College 2 06/12/2016 Rots
Genexpressie controle
Het genoom is overal gelijk (behalve in B-lymfocyten en kiembaan)
Alle –omics zijn wel verschillend, afhankelijk van celtype en omstandigheid
De DNA sequentie is gelijk in iedere cel, er zijn wel verschillende genexpressieprofielen. Deze zijn
mitotisch stabiel en worden onthouden tijdens de celdeling. Alle genetische informatie blijft dus
behouden in elke cel. Tijdens de ontwikkeling verandert de genexpressie om tot de verschillende
celtypen te komen, DNA volgorde blijft behouden. Genexpressiepatronen zijn reversibel.
Epigenetica is random in cellen.
iPS cellen
- Induced pluripotent stem cells geen DNA volgorde aanpassing, maar reprogrammeren.
- Voordelen tov gentherapie geen genetisch materiaal in ontvanger genoom om toch
blijvende therapeutische effecten te bereiken.
- De epigenetische laag wordt veranderd, als die goed is, blijft het zo doorgegeven worden.
- Yamanaka factoren (4) reprogrammeren zonder kern-transplantatie.
Genexpressieprofielen
Verschillende celtypen hebben verschillende genexpressieprofielen
- Algemene eiwitten komen in veel celtypen tot expressie (actine)
- Alle celtypen hebben standaard delingsmechanisme, etc.
- 1/3 van de genen is celtype specifiek
- Sommige eiwitten komen slechts in één celtype tot expressie Hb in RBC
- Transcriptomics kan celtype bepalen expressie van ‘alle’ genen RNA-sequencing
alignen met DNA
Proteomics
Studie van alle eiwitten op een bepaald moment in een bepaald celtype
Massaspectometrie wordt tegenwoordig vaak toegepast.
Genexpressie regulatie staat onder sterke controle
Toegankelijkheid van DNA voor transcriptie-regulatoren
Transcriptiefactoren binden slechter aan nucleosomaal DNA dan aan kaal DNA
- DNA sequentie niet beschikbaar (tegen histoncore aan)
- Benodigde conformatieverandering van DNA geremd als TF bindt, moet DNA een
conformatieverandering ondergaan, maar dat lukt niet goed door het klosje.
Genexpressie controle
Het genoom is overal gelijk (behalve in B-lymfocyten en kiembaan)
Alle –omics zijn wel verschillend, afhankelijk van celtype en omstandigheid
De DNA sequentie is gelijk in iedere cel, er zijn wel verschillende genexpressieprofielen. Deze zijn
mitotisch stabiel en worden onthouden tijdens de celdeling. Alle genetische informatie blijft dus
behouden in elke cel. Tijdens de ontwikkeling verandert de genexpressie om tot de verschillende
celtypen te komen, DNA volgorde blijft behouden. Genexpressiepatronen zijn reversibel.
Epigenetica is random in cellen.
iPS cellen
- Induced pluripotent stem cells geen DNA volgorde aanpassing, maar reprogrammeren.
- Voordelen tov gentherapie geen genetisch materiaal in ontvanger genoom om toch
blijvende therapeutische effecten te bereiken.
- De epigenetische laag wordt veranderd, als die goed is, blijft het zo doorgegeven worden.
- Yamanaka factoren (4) reprogrammeren zonder kern-transplantatie.
Genexpressieprofielen
Verschillende celtypen hebben verschillende genexpressieprofielen
- Algemene eiwitten komen in veel celtypen tot expressie (actine)
- Alle celtypen hebben standaard delingsmechanisme, etc.
- 1/3 van de genen is celtype specifiek
- Sommige eiwitten komen slechts in één celtype tot expressie Hb in RBC
- Transcriptomics kan celtype bepalen expressie van ‘alle’ genen RNA-sequencing
alignen met DNA
Proteomics
Studie van alle eiwitten op een bepaald moment in een bepaald celtype
Massaspectometrie wordt tegenwoordig vaak toegepast.
Genexpressie regulatie staat onder sterke controle
Toegankelijkheid van DNA voor transcriptie-regulatoren
Transcriptiefactoren binden slechter aan nucleosomaal DNA dan aan kaal DNA
- DNA sequentie niet beschikbaar (tegen histoncore aan)
- Benodigde conformatieverandering van DNA geremd als TF bindt, moet DNA een
conformatieverandering ondergaan, maar dat lukt niet goed door het klosje.
