Moleculaire Biologie
Inleidend hoorcollege 2
Aantekeningen kennisclips les 1 3
Concept 2.1 & 2.2 3
Concept 2.3 & 2.4 4
Concept 3.1 & 3.2 5
Concept 3.3 7
Concept 4.1 & 4.2 & 4.3 7
Aantekeningen kennisclips les 2 9
Concept 5.1 9
Concept 5.2 9
Concept 5.3 11
Concept 5.4 13
Concept 5.5 & 5.6 14
Concept 6.1 16
Concept 6.2 18
Concept 6.3 19
Concept 6.4 20
Concept 6.5 21
Aantekeningen kennisclips les 3 22
Concept 7.1 22
Concept 7.2 23
Concept 7.3 24
Concept 7.4 25
Concept 7.5 27
Concept 7.6 28
Concept 7.7 & 7.8 30
Concept 8.1 31
Concept 8.2 & 8.3 33
Concept 8.4 35
Concept 8.5 36
Meet the professor college 37
Aantekeningen kennisclips les 4 41
Hoofdstuk 10-1 41
Hoofdstuk 10-2 42
Hoofdstuk 10-3 45
Hoofdstuk 10-4 45
Aantekeningen kennisclips les 5 51
Concept 9.1 51
Concept 9.2 52
Concept 9.3 55
, Concept 9.4 56
Concept 9.5 57
Concept 12.1 57
Concept 12.2 58
Concept 12.3 60
Inleidend hoorcollege
Cellen
Universele thema van het leven, alle organismen op aarde bestaan uit cellen.
Kenmerken van levende cellen:
- voortplanting/reproductie/ groei/delen
- stofwisseling/metabolisme, complexe chemische reacties
- Leven reageert op de omgeving
*een virus kan zichzelf niet reproduceren dus zou volgens deze punten niet leven.
In ieder organisme coderen dezelfde ‘letters’ voor hetzelfde aminozuur, dit toont aan dat er
een gemeenschappelijk voorouder moet zijn.
Grondleggers van de celbiologie:
- Robert Hooke, hij introduceerde de term ‘cel’.
- Antoni van Leeuwenhoek was een tweede belangrijk grondlegger van de celbiologie,
hij maakte kleine microscoopjes. Hij nam ook als een van de eerste rode bloedcellen
waar, dit werd al eerder beschreven maar het was nog onduidelijk wat het was. Hij
dag dat het levenloze deeltjes/ nutriënten waren waar het lichaam mee gevoed
wordt. Hij dacht dat deze waren opgebouwd uit deeltjes die in de darmen worden
opgenomen. Verder observeerde hij een bloedsomloop in verschillende organismen.
Ontdekking van de zaaddierkens door van Leeuwenhoek
Men wist niet hoe voortplanting werkte. Van leeuwenhoek had een student wat preparaten
laten zien. Hij zag in het zaad van een man met een geslachtsziekte allemaal kleine diertjes.
Na het laten drinken van terpetine door patiënt gingen de diertjes dood. De conclusie van de
student was dus dat de diertjes de geslachtsziekte veroorzaakten. Van leeuwenhoek ging
toen zelf op onderzoek uit en kwam erachter dat ook gezond sperma de zaaddiertjes bevat
en ook bij honden etc. Hij stuurt dan snel een brief naar de Royal society.
Beperkingen lichtmicroscopie
- Resolutie, sommige onderdelen van de cel zijn kleiner dan de golflengte van licht
- Contrast, cel is een zakje water in water. Je kan water niet waarnemen. Contrast kun
je verhogen door cellen te kleuren (kan alleen bij dode weefsels), of bijvoorbeeld
fluorescentie (belichten met 1 kleur leidt tot andere kleur licht). Bepaalde eiwitten zijn
van zichzelf fluorescerend. Bijvoorbeeld Green Fluorescent Protein (GFP), wordt
geïsoleerd uit een kwal. Dit DNA kan worden ingebouwd in andere cellen of
organismen. Tegenwoordig zijn er allerlei kleuren fluorescerende eiwitten. Golflengte
van licht kan dus te groot zijn voor losse fluorescente moleculen te onderscheiden.
Dit kan worden voorkomen met bijvoorbeeld Super resolutie microscopie. Laatste
ontwikkeling hierop is Light lattice sheet microscopy.
,*Teveel licht kan ervoor zorgen dat de cel op het preparaat beschadigt.
Hoe neem je een eiwit waar
Tot voor kort alleen via X-ray kristallografie, tegenwoordig kan het ook met een microscoop.
Dit gebeurt met een elektronenmicroscoop, de elektronen hebben namelijk een veel kleinere
golflengte dan licht, hierdoor kun je een betere resolutie krijgen.
Aantekeningen kennisclips les 1
Concept 2.1 & 2.2
Concept 1 = Materie bestaat uit chemische elementen
Concept 2= Eigenschappen van een element liggen vast in de structuur van de atomen
Bouwstenen van het leven: materie -> elementen.
Chemische verbinding = 2 of meer elementen in een vaste verhouding, deze hebben andere
eigenschappen dan losse elementen.
96% van een organisme bestaat uit:
- O, zuurstof
- C, koolstof
- H, waterstof
- N, stikstof
-> De overige 4% zijn zogenaamde trace elements,
hiervan heb je er maar weinig nodig
Atomen bestaan uit 3 verschillende bestanddelen:
- Protonen, deze hebben een een lading van +1 u
- Neutronen, deze zijn neutraal en hebben dus een
lading van 0 u
- Elektronen, deze hebben een lading van -1 u
Elektronen zitten als een soort wolk om de atoomkern
heen.
Het massagetal van een atoom staat voor het
aantal protonen + het aantal neutronen.
Het atoomnummer van een atooms staat voor het
aantal protonen in de kern.
Als een stof hetzelfde aantal protonen in de kern
heeft is het hetzelfde element.
, Isotopen zijn moleculen met hetzelfde aantal protonen maar een verschillend aantal
neutronen en dus een ander massagetal.
Sommige isotopen zijn instabiel, dit noemen we radioactieve isotopen. Als een atoom te veel
neutronen in de kern heeft is de kans groter dat hierbij radioactief verval zal optreden.
De snelheid van het verval van een stof noem je de halfwaardetijd, deze halfwaardetijd kan
op verschillende manieren worden toegepast, bijvoorbeeld
bij:
- Radioactieve tracers
- Radiometrische datering
De chemische eigenschappen van een stof worden
bepaald door de verdeling van elektronen in de schillen.
De elektronen in de buitenste schil (valentieschil) van een
atoom noem je de valentie elektronen. Als stoffen hetzelfde
aantal valentie elektronen hebben zorgt dit vaak voor vergelijkbare eigenschappen.
Als een stof een volle valentieschil heeft noemen we deze inert, dit houdt in dat de stof niet
of nauwelijks zal reageren.
Om te voorspellen waar een elektron zich het grootste gedeelte van de tijd bevindt spreken
we van orbitalen, een orbitaal is dus de ruimte waar een elektron zich 90% van de tijd zal
bevinden. Elke schil heeft een aantal orbitalen, per orbitaal zitten er 2 elektronen.
Schil 1 = 1s orbitaal, hier passen 2 elektronen in
2s heeft ook twee elektronen.
Schil 2 = 2x, 2px, 2py, 2pz orbitalen (2 elektronen per
orbitaal) per P orbitaal wordt er eerst 1 elektron in de
orbitaal gebracht. Dus bijvoorbeeld, eerst 1 elektron in de px
dan 1 in de py, dan 1 in de pz. Dan een tweede in de px etc.
Promotie = aangeslagen toestand, door energie er aan toe
te voegen.
De elektronen op de valentie schil hebben meer energie.
Concept 2.3 & 2.4
2.3 = Binding van moleculen
2.4 = Chemische reacties
Atomen met een incomplete valentieschil willen er toch 8
dus gaan elektronen delen, dit noemen we een covalente
binding.
Bij een covalente binding tel je de elektronen ‘dubbel’ voor beide atomen.
Dubbele covalente binding = 2 elektronenparen gedeeld
Inleidend hoorcollege 2
Aantekeningen kennisclips les 1 3
Concept 2.1 & 2.2 3
Concept 2.3 & 2.4 4
Concept 3.1 & 3.2 5
Concept 3.3 7
Concept 4.1 & 4.2 & 4.3 7
Aantekeningen kennisclips les 2 9
Concept 5.1 9
Concept 5.2 9
Concept 5.3 11
Concept 5.4 13
Concept 5.5 & 5.6 14
Concept 6.1 16
Concept 6.2 18
Concept 6.3 19
Concept 6.4 20
Concept 6.5 21
Aantekeningen kennisclips les 3 22
Concept 7.1 22
Concept 7.2 23
Concept 7.3 24
Concept 7.4 25
Concept 7.5 27
Concept 7.6 28
Concept 7.7 & 7.8 30
Concept 8.1 31
Concept 8.2 & 8.3 33
Concept 8.4 35
Concept 8.5 36
Meet the professor college 37
Aantekeningen kennisclips les 4 41
Hoofdstuk 10-1 41
Hoofdstuk 10-2 42
Hoofdstuk 10-3 45
Hoofdstuk 10-4 45
Aantekeningen kennisclips les 5 51
Concept 9.1 51
Concept 9.2 52
Concept 9.3 55
, Concept 9.4 56
Concept 9.5 57
Concept 12.1 57
Concept 12.2 58
Concept 12.3 60
Inleidend hoorcollege
Cellen
Universele thema van het leven, alle organismen op aarde bestaan uit cellen.
Kenmerken van levende cellen:
- voortplanting/reproductie/ groei/delen
- stofwisseling/metabolisme, complexe chemische reacties
- Leven reageert op de omgeving
*een virus kan zichzelf niet reproduceren dus zou volgens deze punten niet leven.
In ieder organisme coderen dezelfde ‘letters’ voor hetzelfde aminozuur, dit toont aan dat er
een gemeenschappelijk voorouder moet zijn.
Grondleggers van de celbiologie:
- Robert Hooke, hij introduceerde de term ‘cel’.
- Antoni van Leeuwenhoek was een tweede belangrijk grondlegger van de celbiologie,
hij maakte kleine microscoopjes. Hij nam ook als een van de eerste rode bloedcellen
waar, dit werd al eerder beschreven maar het was nog onduidelijk wat het was. Hij
dag dat het levenloze deeltjes/ nutriënten waren waar het lichaam mee gevoed
wordt. Hij dacht dat deze waren opgebouwd uit deeltjes die in de darmen worden
opgenomen. Verder observeerde hij een bloedsomloop in verschillende organismen.
Ontdekking van de zaaddierkens door van Leeuwenhoek
Men wist niet hoe voortplanting werkte. Van leeuwenhoek had een student wat preparaten
laten zien. Hij zag in het zaad van een man met een geslachtsziekte allemaal kleine diertjes.
Na het laten drinken van terpetine door patiënt gingen de diertjes dood. De conclusie van de
student was dus dat de diertjes de geslachtsziekte veroorzaakten. Van leeuwenhoek ging
toen zelf op onderzoek uit en kwam erachter dat ook gezond sperma de zaaddiertjes bevat
en ook bij honden etc. Hij stuurt dan snel een brief naar de Royal society.
Beperkingen lichtmicroscopie
- Resolutie, sommige onderdelen van de cel zijn kleiner dan de golflengte van licht
- Contrast, cel is een zakje water in water. Je kan water niet waarnemen. Contrast kun
je verhogen door cellen te kleuren (kan alleen bij dode weefsels), of bijvoorbeeld
fluorescentie (belichten met 1 kleur leidt tot andere kleur licht). Bepaalde eiwitten zijn
van zichzelf fluorescerend. Bijvoorbeeld Green Fluorescent Protein (GFP), wordt
geïsoleerd uit een kwal. Dit DNA kan worden ingebouwd in andere cellen of
organismen. Tegenwoordig zijn er allerlei kleuren fluorescerende eiwitten. Golflengte
van licht kan dus te groot zijn voor losse fluorescente moleculen te onderscheiden.
Dit kan worden voorkomen met bijvoorbeeld Super resolutie microscopie. Laatste
ontwikkeling hierop is Light lattice sheet microscopy.
,*Teveel licht kan ervoor zorgen dat de cel op het preparaat beschadigt.
Hoe neem je een eiwit waar
Tot voor kort alleen via X-ray kristallografie, tegenwoordig kan het ook met een microscoop.
Dit gebeurt met een elektronenmicroscoop, de elektronen hebben namelijk een veel kleinere
golflengte dan licht, hierdoor kun je een betere resolutie krijgen.
Aantekeningen kennisclips les 1
Concept 2.1 & 2.2
Concept 1 = Materie bestaat uit chemische elementen
Concept 2= Eigenschappen van een element liggen vast in de structuur van de atomen
Bouwstenen van het leven: materie -> elementen.
Chemische verbinding = 2 of meer elementen in een vaste verhouding, deze hebben andere
eigenschappen dan losse elementen.
96% van een organisme bestaat uit:
- O, zuurstof
- C, koolstof
- H, waterstof
- N, stikstof
-> De overige 4% zijn zogenaamde trace elements,
hiervan heb je er maar weinig nodig
Atomen bestaan uit 3 verschillende bestanddelen:
- Protonen, deze hebben een een lading van +1 u
- Neutronen, deze zijn neutraal en hebben dus een
lading van 0 u
- Elektronen, deze hebben een lading van -1 u
Elektronen zitten als een soort wolk om de atoomkern
heen.
Het massagetal van een atoom staat voor het
aantal protonen + het aantal neutronen.
Het atoomnummer van een atooms staat voor het
aantal protonen in de kern.
Als een stof hetzelfde aantal protonen in de kern
heeft is het hetzelfde element.
, Isotopen zijn moleculen met hetzelfde aantal protonen maar een verschillend aantal
neutronen en dus een ander massagetal.
Sommige isotopen zijn instabiel, dit noemen we radioactieve isotopen. Als een atoom te veel
neutronen in de kern heeft is de kans groter dat hierbij radioactief verval zal optreden.
De snelheid van het verval van een stof noem je de halfwaardetijd, deze halfwaardetijd kan
op verschillende manieren worden toegepast, bijvoorbeeld
bij:
- Radioactieve tracers
- Radiometrische datering
De chemische eigenschappen van een stof worden
bepaald door de verdeling van elektronen in de schillen.
De elektronen in de buitenste schil (valentieschil) van een
atoom noem je de valentie elektronen. Als stoffen hetzelfde
aantal valentie elektronen hebben zorgt dit vaak voor vergelijkbare eigenschappen.
Als een stof een volle valentieschil heeft noemen we deze inert, dit houdt in dat de stof niet
of nauwelijks zal reageren.
Om te voorspellen waar een elektron zich het grootste gedeelte van de tijd bevindt spreken
we van orbitalen, een orbitaal is dus de ruimte waar een elektron zich 90% van de tijd zal
bevinden. Elke schil heeft een aantal orbitalen, per orbitaal zitten er 2 elektronen.
Schil 1 = 1s orbitaal, hier passen 2 elektronen in
2s heeft ook twee elektronen.
Schil 2 = 2x, 2px, 2py, 2pz orbitalen (2 elektronen per
orbitaal) per P orbitaal wordt er eerst 1 elektron in de
orbitaal gebracht. Dus bijvoorbeeld, eerst 1 elektron in de px
dan 1 in de py, dan 1 in de pz. Dan een tweede in de px etc.
Promotie = aangeslagen toestand, door energie er aan toe
te voegen.
De elektronen op de valentie schil hebben meer energie.
Concept 2.3 & 2.4
2.3 = Binding van moleculen
2.4 = Chemische reacties
Atomen met een incomplete valentieschil willen er toch 8
dus gaan elektronen delen, dit noemen we een covalente
binding.
Bij een covalente binding tel je de elektronen ‘dubbel’ voor beide atomen.
Dubbele covalente binding = 2 elektronenparen gedeeld
