Samenvatting Moleculaire Epidemiologie, MolEpi (TLSC-MOLMIC5V-18_1_V)

Mol Epi samenvatting
Les 1
Moleculaire epidemiologie
- Onderscheid/verwantschap tussen stammen/isolaten van micro-organismen van
zelfde species
- Welke moleculaire markers geschikt

Moleculaire evolutie
- Genetische variatie
- Moleculaire klok
- Evolutietheorie
- Selectieduk
- Moleculaire fysologie

Classificatie
- Hiërarchisch classificatiesysteem
 Soort & geslacht
 Familie & orde
 Klasse; rijk
- Op basis onderlinge verwantschap
- Systematiek, taxonomie

Genetische variatie
- Vormt uitgangsmateriaal voor evolutie via natuurlijke selectie

Evolutietheorie
- Fundamentele biologische theorie, verklaart manier waarop huidige levensvormen
zijn ontstaan
- D.m.v. natuurlijke selectie
- Beter aangepast (fitter)  selectievoordeel

Natuurlijke selectie
- Mechanisme waarbij populaties aanpassen aan
nieuwe omstandigheden
- Mutatie in een soort
- Sommige mutaties sterven uit, sommige gaan door
- Ook bij bacteriën  antibiotica resistentie

Evolutie alleen op populatie

Meest aannemelijk is 1 mutatie

,Evolutiestambomen
- Fylogenetische stamboom
 Verloop evolutieproces in tijd
- Hiërarchische ladder
 Classificatie organismen

Endosymbiose theorie
- Verklaring ontstaan eukaryoten
- Endosymbionten zijn afstammelingen
van vrij levende kleine bacteriën

Moleculaire evolutie
- Onderzoeksgebieden
 Evolutie van macromoleculen
 Reconstructie geschiedenis van het
leven (genen & organismen)
- Pre-DNA tijdperk; fossielen, morfologie van bouwplan organismen
- Nieuwe genetische technieken  revolutionaire ontwikkeling

Moleculaire fylogenetica
- Genetisch onderzoek kan evolutionaire verwantschap soorten weergeven
- Reconstructie stambomen op basis verandering DNA
- Hebben soms ook voor herzieningen stambomen gezorgd (wijziging classificatie
mensen en mensenapen)

Hoeveelheid DNA of genen staat niet gelijk met de intelligentie van organisme

Evolutie patronen
- Evolutie binnen dierenrijk is vaker gevolg van mutaties dan van nieuwe genen
- Weinig soort-specifieke genen

Evolutie genoom
- Basis van evolutie (biodiversiteit) in genoom organismen
- Veranderingen in genoom door
 Mutaties, recombinatie, deletie  meest voorkomende
 Verwerven nieuwe genen door duplicatie
 Verwerven nieuwe genen van ander species
 Reorganisatie bestaande genen

Soorten mutaties
- Silent - geen invloed
- Missense - mutatie enkele nucleotide
- Nonsense - vervroegd stop codon
- Leesraam verschuiving - extra nuceotide
- Amplificatie - dubbele code aminozuur

, Uitwisselen genetisch martiaal
- Geslachtelijke voortplanting/verticale gen
overdracht
- Horizontale gen overdracht
 Tussen organismen die niet verwant zijn
 Kan genetische variatie sterk verhogen

Langst lopende experiment
- 30.000 generaties
- Parallelle evolutie;
 Fenotype; zelfde
 Genotype; expressie genen vergelijkbaar
- Milieu bepaald richting evolutie

Genetic drift
- Oude populatie wordt overgenomen door populatie met
nieuwe genen
- Antibiotica versnelt proces

Genotypering
- Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
- Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)
 Pulse Field Gel Electrophoresis (PFGE)
 Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
- Multiple-Locus Variable number tandem repeats Analysis
(MLVA)
- Multi-Locus Sequence Typing (MLST)
- Genoom analyse – sequencing
microarrays

Resultaten genotypering  stamboom

Moleculaire klok
- Vergelijking genetische verschillen vertelt hoelang geleden gemeenschappelijke
voorouder was