Leerdoelen
donderdag 14 januari 2021 15:20
Kan de structuur van DNA / RNA molecuul / dubbele helix (en haar onderdelen) als mede de
ordening en de locatie in de cel beschrijven
Kan uitleggen hoe DNA gerepliceerd wordt in vivo en in vitro
Kan de indeling van een eukaryotisch- en prokaryotisch gen / mRNA / cDNA beschrijven
Kan beschrijven hoe (reverse) transcriptie incl. splicing werkt
Kan het proces van translatie van eiwitten beschrijven incl. het vertalen van een gen / mRNA
sequentie naar eiwit sequentie
Kan beredeneren hoe verschillende soorten mutaties in het DNA van invloed zijn op eiwit
synthese
Kan beschrijven hoe een eiwit is opgebouwd en hoe de 3D structuur hiervan wordt
gestabiliseerd
Kan beschrijven hoe plasmiden worden gebruikt om recombinant DNA in een cel in te brengen
om een recombinant eiwit te produceren (digestie / ligatie / transformatie / transfectie)
Kan PCR primers beoordelen op kwaliteit / geschiktheid, dit omvat ook het kunnen
interpreteren van DNA / RNA BLAST resultaten
Kan toelichten hoe DNA gel elektroforese werkt en kan PCR resultaten / digestiepatronen
interpreteren
Kan verdunningen / gel percentage berekenen
Kan uitleggen hoe Sanger sequencing werkt
Moodle Pagina 1
,1. Structuur van DNA
woensdag 18 november 2020 10:09
H9.1 The Structure of DNA uit Concepts of Biology
H14.1 tm 14.3 DNA Structure and Function uit Biology 2e
H5 DNA and Chromosomes uit Essential Cell Biology
Structuur van DNA
De ruggengraat van het DNA
- De ruggengraat van het DNA bestaat uit desoxyribose ringen en fosfaatgroepen
○ Fosfaatgroepen geven DNA hun negatieve lading
- Aan de DNA 'ruggengraat' kunnen 4 verschillende stikstofbasen zitten
Koolstofatoom 1 --> stikstofbase
Koolstofatoom 3 --> hydroxylgroep
Koolstofatoom 5 --> fosfaatgroep
Fosfaatgroep geeft DNA zijn negatieve lading
- DNA wordt gelezen van 5' naar 3'
Stikstofbasen van DNA
- De stikstofbasen kunnen worden onderverdeeld in twee groepen op basis van hun ringstructuur:
○ Purines (dubbele ring) --> Adenine en Guanine
○ Pyrimidines (enkele ring) --> Cytosine en Thymine
- Een purine base vormt altijd een paar met een pyrimidine base (AT en CG)
- Dit gebeurt door het vormen van waterstofbruggen
○ CG --> 3 waterstofbruggen
○ AT --> 2 waterstofbruggen
▪ Waterstofbrug --> interactie tussen een waterstofatoom gebonden aan een stikstof-, zuurstof-, of fluor-
atoom, met een ongebonden elektronenpaar van opnieuw stikstof, zuurstof of fluor
- Vrije nucleotide = dNTP (desoxynucleoside triphosphate)
▪ Nucleoside = deoxyribose met en stikstofbase
DNA dubbele helix
- 2 DNA moleculen vormen samen een dubbele helix
- Dit zijn 2 anti parallelle strengen
Moodle Pagina 2
, Reverse & Complement
- Reverse van een sequentie --> achterstevoren
- Complement van een sequentie --> vervang de nucleotide door de nucleotide waar deze in de DNA dubbele helix
een basenpaar mee vormen
- Reverse en complement --> ontstaat de bijbehorende antisense strand, weergeven van 5' naar 3'
DNA locatie
- De eerste vorm van ordening zijn nucleosomen, deze worden gevormd doordat het dubbelstrengs DNA zich om
histoncomplexen heen wikkelt.
- Histoncomplexen bestaan uit 4 histoneiwitten die elk twee keer in het complex voorkomen, 8 histoneiwitten in
totaal dus
- Dit gaat zich verder opwinden en er ontstaat een 30 nanometer fiber
- Dit rolt zich nog meer op en zo ontstaat uiteindelijk de chromosoom-structuur
Moodle Pagina 3
donderdag 14 januari 2021 15:20
Kan de structuur van DNA / RNA molecuul / dubbele helix (en haar onderdelen) als mede de
ordening en de locatie in de cel beschrijven
Kan uitleggen hoe DNA gerepliceerd wordt in vivo en in vitro
Kan de indeling van een eukaryotisch- en prokaryotisch gen / mRNA / cDNA beschrijven
Kan beschrijven hoe (reverse) transcriptie incl. splicing werkt
Kan het proces van translatie van eiwitten beschrijven incl. het vertalen van een gen / mRNA
sequentie naar eiwit sequentie
Kan beredeneren hoe verschillende soorten mutaties in het DNA van invloed zijn op eiwit
synthese
Kan beschrijven hoe een eiwit is opgebouwd en hoe de 3D structuur hiervan wordt
gestabiliseerd
Kan beschrijven hoe plasmiden worden gebruikt om recombinant DNA in een cel in te brengen
om een recombinant eiwit te produceren (digestie / ligatie / transformatie / transfectie)
Kan PCR primers beoordelen op kwaliteit / geschiktheid, dit omvat ook het kunnen
interpreteren van DNA / RNA BLAST resultaten
Kan toelichten hoe DNA gel elektroforese werkt en kan PCR resultaten / digestiepatronen
interpreteren
Kan verdunningen / gel percentage berekenen
Kan uitleggen hoe Sanger sequencing werkt
Moodle Pagina 1
,1. Structuur van DNA
woensdag 18 november 2020 10:09
H9.1 The Structure of DNA uit Concepts of Biology
H14.1 tm 14.3 DNA Structure and Function uit Biology 2e
H5 DNA and Chromosomes uit Essential Cell Biology
Structuur van DNA
De ruggengraat van het DNA
- De ruggengraat van het DNA bestaat uit desoxyribose ringen en fosfaatgroepen
○ Fosfaatgroepen geven DNA hun negatieve lading
- Aan de DNA 'ruggengraat' kunnen 4 verschillende stikstofbasen zitten
Koolstofatoom 1 --> stikstofbase
Koolstofatoom 3 --> hydroxylgroep
Koolstofatoom 5 --> fosfaatgroep
Fosfaatgroep geeft DNA zijn negatieve lading
- DNA wordt gelezen van 5' naar 3'
Stikstofbasen van DNA
- De stikstofbasen kunnen worden onderverdeeld in twee groepen op basis van hun ringstructuur:
○ Purines (dubbele ring) --> Adenine en Guanine
○ Pyrimidines (enkele ring) --> Cytosine en Thymine
- Een purine base vormt altijd een paar met een pyrimidine base (AT en CG)
- Dit gebeurt door het vormen van waterstofbruggen
○ CG --> 3 waterstofbruggen
○ AT --> 2 waterstofbruggen
▪ Waterstofbrug --> interactie tussen een waterstofatoom gebonden aan een stikstof-, zuurstof-, of fluor-
atoom, met een ongebonden elektronenpaar van opnieuw stikstof, zuurstof of fluor
- Vrije nucleotide = dNTP (desoxynucleoside triphosphate)
▪ Nucleoside = deoxyribose met en stikstofbase
DNA dubbele helix
- 2 DNA moleculen vormen samen een dubbele helix
- Dit zijn 2 anti parallelle strengen
Moodle Pagina 2
, Reverse & Complement
- Reverse van een sequentie --> achterstevoren
- Complement van een sequentie --> vervang de nucleotide door de nucleotide waar deze in de DNA dubbele helix
een basenpaar mee vormen
- Reverse en complement --> ontstaat de bijbehorende antisense strand, weergeven van 5' naar 3'
DNA locatie
- De eerste vorm van ordening zijn nucleosomen, deze worden gevormd doordat het dubbelstrengs DNA zich om
histoncomplexen heen wikkelt.
- Histoncomplexen bestaan uit 4 histoneiwitten die elk twee keer in het complex voorkomen, 8 histoneiwitten in
totaal dus
- Dit gaat zich verder opwinden en er ontstaat een 30 nanometer fiber
- Dit rolt zich nog meer op en zo ontstaat uiteindelijk de chromosoom-structuur
Moodle Pagina 3
