DT2 cellen en weefsels
Inhoud
Chapter 13: Membrane Transport and Compartmental Diversity ...............................................2
Chapter 15: Cell Signaling ...................................................................................................... 11
Chapter 17: Cell Cycle and Mitosis ......................................................................................... 21
Chapter 18: Cell Death and Apoptosis .................................................................................... 30
Chapter 19: Cell-Cell Junctions and Extracellular Matrix ......................................................... 35
Chapter 22: Stem Cells and Regeneration .............................................................................. 42
Guest Lecture: Cancer Prevention and Treatment ................................................................... 48
,Chapter 13: Membrane Transport and Compartmental
Diversity
De moleculaire mechanismen van membraantransport en het behoud van compartiments-
diversiteit begrijpen (Fig. 13-3).
Exocytose vs endocytose:
Endocytose en secretie en retrievalroutes
- Door vesiculair transport kunnen membraancompartimenten componenten uitwisselen
zonder identiteit te verliezen en dus de diversiteit te behouden
Onderscheid maken tussen verschillende soorten coated vesicles: COPI, COPII, Clathrin,
and Retromer (Fig. 13-5).
Coat heeft 2 belangrijke functies in 2 lagen:
1. Binnenste laag selecteert de cargo moleculen
2. Buitenste laag stabiliseert membraankromming
4 typen coated vesicles, andere coat eiwitten:
1. Clathrin coat – endocytosis vanaf Golgi, endosoom en plasmamembraan
2. COPI – bud from Golgi
3. COPII – bud from ER
4. Retromer – retrieval to Golgi
,Verklaar clathrin-gemedieerde endocytose, inclusief cargo receptors, adaptor proteins,
dynamin, en BAR domains (Fig. 13-8, 13-9, 13-12).
Adaptor proteins binden (1) cargo receptoren die vervolgens de cargo binden en (2) aan clathrine
moleculen
Voorbeeld van cargomolecuul is adaptorcomplex 2 (AP2). Binding van AP2 aan fosfoinositide
(gefosforyleerde fosfatidylinositol) leidt tot conformatieverandering wat de affiniteit voor
cargoreceptoren verandert; zorgt voor clustering van cargo receptoren
Plasmamembraan in nogal stijf; BAR-domein-bevattende eiwitten induceren het buigen van
membranen, wat kromming induceert, door elektrostatische interacties met lipide groepen
Dynamine is een GTPase die splijting induceert; helpt releasen van de vesicle. Dynamin vormt
een ring rond de nek van de vesicle en ondergaat dan een conformatieverandering door GTP
hydrolyse waardoor de bud nek vernauwt.
De rol van specifieke kinasen en fosfatasen uitleggen in phosphoinositide signaling (Fig. 13-
10).
Fosfatidylinositol (PI) kunnen makkelijk gefosforyleerd worden en daarmee verschillende
groepen fosfoinositiden (PIPs) produceren. Wordt uitgevoerd door PI en PIP kinases en PIP
fosfatases, verschillende organellen hebben verschillende sets van deze enzymen.
, Beschrijf de rol van phosphoinositide signaling, inclusief de lokalisatie van verschillende
phosphoinositides in de cel (Fig. 13-11).
Veel eiwitten die betrokken zijn bij verschillende stappen in het vesicle
transport bevatten domeinen die zeer specifiek binden aan de kopgroepen
van bepaalde PIP's. Lokale controle van de PI en PIP kinasen en PIP
fosfatasen kan daarom worden gebruikt om de binding van eiwitten aan een
membraan of membraandomein snel te reguleren. De productie van een
bepaald type PIP rekruteert eiwitten met bijpassende PIP-bindende
domeinen. De PIP-bindende eiwitten helpen dan bij het reguleren van de
vorming van blaasjes en andere stappen in de controle van het
blaasjesverkeer.
De functie van Rab GTPases in membraantransport en
compartimentering begrijpen (Fig. 13-17, 13-18, 13-19, table 13-1).
Veel verschillende membranen, je moet zorgen dat zorgen dat vesicle fuseert met juiste
membraan. Transport vesicles hebben daarom surface markers (bv Rab) en membranen hebben
receptoren die deze markers kunnen herkennen. Rab GTPases zorgen ervoor dat vesicle op
specifieke plek op juiste target membraan terechtkomen. Elk organel heeft eigen type Rab:
Type Rab Organel
Rab3A Synaptic vesicles, secretory vesicles
Rab5 Early endosomes, plasma membrane, clathrin-coated vesicles
Rab7 Late endosomes
Als Rab GDP gebonden heeft is het inactief, membraangebonden Rab GEFs maken ze actief
door GDP te verwisselen voor GTP, Rab wordt dan geïnsert in membraan en bindt aan Rab
effectoren.
- Rab activatie heeft 3 mechanismes via waar het een vesicle begeleidt naar
targetmembraan:
1. Rab kan herkend worden door tethering eiwitten die vesicle kunnen “vangen”
2. Rab kan interacteren met motoreiwitten
3. Kan een effector rekruteren die die bindt aan eiwitten op target membraan, bv SNARE
Rab eiwitten zitten niet alleen op vesicles, maar ook op membranen; Rab GEF in organel zorgt
dan voor activatie en insertie in membraan. Effector eiwitten (tethering eiwitten, SNAREs en
enzymen die fosfoinositides maken/ modificeren) die daarop afkomen creëren de identiteit van
organel door te bepalen welke vesicles in en uit gaan.
Inhoud
Chapter 13: Membrane Transport and Compartmental Diversity ...............................................2
Chapter 15: Cell Signaling ...................................................................................................... 11
Chapter 17: Cell Cycle and Mitosis ......................................................................................... 21
Chapter 18: Cell Death and Apoptosis .................................................................................... 30
Chapter 19: Cell-Cell Junctions and Extracellular Matrix ......................................................... 35
Chapter 22: Stem Cells and Regeneration .............................................................................. 42
Guest Lecture: Cancer Prevention and Treatment ................................................................... 48
,Chapter 13: Membrane Transport and Compartmental
Diversity
De moleculaire mechanismen van membraantransport en het behoud van compartiments-
diversiteit begrijpen (Fig. 13-3).
Exocytose vs endocytose:
Endocytose en secretie en retrievalroutes
- Door vesiculair transport kunnen membraancompartimenten componenten uitwisselen
zonder identiteit te verliezen en dus de diversiteit te behouden
Onderscheid maken tussen verschillende soorten coated vesicles: COPI, COPII, Clathrin,
and Retromer (Fig. 13-5).
Coat heeft 2 belangrijke functies in 2 lagen:
1. Binnenste laag selecteert de cargo moleculen
2. Buitenste laag stabiliseert membraankromming
4 typen coated vesicles, andere coat eiwitten:
1. Clathrin coat – endocytosis vanaf Golgi, endosoom en plasmamembraan
2. COPI – bud from Golgi
3. COPII – bud from ER
4. Retromer – retrieval to Golgi
,Verklaar clathrin-gemedieerde endocytose, inclusief cargo receptors, adaptor proteins,
dynamin, en BAR domains (Fig. 13-8, 13-9, 13-12).
Adaptor proteins binden (1) cargo receptoren die vervolgens de cargo binden en (2) aan clathrine
moleculen
Voorbeeld van cargomolecuul is adaptorcomplex 2 (AP2). Binding van AP2 aan fosfoinositide
(gefosforyleerde fosfatidylinositol) leidt tot conformatieverandering wat de affiniteit voor
cargoreceptoren verandert; zorgt voor clustering van cargo receptoren
Plasmamembraan in nogal stijf; BAR-domein-bevattende eiwitten induceren het buigen van
membranen, wat kromming induceert, door elektrostatische interacties met lipide groepen
Dynamine is een GTPase die splijting induceert; helpt releasen van de vesicle. Dynamin vormt
een ring rond de nek van de vesicle en ondergaat dan een conformatieverandering door GTP
hydrolyse waardoor de bud nek vernauwt.
De rol van specifieke kinasen en fosfatasen uitleggen in phosphoinositide signaling (Fig. 13-
10).
Fosfatidylinositol (PI) kunnen makkelijk gefosforyleerd worden en daarmee verschillende
groepen fosfoinositiden (PIPs) produceren. Wordt uitgevoerd door PI en PIP kinases en PIP
fosfatases, verschillende organellen hebben verschillende sets van deze enzymen.
, Beschrijf de rol van phosphoinositide signaling, inclusief de lokalisatie van verschillende
phosphoinositides in de cel (Fig. 13-11).
Veel eiwitten die betrokken zijn bij verschillende stappen in het vesicle
transport bevatten domeinen die zeer specifiek binden aan de kopgroepen
van bepaalde PIP's. Lokale controle van de PI en PIP kinasen en PIP
fosfatasen kan daarom worden gebruikt om de binding van eiwitten aan een
membraan of membraandomein snel te reguleren. De productie van een
bepaald type PIP rekruteert eiwitten met bijpassende PIP-bindende
domeinen. De PIP-bindende eiwitten helpen dan bij het reguleren van de
vorming van blaasjes en andere stappen in de controle van het
blaasjesverkeer.
De functie van Rab GTPases in membraantransport en
compartimentering begrijpen (Fig. 13-17, 13-18, 13-19, table 13-1).
Veel verschillende membranen, je moet zorgen dat zorgen dat vesicle fuseert met juiste
membraan. Transport vesicles hebben daarom surface markers (bv Rab) en membranen hebben
receptoren die deze markers kunnen herkennen. Rab GTPases zorgen ervoor dat vesicle op
specifieke plek op juiste target membraan terechtkomen. Elk organel heeft eigen type Rab:
Type Rab Organel
Rab3A Synaptic vesicles, secretory vesicles
Rab5 Early endosomes, plasma membrane, clathrin-coated vesicles
Rab7 Late endosomes
Als Rab GDP gebonden heeft is het inactief, membraangebonden Rab GEFs maken ze actief
door GDP te verwisselen voor GTP, Rab wordt dan geïnsert in membraan en bindt aan Rab
effectoren.
- Rab activatie heeft 3 mechanismes via waar het een vesicle begeleidt naar
targetmembraan:
1. Rab kan herkend worden door tethering eiwitten die vesicle kunnen “vangen”
2. Rab kan interacteren met motoreiwitten
3. Kan een effector rekruteren die die bindt aan eiwitten op target membraan, bv SNARE
Rab eiwitten zitten niet alleen op vesicles, maar ook op membranen; Rab GEF in organel zorgt
dan voor activatie en insertie in membraan. Effector eiwitten (tethering eiwitten, SNAREs en
enzymen die fosfoinositides maken/ modificeren) die daarop afkomen creëren de identiteit van
organel door te bepalen welke vesicles in en uit gaan.
