Theorie voor de praktijk/expert course 10.2
Aantekeningen les week 1
Introductie. Van enkele BLM cellen, naar Multi-cellulaire organismen. We gaan kijken naar
proliferatie signalen; signalen die de cellen vertellen dat ze het delen moeten herhalen. Hoe
kunnen ze dit doen voor onbepaalde tijd? Je moet de pathways begrijpen die de proliferatie
controleren. Je moet de link zien van een gezond fenotype, naar een tumor fenotype.
Het werk is actief, Alison Woollards lab is geïnteresseerd in de balans tussen proliferatie en
differentiatie voor normale cel ontwikkeling. Het lab vestoord deze balans in de wormen.
Als de transcriptie factor UNC-62 wordt verwijderd bij de worm, dan leidt dit tot tumor
achtige verschijningen van de stamcellen. Drie experimenten die je onderzoeksvraag gaan
beantwoorden tijdens de praktijk. De eerste is immunofluorescentie, om te kijken of ze
enkele of meerdere nuclei hebben. De tweede is om de kijken of UNC-62 aanwezig is. De
derde is dat we 5 genen eruit gaan halen (knocking down).
De wormen leven voor 21 dagen en door bepaalde ontwikkeling-levensfases. Volwassen
wormen zijn 1110 micrometer (ongeveer 1 mm lang). De worden zijn self-fertilizing
hermaphrodites, dit betekent dat ze mannelijk en vrouwelijke onderdelen bevatten. Er zijn
twee kiemlijnarmen en aan het einde van de armen zijn er de stamcellen niches die de
eicellen produceren; de eieren. Ze worden bevrucht door het sperma, dit vormt het embryo.
Het embryo gaat naar de eerste fase van ontwikkeling in de moeder, de standaard
asymmetrische deling vindt plaats. Ze gaan door de standaard fases en ze eindigen in de
pretzel fase (3-fold). De worm beweegt in het ei, de schil van het ei is hard. De worm zal eruit
komen in een L1 stage van het dier; hij bevat dan 995 cellen. Als er voedsel is dan gaat de
worm door naar de L4 stages. Het aantal cellen blijft gelijk, de cellen worden alleen wel
groter. L4 is de laatste stage (teenage); dit is de enige die nauwkeurig kan worden
geïdentificeerd, in tegenstelling tot een volwassen worm. Deze worm is volledig volgroeit;
alles is ontwikkeld, het enige is dat hij nog geen eieren heeft geproduceerd. Deze status
moet je kunnen herkennen/onderscheiden.
, De volwassen worm die is vol van de eieren; elke worm legt 250 genetisch identieke eieren.
De worm embryo heeft een soort schil om zich heen. De cel (moeder) is fertilized (bevrucht)
door de vader; hieruit komt het embryo voort. Hierna vindt de eerste asymmetrischer deling
plaats. Vervolgens gaat de cirkel door gedurende de ontwikkeling. Dit gebeurt in alles (vis,
fruit, mensen), precies hetzelfde gebeurt. In de wormen kan je de cellen in elk stadium
opsporen. Dit kan je alleen doen als je het exacte proces van de wormen weet (dus C.
Elegans is het enige organisme waar de cellen kunnen worden getraceerd). De wormen
komen uit het ei door de schil weg te eten (ze maken poriën in de schil). Een volwassen
worm ziet er als volgt uit.
Het hoofd is een beetje wit en de staart is puntig. Het hoofd heeft een pharynx, twee
bobbelstructuren. De wormen eten constant de bacteriën, deze gaan door het intestine en
komen er bij het rectum uit. C. Elegans poept iedere 20 seconde en heeft twee
geslachtsklieren. De vulvia is de opening naar de buitenwereld en hierdoor legt de worm zijn
eieren. De spermatheca is de plek waar de eieren worden bevrucht. Het proces van de worm
is eigenlijk eten, poepen en reproduceren.
In C. Elegans kan je de eerste tot de laatste celdeling zien. Onder de microscoop zie je
een klep tussen de twee pharynx structuren als de worm eet. Als je op het lab aan het werk
bent dan werk je met de microscoop, de wormen bevinden zich in een kleine lunch box, je
hebt verschillende platen, een gasbrander (je moet altijd steriel werken), en je gebruikt een
scalpel. Drie tot vier wormstammen worden per groep gegeven. Je moet rubberen banden
gebruiken om de stammen te scheiden, stammen mogen niet gemixd worden!
Research question. Professor Woollard has identified several highly interesting genes that
affect the decision between cell proliferation and differentiation.The choice of the cell; do I
divide or differentiate especially important in the stem cells. Working with the stem cell-like
seam cells in the model organism Caenorhabditis elegans, you will investigate these genes.
Worms do not have true stem cells, they have stem cell-like cells in the seam (and germ but
we look at seam). The transcription factor, UNC-62, when removed from the worm results in
a tumour-like appearance of the seam cells they proliferate too much. You will
characterise this hyperplasia phenotype (this cancer!). Identify genes that are regulated by
UNC-62 to suppress the hyperplasia; i.e. cure cancer!! You will go from a lot of cells to less
cells.
1. The strain AW673 has a tumour-like phenotype, where more seam cell nuclei are
observed. Using immunofluorescence to analyse these additional cells to observe if they are
single or multiple nucleate. Compare the wild type and mutant strain.
AW673 = the strain with the hyperplasia, the worm with cancer. Contain multiple seam cell
Aantekeningen les week 1
Introductie. Van enkele BLM cellen, naar Multi-cellulaire organismen. We gaan kijken naar
proliferatie signalen; signalen die de cellen vertellen dat ze het delen moeten herhalen. Hoe
kunnen ze dit doen voor onbepaalde tijd? Je moet de pathways begrijpen die de proliferatie
controleren. Je moet de link zien van een gezond fenotype, naar een tumor fenotype.
Het werk is actief, Alison Woollards lab is geïnteresseerd in de balans tussen proliferatie en
differentiatie voor normale cel ontwikkeling. Het lab vestoord deze balans in de wormen.
Als de transcriptie factor UNC-62 wordt verwijderd bij de worm, dan leidt dit tot tumor
achtige verschijningen van de stamcellen. Drie experimenten die je onderzoeksvraag gaan
beantwoorden tijdens de praktijk. De eerste is immunofluorescentie, om te kijken of ze
enkele of meerdere nuclei hebben. De tweede is om de kijken of UNC-62 aanwezig is. De
derde is dat we 5 genen eruit gaan halen (knocking down).
De wormen leven voor 21 dagen en door bepaalde ontwikkeling-levensfases. Volwassen
wormen zijn 1110 micrometer (ongeveer 1 mm lang). De worden zijn self-fertilizing
hermaphrodites, dit betekent dat ze mannelijk en vrouwelijke onderdelen bevatten. Er zijn
twee kiemlijnarmen en aan het einde van de armen zijn er de stamcellen niches die de
eicellen produceren; de eieren. Ze worden bevrucht door het sperma, dit vormt het embryo.
Het embryo gaat naar de eerste fase van ontwikkeling in de moeder, de standaard
asymmetrische deling vindt plaats. Ze gaan door de standaard fases en ze eindigen in de
pretzel fase (3-fold). De worm beweegt in het ei, de schil van het ei is hard. De worm zal eruit
komen in een L1 stage van het dier; hij bevat dan 995 cellen. Als er voedsel is dan gaat de
worm door naar de L4 stages. Het aantal cellen blijft gelijk, de cellen worden alleen wel
groter. L4 is de laatste stage (teenage); dit is de enige die nauwkeurig kan worden
geïdentificeerd, in tegenstelling tot een volwassen worm. Deze worm is volledig volgroeit;
alles is ontwikkeld, het enige is dat hij nog geen eieren heeft geproduceerd. Deze status
moet je kunnen herkennen/onderscheiden.
, De volwassen worm die is vol van de eieren; elke worm legt 250 genetisch identieke eieren.
De worm embryo heeft een soort schil om zich heen. De cel (moeder) is fertilized (bevrucht)
door de vader; hieruit komt het embryo voort. Hierna vindt de eerste asymmetrischer deling
plaats. Vervolgens gaat de cirkel door gedurende de ontwikkeling. Dit gebeurt in alles (vis,
fruit, mensen), precies hetzelfde gebeurt. In de wormen kan je de cellen in elk stadium
opsporen. Dit kan je alleen doen als je het exacte proces van de wormen weet (dus C.
Elegans is het enige organisme waar de cellen kunnen worden getraceerd). De wormen
komen uit het ei door de schil weg te eten (ze maken poriën in de schil). Een volwassen
worm ziet er als volgt uit.
Het hoofd is een beetje wit en de staart is puntig. Het hoofd heeft een pharynx, twee
bobbelstructuren. De wormen eten constant de bacteriën, deze gaan door het intestine en
komen er bij het rectum uit. C. Elegans poept iedere 20 seconde en heeft twee
geslachtsklieren. De vulvia is de opening naar de buitenwereld en hierdoor legt de worm zijn
eieren. De spermatheca is de plek waar de eieren worden bevrucht. Het proces van de worm
is eigenlijk eten, poepen en reproduceren.
In C. Elegans kan je de eerste tot de laatste celdeling zien. Onder de microscoop zie je
een klep tussen de twee pharynx structuren als de worm eet. Als je op het lab aan het werk
bent dan werk je met de microscoop, de wormen bevinden zich in een kleine lunch box, je
hebt verschillende platen, een gasbrander (je moet altijd steriel werken), en je gebruikt een
scalpel. Drie tot vier wormstammen worden per groep gegeven. Je moet rubberen banden
gebruiken om de stammen te scheiden, stammen mogen niet gemixd worden!
Research question. Professor Woollard has identified several highly interesting genes that
affect the decision between cell proliferation and differentiation.The choice of the cell; do I
divide or differentiate especially important in the stem cells. Working with the stem cell-like
seam cells in the model organism Caenorhabditis elegans, you will investigate these genes.
Worms do not have true stem cells, they have stem cell-like cells in the seam (and germ but
we look at seam). The transcription factor, UNC-62, when removed from the worm results in
a tumour-like appearance of the seam cells they proliferate too much. You will
characterise this hyperplasia phenotype (this cancer!). Identify genes that are regulated by
UNC-62 to suppress the hyperplasia; i.e. cure cancer!! You will go from a lot of cells to less
cells.
1. The strain AW673 has a tumour-like phenotype, where more seam cell nuclei are
observed. Using immunofluorescence to analyse these additional cells to observe if they are
single or multiple nucleate. Compare the wild type and mutant strain.
AW673 = the strain with the hyperplasia, the worm with cancer. Contain multiple seam cell
