Genoom figuren
5-1: germ line cellen kunnen hun genetische informatie doorgeven aan de volgende
generatie. Somatische cellen geven de genetische informatie alleen door aan hun
dochtercellen. Mutaties in somatische cellen worden niet overgedragen aan de
volgende generatie.
5-3: in deze figuur is de bassparing tussen een nieuw deoxyribonucleotide aan de DNA
streng. Het nucleotide heeft een trilfosfaat gebonden. Bij de binding komen 2
fosfaatgroepen vrij en 1 gaat een binding aan met de 3’ OH. Er worden vervolgens ook
waterstofbruggen gevormd tussen de nucleotide en de complementaire nucleotide op
de template strand.
5-4: DNA polymerase katalyseert de binding van een nieuw nucleotide. Een nieuw
nucleotide wordt altijd ingebouwd aan wat de primer strand wordt genoemd. In deel A
van de afbeelding is te zien hoe de 5; trilfosfaat van het inkomende nucleotide de
binding aangaat met de 3’ OH van de primer strand. Hierbij komt een pyrofosfaat vrij
die zich vervolgens splitst in 2 losse fosfaatgroepen.
In deel B van de afbeelding is de structuur van DNA polymerase te zien (niet
belangrijk)
In deel C van de afbeelding is DNA polymerase schematisch weergegeven. Het
inkomende nucleotide is te zien. Wanneer het juiste basepaar binnenkomt, verstrakt
polymerase zodat de nieuwe nucleotide de binding aan kan gaan met de
complementaire streng. Bij het vrijkomen van de pyrofosfaat verslapt de greep van
DNA polymerase weer, waardoor het DNA door kan schuiven en de actieve site weer
vrij komt voor het volgende nucleotide.
5-5: hierin is het semiconservatieve model voor DNA repliclatie te zien. Dit houdt in
dat telkens 1 streng wordt gebruikt als Parent streng. Deze blijven dan ook intact.
5-7: de structuur van de DNA replicatie vork. De leading strand wordt van 5’ naar 3’
gesynthetiseerd en de lagging strand van 3’ naar 5’ (okazaki fragmenten worden
gevormd van 5’ naar 3’) het okazaki fragment dat zich het dichtst bij de vork bevindt
is het laatst gevormd. Dit is overigens hetzelfde op de leading strand.
5-8: proofreading door DNA polymerase tijdens de replicatie: in dit figuur is te zien dat
er per ongeluk een C wordt ingebouwd tegenover een A. Er vindt geen goede binding
plaats en er is geen vrij 3’ OH uiteinde om de elongatie verder te laten verlopen. Aan
DNA polymerase zit 3’ naar 5’ exonuclease activiteit die de verkeerd gekoppelde
nucleotide verwijderd tot er weer een vrij 3’ OH uiteinde is. Hierna kan DNA
polymerase weer verder gaan met de elongatie en het juiste nucleotide inbouwen.
5-9: in deze figuur is DNA polymerase schematisch weer gegeven met de polymerizing
site en de editing site. In de editing site bevindt zich de exonuclease activiteit.
Wanneer er een verkeerd nucleotide wordt ingebouwd, wordt de gesynthetiseerde
streng losgekoppeld en in de editing site gebracht waar het verkeerde nucleotide er
vanaf wordt geknipt.
5-10: RNA primer synthese: DNA primase synthetiseert een korte RNA primers op de
lagging strand door gebruik te maken van DNA als de template. Dit enzym kan een
nieuwe polynucleotide keten vormen zonder begin. Het kan gewoon 2 nucleotiden aan
elkaar koppelen. Het maakt een korte primer van 5’ naar 3’ en stopt dan. De 3’ van de
primer is dan het aanknopingspunt voor DNA polymerase om de replicatie te kunnen
starten.
5-1: germ line cellen kunnen hun genetische informatie doorgeven aan de volgende
generatie. Somatische cellen geven de genetische informatie alleen door aan hun
dochtercellen. Mutaties in somatische cellen worden niet overgedragen aan de
volgende generatie.
5-3: in deze figuur is de bassparing tussen een nieuw deoxyribonucleotide aan de DNA
streng. Het nucleotide heeft een trilfosfaat gebonden. Bij de binding komen 2
fosfaatgroepen vrij en 1 gaat een binding aan met de 3’ OH. Er worden vervolgens ook
waterstofbruggen gevormd tussen de nucleotide en de complementaire nucleotide op
de template strand.
5-4: DNA polymerase katalyseert de binding van een nieuw nucleotide. Een nieuw
nucleotide wordt altijd ingebouwd aan wat de primer strand wordt genoemd. In deel A
van de afbeelding is te zien hoe de 5; trilfosfaat van het inkomende nucleotide de
binding aangaat met de 3’ OH van de primer strand. Hierbij komt een pyrofosfaat vrij
die zich vervolgens splitst in 2 losse fosfaatgroepen.
In deel B van de afbeelding is de structuur van DNA polymerase te zien (niet
belangrijk)
In deel C van de afbeelding is DNA polymerase schematisch weergegeven. Het
inkomende nucleotide is te zien. Wanneer het juiste basepaar binnenkomt, verstrakt
polymerase zodat de nieuwe nucleotide de binding aan kan gaan met de
complementaire streng. Bij het vrijkomen van de pyrofosfaat verslapt de greep van
DNA polymerase weer, waardoor het DNA door kan schuiven en de actieve site weer
vrij komt voor het volgende nucleotide.
5-5: hierin is het semiconservatieve model voor DNA repliclatie te zien. Dit houdt in
dat telkens 1 streng wordt gebruikt als Parent streng. Deze blijven dan ook intact.
5-7: de structuur van de DNA replicatie vork. De leading strand wordt van 5’ naar 3’
gesynthetiseerd en de lagging strand van 3’ naar 5’ (okazaki fragmenten worden
gevormd van 5’ naar 3’) het okazaki fragment dat zich het dichtst bij de vork bevindt
is het laatst gevormd. Dit is overigens hetzelfde op de leading strand.
5-8: proofreading door DNA polymerase tijdens de replicatie: in dit figuur is te zien dat
er per ongeluk een C wordt ingebouwd tegenover een A. Er vindt geen goede binding
plaats en er is geen vrij 3’ OH uiteinde om de elongatie verder te laten verlopen. Aan
DNA polymerase zit 3’ naar 5’ exonuclease activiteit die de verkeerd gekoppelde
nucleotide verwijderd tot er weer een vrij 3’ OH uiteinde is. Hierna kan DNA
polymerase weer verder gaan met de elongatie en het juiste nucleotide inbouwen.
5-9: in deze figuur is DNA polymerase schematisch weer gegeven met de polymerizing
site en de editing site. In de editing site bevindt zich de exonuclease activiteit.
Wanneer er een verkeerd nucleotide wordt ingebouwd, wordt de gesynthetiseerde
streng losgekoppeld en in de editing site gebracht waar het verkeerde nucleotide er
vanaf wordt geknipt.
5-10: RNA primer synthese: DNA primase synthetiseert een korte RNA primers op de
lagging strand door gebruik te maken van DNA als de template. Dit enzym kan een
nieuwe polynucleotide keten vormen zonder begin. Het kan gewoon 2 nucleotiden aan
elkaar koppelen. Het maakt een korte primer van 5’ naar 3’ en stopt dan. De 3’ van de
primer is dan het aanknopingspunt voor DNA polymerase om de replicatie te kunnen
starten.
