Samenvatting BMW Genoom - Zelfstudie aantekeningen + HC week 1-2 - Universiteit Utrecht

Genoom – Blok 2 – Hoorcolleges
+ ZS Week 1-2
Inhoud
BMW Genoom – Intermoleculaire interactie – Week 1..........................................................................3
BMW Genoom – Structuur en functie – Week 1....................................................................................6
BMW Genoom – Transcriptie – Week 2 (E-module 1)..........................................................................12
BMW Genoom - Transcriptie in Prokaryoten en Eukaryoten – ZS Thema 2 (blz. 307)..........................14
BMW Genoom – Transcriptie – Week 2 (E-module 2)..........................................................................18
BMW Genoom – Translatie – Week 2 (E-module 3).............................................................................23
Overzichtscollege week 2 – transcriptie en translatie..........................................................................29




1

,Algemene informatie
Deel 1: Moleculaire mechanismen (tot kerstvakantie) – 6 weken
Tentamen met open vragen (50%).
Deel 2: Onderzoek & Technieken (na kerstvakantie) – 4 weken
Practicum + literatuuropdracht (samen 15%)




2

, BMW Genoom – Intermoleculaire interactie – Week 1
Eigenschappen interactie tussen moleculen:
 Er vindt veel interactie plaats tussen moleculen door middel van botsing
- dit is een kansproces en heeft een bepaalde affiniteit en specificiteit
 Er is een kansproces om te binden en los te laten van twee moleculen waardoor er een
evenwicht ontstaat tussen botsen en loslaten
 Bij een botsing moeten bindingsplekken botsen voor een binding
 Moleculen bewegen niet naar elkaar toe, maar komen elkaar vanzelf tegen
 Binding is een continue proces van moleculaire interactie
- sterke binding, sterke interactie
 Bindingsplaatsen zijn dynamisch en altijd in beweging
 Voorwaarde binding: moleculen moeten passen + sterk genoeg interactie
 Een binding is op basis van non-covalente bindingen

Non-covalente bindingen – Sterk-minder sterk
1. Elektrostatische krachten
2. Waterstofbruggen
3. VanDerWaals krachten
4. Hydrofobe bindingen

Brownian motion = de willekeurige beweging van een molecuul dwars door de cel waarbij de
moleculen met elkaar spontaan botsen. Het afgelegen pad van de moleculen is nooit hetzelfde.
Thermal motion = hierdoor zijn bindingsplaatsen nooit precies hetzelfde en zijn erg dynamisch.
Botsingen zijn dus willekeurig
Non-covalente binding = zwakke binding tussen ligand en molecuul dat zorgt voor de structuur van
het eiwit op het moment van binding. Bij verandering hiervan kan een eiwit anders vouwen.
Dynamisch evenwicht = waarbij de verhoudingen tussen liganden in gebonden en ongebonden
toestand stabiel blijft
Affiniteit = een maat voor de sterkte van de bindingen tussen twee moleculen waarbij er een hoge en
een lage affiniteit kan zijn.

 Gebaseerd op het evenwicht tussen binden en het loslaten (+aantal non-covalente
bindingen)
 Uit te drukken in;
- de verhouding van gebonden vs. ongebonden moleculen tijdens dynamisch evenwicht
- de verhouding van de totale tijd dat één molecuul gebonden vs. ongebonden is
 Afhankelijk van:
- het aantal moleculen
- de sterkte van de mogelijke dynamische intermoleculaire non-covalente interacties

Hoge affiniteit Lage affiniteit
Lange bindingstijd Korte bindingstijd
ligand bindt sterk aan de receptor, waardoor ze ligand bindt zwak aan receptor, waardoor het
niet snel loslaten snel los kan laten
Er zijn veel moleculen gebonden Er zijn weinig moleculen gebonden
Specificiteit = de mate in hoeverre één molecuul specifiek aan een ander molecuul bindt

 Hoe meer moleculen op 1 bepaald molecuul past, hoe minder specificiteit


3