Tentamenvragen Moleculaire
Microbiologie
- Leg uit wat een complementatie groep is.
- Dezelfde mutanten vallen in complementatie groepen. Een complemeanties
groep kan je met elkaar kruisen en als je er twee kruist die dezelfde mutatie
heeft zal die stam hetzelfde fenotypen laten zien. Anders zou je
- Kruis mutant 1 met mutant 2 Als mutant 1 en 2 in het zelfde gen een mutatie
hebben, zal de diploid ook mutant zijn (geen wild type gen aanwezig)
- Als mutant 1 en 2 in een ander gen een mutatie hebben, zal de diploid niet
mutant zijn (altijd een wild type gen aanwezig).complementatie hebben.
- Noem een aantal selectie markers die je kunt gebruiken voor het selecteren
van transformanten en leg uit hoe de werken.
- Auxotrofe stam
- Mutatie in een gen wat betrokken is bij bv. synthese van aminozuren
(histidine) of nucleobasen (adenine, uracil) dus kan niet groeien op
een medium zonder dat aminozuur.
- Antibiotica resistentie gen
- Groei markers (dominate selectiemarker)
- Een gen toevoegen dan kan het wel groeien op dat medium
- Welke manier van transformeren gebruiken we meestal voor A. niger. Leg die
methode uit.
- Homologe recombinatie. Je voegt een stuk DNA toe dat voor een groot deel
homoloog is met het target DNA en via homologe recombinatie wordt het
ingebrachte DNA als template gebruikt als er een DSB op het target DNA zit.
- Waarom moet je na een schimmel transformatie reinstrijken om een zuivere
transformant te verkrijgen.
- Omdat een er meerdere kernen in een schimmel zitten en die hebben niet
allemaal hetzelfde genotype.
- Aspergillus oryzae heeft vaak twee kernen in een conidiospore. Wordt
reinstrijken makkelijker of moeilijker en leg uit waarom.
- Moeilijker omdat je dan kans heb dat een van die twee kernen de mutatie niet
heeft.
- Leg uit hoe je erachter komt of een bepaald gen in Aspergillus niger essentieel
is als je een knock out gaat maken.
- Het zal niet groeien als het een essentieel knock out gen is.
, - Leg uit wat een heterokaryon is.
- Heterokaryoot = in het mycelium zijn verschillende kernen aanwezig.
- Wat kan een groot voordeel zijn van een biologische screen tov een screen
waarbij heel veel knock out stammen worden bekeken
- Een biologische screen is wanneer je bijvoorbeeld isoleert op basis van
temperatuur. Het voordeel er van is is dat je niet heel veel knockouts hoeft te
maken.
- Leg uit wat een complementatie analyse is
- ORF gevonden dat mogelijk een mutatie gevat
- Ampilicern dat gen het wildtypen en doen dat in plasmide
- transformeren dat in de mutant dus als dat wiltypen dat fenotype
- Complementeert het gen het fenotype?
- Wat zijn de belangrijkste verschillen tussen monoderme en diderme bacteriën?
- Monoderm (gram positief)
- Hier heb je een dikke peptidoglycaanlaag
- Diderm (gram negatief)
- Hier heb je een dubbel membraan en een dunnen peptidoglycaanlaag
- Lipopolysacchariden aan de buitenkant
-
- Wat is Sec-secretie en welke belangrijkste componenten bevat het Sec-
systeem?
- Essentiële en belangrijkste secretiesysteem.
- Exporteert ongevouwen eiwitten.
- De basis bestaat uit onderdelen:
- transmembraan kanaal SecYEG
- ATPase motor SecA
- (chaperons SecB / trigger factor) = begeleider
Microbiologie
- Leg uit wat een complementatie groep is.
- Dezelfde mutanten vallen in complementatie groepen. Een complemeanties
groep kan je met elkaar kruisen en als je er twee kruist die dezelfde mutatie
heeft zal die stam hetzelfde fenotypen laten zien. Anders zou je
- Kruis mutant 1 met mutant 2 Als mutant 1 en 2 in het zelfde gen een mutatie
hebben, zal de diploid ook mutant zijn (geen wild type gen aanwezig)
- Als mutant 1 en 2 in een ander gen een mutatie hebben, zal de diploid niet
mutant zijn (altijd een wild type gen aanwezig).complementatie hebben.
- Noem een aantal selectie markers die je kunt gebruiken voor het selecteren
van transformanten en leg uit hoe de werken.
- Auxotrofe stam
- Mutatie in een gen wat betrokken is bij bv. synthese van aminozuren
(histidine) of nucleobasen (adenine, uracil) dus kan niet groeien op
een medium zonder dat aminozuur.
- Antibiotica resistentie gen
- Groei markers (dominate selectiemarker)
- Een gen toevoegen dan kan het wel groeien op dat medium
- Welke manier van transformeren gebruiken we meestal voor A. niger. Leg die
methode uit.
- Homologe recombinatie. Je voegt een stuk DNA toe dat voor een groot deel
homoloog is met het target DNA en via homologe recombinatie wordt het
ingebrachte DNA als template gebruikt als er een DSB op het target DNA zit.
- Waarom moet je na een schimmel transformatie reinstrijken om een zuivere
transformant te verkrijgen.
- Omdat een er meerdere kernen in een schimmel zitten en die hebben niet
allemaal hetzelfde genotype.
- Aspergillus oryzae heeft vaak twee kernen in een conidiospore. Wordt
reinstrijken makkelijker of moeilijker en leg uit waarom.
- Moeilijker omdat je dan kans heb dat een van die twee kernen de mutatie niet
heeft.
- Leg uit hoe je erachter komt of een bepaald gen in Aspergillus niger essentieel
is als je een knock out gaat maken.
- Het zal niet groeien als het een essentieel knock out gen is.
, - Leg uit wat een heterokaryon is.
- Heterokaryoot = in het mycelium zijn verschillende kernen aanwezig.
- Wat kan een groot voordeel zijn van een biologische screen tov een screen
waarbij heel veel knock out stammen worden bekeken
- Een biologische screen is wanneer je bijvoorbeeld isoleert op basis van
temperatuur. Het voordeel er van is is dat je niet heel veel knockouts hoeft te
maken.
- Leg uit wat een complementatie analyse is
- ORF gevonden dat mogelijk een mutatie gevat
- Ampilicern dat gen het wildtypen en doen dat in plasmide
- transformeren dat in de mutant dus als dat wiltypen dat fenotype
- Complementeert het gen het fenotype?
- Wat zijn de belangrijkste verschillen tussen monoderme en diderme bacteriën?
- Monoderm (gram positief)
- Hier heb je een dikke peptidoglycaanlaag
- Diderm (gram negatief)
- Hier heb je een dubbel membraan en een dunnen peptidoglycaanlaag
- Lipopolysacchariden aan de buitenkant
-
- Wat is Sec-secretie en welke belangrijkste componenten bevat het Sec-
systeem?
- Essentiële en belangrijkste secretiesysteem.
- Exporteert ongevouwen eiwitten.
- De basis bestaat uit onderdelen:
- transmembraan kanaal SecYEG
- ATPase motor SecA
- (chaperons SecB / trigger factor) = begeleider
