Madelief Flentge
Alles uit HCs wat niet geïntegreerd is in
samenvatting
HC college 3 H10
DNA extract
Er is sprake van een bekende mutatie bij een bekend gen.
DNA is extracted from human cells for a variety of reasons. With a pure sample of DNA you can test a
newborn for a genetic disease, analyze forensic evidence, or study a gene involved in cancer.
1. Verkrijgen van cellen (dmv van cellen in binnenkant mond)
a. Stop het in epje
2. Openmaken cellen om DNA te verkrijgen
a. Toevoegen pipetteren lysis -> ingredienten zorgen voor kapot maken cel en histonen
b. Epje in warm bad
3. DNA onderscheiden van eiwitten en afval
a. Toevoegen zoutoplossing zorgt voor samenclumpen van eiwitten en cellulair afval
b. Epje in micro-centrifuge
c. Eiwitten en cellulair afval onderaan vloeistof en DNA strengs door vloeistof heen
4. Isoleren van DNA
cDNA
Expressie brengen van een humaan gen in een bacterie.
We isoleren mRNA want we hebben alleen exonen nodig. Deze zijn al geisoleerd in mRNA. In dit
proces maken ze van deze mRNA DNA
1. mRNA extractie gebeurd door poly-A staart. mrNA wordt in vloeistof gebracht met
ijzerbolletjes die poly-T staart bevatten. Deze trekken dus de poly-A staart aan.
2. Dmv reverse transcriptase wordt mRNA omgezet in DNA, primer alleen voor sequence die we
willen en niet met poly-A staart
3. DNA wordt dmv vectoren de bacterie ingebracht
4. Transcriptie enzymen zijn moleculaire scharen met een specifieke ‘knip’. Worden gebruikt
voor openknippen DNA.
a. Dmv bijv PCR kan er extra restrictie sides aan het DNA geplakt worden zodat precies
wordt geknipt waar jij wilt om te voorkomen dat het je DNA doorknipt.
HC14 HC
Humane genoomproject laat zien hoe wetenschap, technologie, bedrijfsleven, politiek en ethiek
elkaar beinvloeden
Alleen gemodificeerd DNA mag gepatenteerd worden.
HGP -> arbeidsintensief
1. Construeer genetische kaart
2. Verdelen chromosoom in segmenten
3. Sturen segmenten naar verschillende labs
4. “Shotgun sequence” de segmenten
TISR -> computerintensief
- Overslaan construeren genetische kaart
1. Shotgun sequence alles in 1 keer
2. Bij elkaar puzzelen van stukjes dmv computer
, Madelief Flentge
- Kans op gaten en fouten
Hiertussen ontstaat genoom oorlog
Grootte genoom zegt niks over complexiteit van een eigenaar.
Human endogenous retroviruses (HERV’s): parasieten in de genen die geen spcifieke functie hebben
maar alleen in het DNA zitten om zich voor te kunnen planten. Kan wel door mutaties uiteindelijk een
gunstig effect hebben. Lateral gene transfer = uitwisseling van genen tussen organismen
Hoe vind je zaken die iets remmen? -> zoeken naar sequenties die je als enige niet terug ziet in
mensen. Resultaat: honderden behouden sequenties in chimpansees en andere soorten zijn niet
meer aanwezig in de mens, vrijwel al deze sequenties liggen in niet coderend DNA. Deze stukjes
kunnen een grote rol spelen bij genexpressie.
Nano-pore sequencing: voor sequencing van grote stukken genetisch materiaal. Minder
betrouwbaar dan illumina, meer deleties en inserties.
Bepalen van mutatie op basis van locatie. Effect van mutatie is afhankelijk van plaats mutatie.
Genetische samenstelling veranderd door random mutaties, en neen random selectiedruk waardoor
sommige mutaties toenemen en sommige verdwijnen. Met een grote populatie is de kans op mutatie
groter, kleine populaties hebben dus weinig genetische variatie en kan leiden tot uitsterven van
planten en dieren (= te weinig resilience).
Ontstaan van mutaties door
- DNA replicatie
- Mutagenen
- Radioactiviteit
- Infecties/virussen
Kiembaanmutaties: belangrijk voor evolutie, mutaties in geslachtcellen. Meet de frequentie van
nieuwe mutaties op verschillende loci. Kans op een mutatie verschilt per loci.
Niet werken van DNA repair: apoptose of scenescene (doet niets meer, inactief) of door blijven delen
en dus verspreiden mutaties, ongelimiteerde deling (bijv kanker).
Bestaan van eiwit wat scenescene cellen aanzetten tot apoptose -> duidelijk herstel te zien van het
organisme.
Kanker ontstaat door omzetten van proto-oncogenen in oncogenen en dus dominante genen,
meestal genen voor zelfdeling of aanzetten tot apoptose (dus verstoring hiervan).
Tumorsuppressor genen vaak recessief en zorgen voor onbedoelde celdeling en apoptose. Two-hit
hypotheses: beide kopieën van het gen moeten gemuteerd zijn voor een fenotype. Vaak erfelijk, met
al 1 mutatie in een kopie overgeërfd zorgt voor hoger risico op activatie van tumorsuppressor genen.
Sequencing laat zien dat verschillende mutaties in verschillende delen van kanker voorkomen.
Hierdoor kan er resistentie ontstaan voor een bepaalde behandeling omdat de mutaties dan zorgen
voor resistentie.
Filmpjes H2 en H3
In europa was er sprake van handel waarbij in dit geval de schapen in Spanje erg goed waren in het
produceren van goed wol. Andere landen waren hier jaloers op en begonnen te brainstormen hoe ze
ook aan zulk goed wol konden komen. Uiteindelijk kwamen ze tot de oplossing om de schapen uit
spanje te kruizen met de eigen schapen in het land zodat ze schapen zouden krijgen welke hetzelfde
goede wol produceren maar zich ook goed aanpassen aan het klimaat van het land. Iemand die
precies wist hoe die dit aan moest pakken was Mendel.
Mendels experiment:
Alles uit HCs wat niet geïntegreerd is in
samenvatting
HC college 3 H10
DNA extract
Er is sprake van een bekende mutatie bij een bekend gen.
DNA is extracted from human cells for a variety of reasons. With a pure sample of DNA you can test a
newborn for a genetic disease, analyze forensic evidence, or study a gene involved in cancer.
1. Verkrijgen van cellen (dmv van cellen in binnenkant mond)
a. Stop het in epje
2. Openmaken cellen om DNA te verkrijgen
a. Toevoegen pipetteren lysis -> ingredienten zorgen voor kapot maken cel en histonen
b. Epje in warm bad
3. DNA onderscheiden van eiwitten en afval
a. Toevoegen zoutoplossing zorgt voor samenclumpen van eiwitten en cellulair afval
b. Epje in micro-centrifuge
c. Eiwitten en cellulair afval onderaan vloeistof en DNA strengs door vloeistof heen
4. Isoleren van DNA
cDNA
Expressie brengen van een humaan gen in een bacterie.
We isoleren mRNA want we hebben alleen exonen nodig. Deze zijn al geisoleerd in mRNA. In dit
proces maken ze van deze mRNA DNA
1. mRNA extractie gebeurd door poly-A staart. mrNA wordt in vloeistof gebracht met
ijzerbolletjes die poly-T staart bevatten. Deze trekken dus de poly-A staart aan.
2. Dmv reverse transcriptase wordt mRNA omgezet in DNA, primer alleen voor sequence die we
willen en niet met poly-A staart
3. DNA wordt dmv vectoren de bacterie ingebracht
4. Transcriptie enzymen zijn moleculaire scharen met een specifieke ‘knip’. Worden gebruikt
voor openknippen DNA.
a. Dmv bijv PCR kan er extra restrictie sides aan het DNA geplakt worden zodat precies
wordt geknipt waar jij wilt om te voorkomen dat het je DNA doorknipt.
HC14 HC
Humane genoomproject laat zien hoe wetenschap, technologie, bedrijfsleven, politiek en ethiek
elkaar beinvloeden
Alleen gemodificeerd DNA mag gepatenteerd worden.
HGP -> arbeidsintensief
1. Construeer genetische kaart
2. Verdelen chromosoom in segmenten
3. Sturen segmenten naar verschillende labs
4. “Shotgun sequence” de segmenten
TISR -> computerintensief
- Overslaan construeren genetische kaart
1. Shotgun sequence alles in 1 keer
2. Bij elkaar puzzelen van stukjes dmv computer
, Madelief Flentge
- Kans op gaten en fouten
Hiertussen ontstaat genoom oorlog
Grootte genoom zegt niks over complexiteit van een eigenaar.
Human endogenous retroviruses (HERV’s): parasieten in de genen die geen spcifieke functie hebben
maar alleen in het DNA zitten om zich voor te kunnen planten. Kan wel door mutaties uiteindelijk een
gunstig effect hebben. Lateral gene transfer = uitwisseling van genen tussen organismen
Hoe vind je zaken die iets remmen? -> zoeken naar sequenties die je als enige niet terug ziet in
mensen. Resultaat: honderden behouden sequenties in chimpansees en andere soorten zijn niet
meer aanwezig in de mens, vrijwel al deze sequenties liggen in niet coderend DNA. Deze stukjes
kunnen een grote rol spelen bij genexpressie.
Nano-pore sequencing: voor sequencing van grote stukken genetisch materiaal. Minder
betrouwbaar dan illumina, meer deleties en inserties.
Bepalen van mutatie op basis van locatie. Effect van mutatie is afhankelijk van plaats mutatie.
Genetische samenstelling veranderd door random mutaties, en neen random selectiedruk waardoor
sommige mutaties toenemen en sommige verdwijnen. Met een grote populatie is de kans op mutatie
groter, kleine populaties hebben dus weinig genetische variatie en kan leiden tot uitsterven van
planten en dieren (= te weinig resilience).
Ontstaan van mutaties door
- DNA replicatie
- Mutagenen
- Radioactiviteit
- Infecties/virussen
Kiembaanmutaties: belangrijk voor evolutie, mutaties in geslachtcellen. Meet de frequentie van
nieuwe mutaties op verschillende loci. Kans op een mutatie verschilt per loci.
Niet werken van DNA repair: apoptose of scenescene (doet niets meer, inactief) of door blijven delen
en dus verspreiden mutaties, ongelimiteerde deling (bijv kanker).
Bestaan van eiwit wat scenescene cellen aanzetten tot apoptose -> duidelijk herstel te zien van het
organisme.
Kanker ontstaat door omzetten van proto-oncogenen in oncogenen en dus dominante genen,
meestal genen voor zelfdeling of aanzetten tot apoptose (dus verstoring hiervan).
Tumorsuppressor genen vaak recessief en zorgen voor onbedoelde celdeling en apoptose. Two-hit
hypotheses: beide kopieën van het gen moeten gemuteerd zijn voor een fenotype. Vaak erfelijk, met
al 1 mutatie in een kopie overgeërfd zorgt voor hoger risico op activatie van tumorsuppressor genen.
Sequencing laat zien dat verschillende mutaties in verschillende delen van kanker voorkomen.
Hierdoor kan er resistentie ontstaan voor een bepaalde behandeling omdat de mutaties dan zorgen
voor resistentie.
Filmpjes H2 en H3
In europa was er sprake van handel waarbij in dit geval de schapen in Spanje erg goed waren in het
produceren van goed wol. Andere landen waren hier jaloers op en begonnen te brainstormen hoe ze
ook aan zulk goed wol konden komen. Uiteindelijk kwamen ze tot de oplossing om de schapen uit
spanje te kruizen met de eigen schapen in het land zodat ze schapen zouden krijgen welke hetzelfde
goede wol produceren maar zich ook goed aanpassen aan het klimaat van het land. Iemand die
precies wist hoe die dit aan moest pakken was Mendel.
Mendels experiment:
