Parodontitis II
Hoorcollege introductie
Eerste levensvorm op aarde was anaerobe bacterie
alle andere vormen geëvolueerd in aanwezigheid van bacteriën
- Wij zijn ontstaan in symbiose met micro-organismen die voor ons bestonden
Microbioom= verzamelnaam van heel veel dingen tegelijk, microbiota en stoffen die deze dingen
kunnen uitscheiden
Dus: mirco-organismen met hun activiteit en habitat
Wat darm microbioom voor ons doet:
- Vertering van voedsel
- Maakt essentiële nutriënten
- Beschermt tegen pathogenen
- Traint ons immuun systeem
- Communicatie met het centrale zenuwstelsel
Wat is een gezonde orale microbioom
Normale micorbiota van de orale caviteit:
- Bacterien (eigenlijk bacterioom)
o 1000 soorten geïdentificeerd
o Duizenden voorspeld dat ze er zijn
- Schimmels (mycobioom)
o Meer dan 100 soorten gevonden in de speeksel van gezonde volwassenen
- Protozoa: hoe meer bacteriën hoe groter de kans dat je dit soort beestjes in de mond hebt
afhankelijk van waterbron
- Virussen
o Eukaryotische virussen infecteren onze eigen cellen
o Prokaryotische virussen(bacteriofagen) elke bacterie draagt virussen in zich
- Mycoplasma: kleiner dan bacteriën
- Zit tussen protozoa en bacteriën in: archaea
o Belangrijk bij het behouden van de groeicondities van anaerobe bacteriën en dus
gerelateerd aan parodontitis
o Niet pathogeen, maar bevorderen groei van pathogenen produceren methaan gas
en zijn dus geassocieerd met verschillende ziektes
o Zijn overal en evolutionair dichterbij eukaryoten dan bacteriën
o Meest voorkomende bij mens: methanobrevibacter smithii & M. oralis in tong en
pockets
Elke dag moet microbioom aanvallen doorstaan die we zelf veroorzaken
Wat voor voordelen geeft de microbiota van de mond aan de host
- Herkent een ‘vriend’ van een ‘vijand’, naar beneden reguleren van de pro ontsteking
responses en trainen van het immuunsysteem
o Als je speentje kookt is microbioom van het speentje heel anders dan van ouders die
heeft gelikt afname voor overgevoeligheid door het likken van het speentje
o Kolonisatie weerstand preventie van het toestaan van indringers micro-
organismen
,Doen dit door:
- Bevestigen aan receptoren, mucosa
- Competitie om nutriënten
- Voeren oorlog door stofjes te creëren die de groei van de indringers remmen
- Productie van antimicrobiële stofjes(hydrogen peroxide, bacteriocins. Etc.) en remmen dus
de m.o. die er niet horen
Verstoorde normale microbiota uitgroei van opportunistische pathogenen
als iemand antibiotica slikt gaat dit weg maar blijven er schimmels = zijn ongevoelig voor
antibiotica
- Kan leiden tot orale candida
o Behouden van een gezonde darmen en cardiovasculair systeem
stikstof-oxide: zorgt voor relaxatie van de cellen in kleine bloedvaatjes en worden wijder
waardoor de bloeddruk omlaag gaat
- Krijgen we door nitraat-rijke voeding te eten moet afgebroken worden
Van nitraat naar nitriet en dan naar stikstof-oxide
nitraat naar nitriet kunnen wij zelf niet, hebben mond bacteriën die hier enzymen voor
hebben(nitraatreductase)
Nitraat gaat door buik door darmen en wordt opgenomen in bloed en wordt dan weer terug
gebracht naar speekselklieren waar het geconcentreerder wordt en dan weer met speeksel in de
mond komt
minstens 3 dagen nitraat geven zorgt voor verlaagde bloeddruk
chloorhexidine dood of remt de activiteit van mondbacterien en kunnen ze nitraat niet afbreken
in nitriet
Vaak gebruik van mondspoelmiddel 49-55% hogere kans op het krijgen van pre-diabetes of
diabetes
Aanmaak stikstof-oxide is heel gunstig voor de maag, deze heeft namelijk dikke mucosalaag nodig om
maagzweren te voorkomen
hier zorgde stikstof-oxide voor (vooral nitriet)
Nitraatreductase genen plek:
- Beetje in achterste neusholte, feces en vagina
- Maar veel in wang, bij tanden en op tong
Normale orale microbiota:
- Is in balans met de host
- Als het er is, is het heel stabiel
- Leren ons immuunsysteem herkennen wat wel en niet bij ons hoort
- Voorkomt dat ongewenste microbiota hechten
,Hoorcollege microbiologie
Kweek:
Andere methode: checkerboard
rode driehoekje: die bacteriën komen vaak voor bij parodontitis
oranje driehoekje: mensen met gingivitis
andere kleur: vaker voorkomen bij gezonde mensen
DNA: DNA Checkerboard method
- Wat te doen: heel veel bacterien kweken en probes aanmaken
o Elke plaat moest een reincultuur zijn moet het dus kunnen isoleren om te kijken
of het een reincultuur is
- Verzamelen en extraheren van sample DNA: doe je door alles op te koken, cellen gaan kapot
o DNA dat wordt opgekookt: DNA is een dubbele helix en als wordt opgekookt dan
gaat het open en heb je 2 enkelstrengs
- We hebben 4 verschillende basen nucleotiden: A-T, C – G
o Hebt enkelstrng van elke sample en een enkelstreng van elke
probe en deze hybridiseer je en er ontstaat een checkerboard
o Is een wit membraan en hierin zitten kleine groefjes en hierin
repeteren we alle probes (alle 40 naast elkaar) en 40 samples in
de loodrechte groefjes
o Dit zetten we in 37 graden oventje en dit is precies de juiste
temperatuur dat DNA zich weer gaat hybridiseren(aan elkaar plakken) moeten in
de juiste volgorde elkaar vinden
o Als er in sample een bacterie zit waar we ook een probe van hebben dan verschijnt
er een zwart puntje en kunt dus de hybridisatie zien
o Conclusie: die bacterie zit in onze sample
- Hoe groter het puntje hoe meer van die soort in de sample zit
Rode complex: sterke associatie et parodontitis
Oranje complex: milde parodontitis
Voor en nadelen checkerboard methode
Voordelen:
- Zodra de probes zijn aangemaakt is het heel goedkoop
- Snel
- Gevoelig
- Eenvoudig uit te eggen wat je ziet
- Kunt het meten, semi-kwantatief
Nadelen:
- Eerste stap, kweken van de bacterie niet alles is kweekbaar
- Stukjes worden wel herkent in de sample maar niet helemaal identiek zijn = crossreactie
kunt dus sommige dr uithalen die met gezonde bacterien worden geassocieerd
- Vooraf moet een keuze gemaakt worden van 40 of 80 probes, het is geen open-ended
methode = dus targeted
Kweek
- Sample nemen naar lab brengen op kweekplaatje in juiste temperatuur tellen wat
er groeit op plaat en of je verschillende soorten ziet
Voordelen:
, - Goedkoop
- Makkelijk
- Testen of cellen die gaan groeien gevoelig zijn voor antibiotica
- Hoog gevoelig
- Kwantitatief, kunt ze tellen
Nadelen:
- Langzaam
- Verschillende typen van selectieve platen
- Meer dan 50% van orale bacteriën groeien niet op de sample omdat ze het mondmilieu
missen
- Moet ze ook allemaal uit het plaatje sorteren
3-500 soorten missen we omdat we ze niet kunnen kweken
Hoe kunnen we niet kweekbare bacteriën in beeld brengen
- Door bacteriële cel eigenschappen
Groene = DNA
Ribosomen zijn meest belangrijke organellen in een cel =
eiwitsynthese machine elk enzym om iets te doen in cel wordt
hierin gemaakt
- DNA codeert voor verschillende genen en genen coderen
voor allerlei functie
- Een van deze genen codeert voor ribosomen en daarom heet
dit het ribosoom RNA gen zorgt dat gen bestaat en goed
functioneert
- Ribosoom mag niet muteren want dan sterft de cel
- Ribosomale gen geeft ons inzicht in welke cel we voor
ons hebben
Hoe gen dr uit ziet in de cel:
- Alle bacteriën hebben het gen 16S
- Mensen en schimmels, eukaryoten hebben geen 16S
RNA gen, wij hebben 18S
ziet ergens 16S dan weet je dus dat het een bacterie is
De omgelijnde stukken zijn bij elke bacterie net iets anders
andere deel is geconserveerd en zorgt dat de cel ribosomen
kan aanmaken
Ribosomale RNA gen kun je gebruiken als een barcode om de bacterie te herkennen omdat de
nucleotides net een beetje afwijken in 16S
Van de genetische code tot de naam van de bacterie komen:
- Stukjes die bij alle bacteriën hetzelfde zijn (constant)
- Stukjes die soort afhankelijk zijn (variabel) zijn in alle bacteriële cellen 9
gebruiken deze verschillen om ze te onderscheiden
primer bij PCR moet hechten aan iets wat alle cellen hebben, dus een constante en daarna blauwe
aflezen en dan weet je welke soort voor je ligt
In de database kun je de nucleotiden volgorde koppelen aan een naam
- Hoeft dus niet te kweken maar kan het checken in de database
Hoorcollege introductie
Eerste levensvorm op aarde was anaerobe bacterie
alle andere vormen geëvolueerd in aanwezigheid van bacteriën
- Wij zijn ontstaan in symbiose met micro-organismen die voor ons bestonden
Microbioom= verzamelnaam van heel veel dingen tegelijk, microbiota en stoffen die deze dingen
kunnen uitscheiden
Dus: mirco-organismen met hun activiteit en habitat
Wat darm microbioom voor ons doet:
- Vertering van voedsel
- Maakt essentiële nutriënten
- Beschermt tegen pathogenen
- Traint ons immuun systeem
- Communicatie met het centrale zenuwstelsel
Wat is een gezonde orale microbioom
Normale micorbiota van de orale caviteit:
- Bacterien (eigenlijk bacterioom)
o 1000 soorten geïdentificeerd
o Duizenden voorspeld dat ze er zijn
- Schimmels (mycobioom)
o Meer dan 100 soorten gevonden in de speeksel van gezonde volwassenen
- Protozoa: hoe meer bacteriën hoe groter de kans dat je dit soort beestjes in de mond hebt
afhankelijk van waterbron
- Virussen
o Eukaryotische virussen infecteren onze eigen cellen
o Prokaryotische virussen(bacteriofagen) elke bacterie draagt virussen in zich
- Mycoplasma: kleiner dan bacteriën
- Zit tussen protozoa en bacteriën in: archaea
o Belangrijk bij het behouden van de groeicondities van anaerobe bacteriën en dus
gerelateerd aan parodontitis
o Niet pathogeen, maar bevorderen groei van pathogenen produceren methaan gas
en zijn dus geassocieerd met verschillende ziektes
o Zijn overal en evolutionair dichterbij eukaryoten dan bacteriën
o Meest voorkomende bij mens: methanobrevibacter smithii & M. oralis in tong en
pockets
Elke dag moet microbioom aanvallen doorstaan die we zelf veroorzaken
Wat voor voordelen geeft de microbiota van de mond aan de host
- Herkent een ‘vriend’ van een ‘vijand’, naar beneden reguleren van de pro ontsteking
responses en trainen van het immuunsysteem
o Als je speentje kookt is microbioom van het speentje heel anders dan van ouders die
heeft gelikt afname voor overgevoeligheid door het likken van het speentje
o Kolonisatie weerstand preventie van het toestaan van indringers micro-
organismen
,Doen dit door:
- Bevestigen aan receptoren, mucosa
- Competitie om nutriënten
- Voeren oorlog door stofjes te creëren die de groei van de indringers remmen
- Productie van antimicrobiële stofjes(hydrogen peroxide, bacteriocins. Etc.) en remmen dus
de m.o. die er niet horen
Verstoorde normale microbiota uitgroei van opportunistische pathogenen
als iemand antibiotica slikt gaat dit weg maar blijven er schimmels = zijn ongevoelig voor
antibiotica
- Kan leiden tot orale candida
o Behouden van een gezonde darmen en cardiovasculair systeem
stikstof-oxide: zorgt voor relaxatie van de cellen in kleine bloedvaatjes en worden wijder
waardoor de bloeddruk omlaag gaat
- Krijgen we door nitraat-rijke voeding te eten moet afgebroken worden
Van nitraat naar nitriet en dan naar stikstof-oxide
nitraat naar nitriet kunnen wij zelf niet, hebben mond bacteriën die hier enzymen voor
hebben(nitraatreductase)
Nitraat gaat door buik door darmen en wordt opgenomen in bloed en wordt dan weer terug
gebracht naar speekselklieren waar het geconcentreerder wordt en dan weer met speeksel in de
mond komt
minstens 3 dagen nitraat geven zorgt voor verlaagde bloeddruk
chloorhexidine dood of remt de activiteit van mondbacterien en kunnen ze nitraat niet afbreken
in nitriet
Vaak gebruik van mondspoelmiddel 49-55% hogere kans op het krijgen van pre-diabetes of
diabetes
Aanmaak stikstof-oxide is heel gunstig voor de maag, deze heeft namelijk dikke mucosalaag nodig om
maagzweren te voorkomen
hier zorgde stikstof-oxide voor (vooral nitriet)
Nitraatreductase genen plek:
- Beetje in achterste neusholte, feces en vagina
- Maar veel in wang, bij tanden en op tong
Normale orale microbiota:
- Is in balans met de host
- Als het er is, is het heel stabiel
- Leren ons immuunsysteem herkennen wat wel en niet bij ons hoort
- Voorkomt dat ongewenste microbiota hechten
,Hoorcollege microbiologie
Kweek:
Andere methode: checkerboard
rode driehoekje: die bacteriën komen vaak voor bij parodontitis
oranje driehoekje: mensen met gingivitis
andere kleur: vaker voorkomen bij gezonde mensen
DNA: DNA Checkerboard method
- Wat te doen: heel veel bacterien kweken en probes aanmaken
o Elke plaat moest een reincultuur zijn moet het dus kunnen isoleren om te kijken
of het een reincultuur is
- Verzamelen en extraheren van sample DNA: doe je door alles op te koken, cellen gaan kapot
o DNA dat wordt opgekookt: DNA is een dubbele helix en als wordt opgekookt dan
gaat het open en heb je 2 enkelstrengs
- We hebben 4 verschillende basen nucleotiden: A-T, C – G
o Hebt enkelstrng van elke sample en een enkelstreng van elke
probe en deze hybridiseer je en er ontstaat een checkerboard
o Is een wit membraan en hierin zitten kleine groefjes en hierin
repeteren we alle probes (alle 40 naast elkaar) en 40 samples in
de loodrechte groefjes
o Dit zetten we in 37 graden oventje en dit is precies de juiste
temperatuur dat DNA zich weer gaat hybridiseren(aan elkaar plakken) moeten in
de juiste volgorde elkaar vinden
o Als er in sample een bacterie zit waar we ook een probe van hebben dan verschijnt
er een zwart puntje en kunt dus de hybridisatie zien
o Conclusie: die bacterie zit in onze sample
- Hoe groter het puntje hoe meer van die soort in de sample zit
Rode complex: sterke associatie et parodontitis
Oranje complex: milde parodontitis
Voor en nadelen checkerboard methode
Voordelen:
- Zodra de probes zijn aangemaakt is het heel goedkoop
- Snel
- Gevoelig
- Eenvoudig uit te eggen wat je ziet
- Kunt het meten, semi-kwantatief
Nadelen:
- Eerste stap, kweken van de bacterie niet alles is kweekbaar
- Stukjes worden wel herkent in de sample maar niet helemaal identiek zijn = crossreactie
kunt dus sommige dr uithalen die met gezonde bacterien worden geassocieerd
- Vooraf moet een keuze gemaakt worden van 40 of 80 probes, het is geen open-ended
methode = dus targeted
Kweek
- Sample nemen naar lab brengen op kweekplaatje in juiste temperatuur tellen wat
er groeit op plaat en of je verschillende soorten ziet
Voordelen:
, - Goedkoop
- Makkelijk
- Testen of cellen die gaan groeien gevoelig zijn voor antibiotica
- Hoog gevoelig
- Kwantitatief, kunt ze tellen
Nadelen:
- Langzaam
- Verschillende typen van selectieve platen
- Meer dan 50% van orale bacteriën groeien niet op de sample omdat ze het mondmilieu
missen
- Moet ze ook allemaal uit het plaatje sorteren
3-500 soorten missen we omdat we ze niet kunnen kweken
Hoe kunnen we niet kweekbare bacteriën in beeld brengen
- Door bacteriële cel eigenschappen
Groene = DNA
Ribosomen zijn meest belangrijke organellen in een cel =
eiwitsynthese machine elk enzym om iets te doen in cel wordt
hierin gemaakt
- DNA codeert voor verschillende genen en genen coderen
voor allerlei functie
- Een van deze genen codeert voor ribosomen en daarom heet
dit het ribosoom RNA gen zorgt dat gen bestaat en goed
functioneert
- Ribosoom mag niet muteren want dan sterft de cel
- Ribosomale gen geeft ons inzicht in welke cel we voor
ons hebben
Hoe gen dr uit ziet in de cel:
- Alle bacteriën hebben het gen 16S
- Mensen en schimmels, eukaryoten hebben geen 16S
RNA gen, wij hebben 18S
ziet ergens 16S dan weet je dus dat het een bacterie is
De omgelijnde stukken zijn bij elke bacterie net iets anders
andere deel is geconserveerd en zorgt dat de cel ribosomen
kan aanmaken
Ribosomale RNA gen kun je gebruiken als een barcode om de bacterie te herkennen omdat de
nucleotides net een beetje afwijken in 16S
Van de genetische code tot de naam van de bacterie komen:
- Stukjes die bij alle bacteriën hetzelfde zijn (constant)
- Stukjes die soort afhankelijk zijn (variabel) zijn in alle bacteriële cellen 9
gebruiken deze verschillen om ze te onderscheiden
primer bij PCR moet hechten aan iets wat alle cellen hebben, dus een constante en daarna blauwe
aflezen en dan weet je welke soort voor je ligt
In de database kun je de nucleotiden volgorde koppelen aan een naam
- Hoeft dus niet te kweken maar kan het checken in de database
