- RNA heeft standaard geen volledig complementaire RNA streng (zoals DNA
wel heeft)
- Nucleïnezuren zijn directioneel (beide kanten)
- Bij polymerisatie is ATP nodig voor de energie en Polymerase als catalysator
,
