Samenvatting Genregulatie

Samenvatting genregulatie

DNA structuur blz. 175-179

 Antiparallel = de polariteit van de ene streng is tegenovergesteld georiënteerd aan die van de
andere streng (3’ tegenover 5’).
 Chromatine = nucleair DNA + DNA bindende eiwitten (histonen en non-histon chromosomale
eiwitten).
 Nucleosoom = klein stuk DNA gewikkeld om histonen + linker DNA (= DNA tussen de
nucleosomen).
o Bestaat uit 8 histon eiwitten  histon octameer
 H2A (2x)
 H2B (2x)
 H3 (2x)
 H4 (2x)
o Tussen DNA en histonen zitten H-bruggen, hydrofobe interacties en zoutbruggen.
o Histonen zijn positief geladen.
o Histon H1 (linker histon): bindt aan DNA en histon core om DNA strakker rondom de
core op te vouwen.
 Epigenetische overving = chromatine structuur van moedercel wordt doorgegeven aan de
dochtercellen.
o Epigenetica = omkeerbare verandering die is aangebracht op DNA.
 Heterochromatine = zeer gecondenseerd DNA  geen transcriptie
o Vooral rond centromeer en telomeer
 Euchromatine = minder gecondenseerd DNA  transcriptie
 Barrier sequences = DNA sequenties die de grens tussen hetero- en euchromatine aangeven
en ze van elkaar scheiden.
o Houden verspreiding van chromatine verandering tegen.
 Position effect = heterochromatine conditie spreidt zich uit  silencing (inactivatie) van een
gen.
o Poisition effect variegation = silencing wordt overgedragen naar dochtercel.
 Aminozuren van histonen (incl. histon tail) kunnen reversibel gemodificeerd worden.
o Modificaties: acetylatie, methylatie, fosforylatie en ubiquitylatie.
o Acetylatie wordt aangebracht door histon acetyl transferasen (HATs) en verwijderd
door histon deacetylase complexen (HDACs).
o Transcriptiefactoren bepalen waar en wanneer de modificaties plaatsvinden.
 Histon code = histonsamenstelling, dus histon varianten en epigenetische modificaties van
nucleosomen.

, Reader-writer complex blz. 200-201

 Reader complex = groot scaffold eiwit met regulatoreiwitten, die specifieke histon
modificaties herkennen.
o Bindt aan modificaties en activeert gewenste processen, zoals transcriptie.
1. Histon-modifying enzyme (writer) modificeert één of meerder histonen.
o Wordt naar een specifieke plek op het chromosoom gestuurd door een
regulatoreiwit.
2. Reader eiwit bindt aan writer en herkent de modificatie.
3. Writer modificeert histonen in volgend nucleosoom.
4. Nieuw reader-writer complex bindt aan dit nucleosoom  herhaalt zicht.
5. Chromatine wordt gecondenseerd of minder gecondenseerd.



DNA replicatie blz. 239-256, 261-262

 DNA polymerase synthetiseert van 5’  3’.
 Proofreading:
o Het correcte nucleotide heeft een hogere affiniteit voor DNA polymerase, omdat het
energetisch het meest gunstig is  correcte nucleotide heeft grotere kans om
ingebouwd te worden.
o Exonucleolitisch proofreading:
 Na inbbouwen van verkeerd nucleotide
 Door proofreading exonuclease
o RNA polymerase heft geen proofreading.
 Fouten in RNA orden niet doorgegeven aan dochtercellen  heeft geen
lange termijn significantie.
o Strand-directed mismatch repair system = proofreading systeem dat replicatiefouten
verwijderd, die zijn gemist door het proofreading exonuclease.
 Replication origin (ORI) = plek waar DNA als eerst wordt geopend.
o Prokaryoten: 1 ORI
o Eukaryoten: meerdere ORI’s
 Na de replicatie zullen de nucleosomen herstellen  histonen worden teruggeplaatst door
histon chaperones.


Transcriptie blz. 301-315
 Consensus nucleotide sequence = meest voorkomende nucleotide op elke positie in de
sequentie.
 Coding strand = de streng van het DNA die dient als template voor mRNA.
 Promotor sequenties zijn asymmetrisch  RNA-polymerase kan slechts aan één richting van
het DNA binden.
 Prokaryoten
1. σ-factor bindt aan RNA polymerase.
2. RNA polymerase bindt door σ-factor aan de promotor (Pribnow box).
3. Elongatie
4. Terminatie: ρ-factor bindt aan RNA keten en zorgt dat het RNA van DNA template en
RNA polymerase dissocieert. Of hairpin wordt gevormd.