Opdrachten voor Virologie
Naam: Yara Witte
Cursus: Medische Microbiologie
Datum: 22-12-2019
Docent: Tonja van der Kuyl
Aantal woorden opdracht 1: 1238
Aantal woorden opdracht 2: 2151
, Opdracht 1: Fylogenetische analyse van HIV-1
Drug resistentie en superinfectie in HIV-1 geïnfecteerde patiënten
Inleiding
AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) wordt veroorzaakt door het retrovirus dat
Human Immunodeficiency VIrus (HIV) heet en is momenteel een wereldwijde epidemie. HIV
is in eerste instantie meestal asymptomatisch, maar in die periode repliceert het virus wel en
worden CD4+ T-cellen gedood. HIV patiënten hebben een slecht functionerend
immuunsysteem en hierdoor zullen uiteindelijk de meeste HIV patiënten sterven aan een
opportunistische infectie ziekte die in gezonde mensen niet dodelijk is. De huidige
behandeling van HIV is cART (combination antiretroviral therapy), het levenslang slikken van
minimaal 3 medicijnen die de virale replicatie van HIV op verschillende punten remt. De 3
belangrijkste klassen van antiretrovirale drugs zijn : Protease Inhibitors (PIs), Nucleoside
Reverse Transcriptase Inhibitors (NRTIs) en Non-Nucleoside Reverse Transcriptase
Inhibitors ( NNRTIs) die de reverse transcriptase en protease (pol eiwitten) van het virus
remmen. Echter, wanneer de patiënt de medicijnen niet goed of te weinig inneemt, dan kan
er opnieuw virusreplicatie plaatsvinden. Dit kan leiden tot resistente HIV virussen die
vervolgens weer snel kunnen repliceren en de CD4+ T cellen van de patiënt kunnen doden.
Bovendien kan een tweede HIV infectie met een andere HIV stam (HIV superinfectie) ook
leiden tot een stijging van de virale load in het plasma, omdat dit leidt tot recombinatie
waardoor retrovirussen genetische diversiteit kunnen ontwikkelen. In dit verslag wordt er
onderzocht of de stijging van de virale load in het plasma plasma van 2 patiënten is ontstaan
door drug-resistente mutaties of door een nieuwe HIV infectie (HIV superinfectie).
Materiaal en methode
Patiënt 1 zijn virale load in het bloed is gestegen tot 10 5 copies/ml, terwijl de vorige keer de
virale load lager was dan 50 copies/ml. Eerdere genotypering had aangegeven dat er geen
drug-resistentie mutaties aanwezig waren in de pol-gen sequenties van patiënt 1, maar de
patiënt geeft toe dat hij slordig is geweest met het innemen van zijn pillen. Met behulp van
een HIV Drug Resistance Database is er geanalyseerd of het HIV virus nu wel resistent is
geworden tegen de medicijnen door het pol-virusgen te analyseren. Vervolgens is bepaald
wat de behandelende arts het beste kan doen voor patiënt 1.
De virale load in het bloed van patiënt 2 is gestegen tot 10 6 copies/ml (AIDS-fase is
begonnen), nadat hij terug is gekomen van zijn familie uit Afrika. Patiënt 2 komt
oorspronkelijk uit Zuid-Afrika en bleek bij aankomst in Nederland HIV (subtype C) positief te
zijn. Met behulp van een HIV Drug Resistance Database is er geanalyseerd of er
drug-resistente mutaties aanwezig zijn in de pol-gen sequenties van patiënt 2, zodat de
patiënt behandeld kan gaan worden met de juiste medicijnen. Vervolgens is er geanalyseerd
of patiënt 2 een superinfectie heeft opgelopen met een tweede HIV stam door een
Naam: Yara Witte
Cursus: Medische Microbiologie
Datum: 22-12-2019
Docent: Tonja van der Kuyl
Aantal woorden opdracht 1: 1238
Aantal woorden opdracht 2: 2151
, Opdracht 1: Fylogenetische analyse van HIV-1
Drug resistentie en superinfectie in HIV-1 geïnfecteerde patiënten
Inleiding
AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) wordt veroorzaakt door het retrovirus dat
Human Immunodeficiency VIrus (HIV) heet en is momenteel een wereldwijde epidemie. HIV
is in eerste instantie meestal asymptomatisch, maar in die periode repliceert het virus wel en
worden CD4+ T-cellen gedood. HIV patiënten hebben een slecht functionerend
immuunsysteem en hierdoor zullen uiteindelijk de meeste HIV patiënten sterven aan een
opportunistische infectie ziekte die in gezonde mensen niet dodelijk is. De huidige
behandeling van HIV is cART (combination antiretroviral therapy), het levenslang slikken van
minimaal 3 medicijnen die de virale replicatie van HIV op verschillende punten remt. De 3
belangrijkste klassen van antiretrovirale drugs zijn : Protease Inhibitors (PIs), Nucleoside
Reverse Transcriptase Inhibitors (NRTIs) en Non-Nucleoside Reverse Transcriptase
Inhibitors ( NNRTIs) die de reverse transcriptase en protease (pol eiwitten) van het virus
remmen. Echter, wanneer de patiënt de medicijnen niet goed of te weinig inneemt, dan kan
er opnieuw virusreplicatie plaatsvinden. Dit kan leiden tot resistente HIV virussen die
vervolgens weer snel kunnen repliceren en de CD4+ T cellen van de patiënt kunnen doden.
Bovendien kan een tweede HIV infectie met een andere HIV stam (HIV superinfectie) ook
leiden tot een stijging van de virale load in het plasma, omdat dit leidt tot recombinatie
waardoor retrovirussen genetische diversiteit kunnen ontwikkelen. In dit verslag wordt er
onderzocht of de stijging van de virale load in het plasma plasma van 2 patiënten is ontstaan
door drug-resistente mutaties of door een nieuwe HIV infectie (HIV superinfectie).
Materiaal en methode
Patiënt 1 zijn virale load in het bloed is gestegen tot 10 5 copies/ml, terwijl de vorige keer de
virale load lager was dan 50 copies/ml. Eerdere genotypering had aangegeven dat er geen
drug-resistentie mutaties aanwezig waren in de pol-gen sequenties van patiënt 1, maar de
patiënt geeft toe dat hij slordig is geweest met het innemen van zijn pillen. Met behulp van
een HIV Drug Resistance Database is er geanalyseerd of het HIV virus nu wel resistent is
geworden tegen de medicijnen door het pol-virusgen te analyseren. Vervolgens is bepaald
wat de behandelende arts het beste kan doen voor patiënt 1.
De virale load in het bloed van patiënt 2 is gestegen tot 10 6 copies/ml (AIDS-fase is
begonnen), nadat hij terug is gekomen van zijn familie uit Afrika. Patiënt 2 komt
oorspronkelijk uit Zuid-Afrika en bleek bij aankomst in Nederland HIV (subtype C) positief te
zijn. Met behulp van een HIV Drug Resistance Database is er geanalyseerd of er
drug-resistente mutaties aanwezig zijn in de pol-gen sequenties van patiënt 2, zodat de
patiënt behandeld kan gaan worden met de juiste medicijnen. Vervolgens is er geanalyseerd
of patiënt 2 een superinfectie heeft opgelopen met een tweede HIV stam door een
