Moleculaire biologie
Zelfstudie moleculaire biologie:
Paginas lezen uit biology die bij hoofdstukken van de les horen.
Mastering biology maken dat bij de les hoort
Feedbackfruits voor kennisclips en korte opdrachten.
Blackboard toets
Les 1 samenvatting kennisclips:
O atoomnummer 8, 6 valentie elektronen 3,44 = elektronegativiteit
C atoomnummer 6, 4 valentie elektronen = 2,55 = elektronegativiteit
H atoomnummer 1, 1 valentie elektron 2,20 = elektronegativiteit.
N atoomnummer 7, 5 valentie elektronen 3,04 = elektronegativiteit
Verschil in elektronegativiteit groter dan 0,5 dan polaire covalente binding.
Dit uit je hoofd leren.
O C H N maken 96% van het leven.
Massagetal, linksbovenaan protonen+neutronen.
Atoomnummer = aantal protonen, zelfde aantal protonen is zelfde eigenschap.
Isotopen, zelfde protonen ander massagetal.
Valentie elektronen = aantal elektronen buitenste schil. 1 e schil heeft 2 elektronen daarna 8
Zelfde aantal valentie elektronen = vergelijkbare eigenschappen.
Orbitaal is plek waar elektronen zich bevinden. 1 orbitaal = 2 elektronen.
Bij incomplete valentieschil probeert buitenste schil vol te krijgen, dan gaan ze samen met een ander
atoom elektronen delen, zo ontstaat een covalente binding ( interactie tussen atomen)
Voorbeelden zijn H20 NH3 en CH4 (enkele binding , 1 paar delen)
Ze kunnen ook meer paren delen.
Lewis structuren,
Altijd 8 gewenst behalve bij H dan zijn het er 2
valentie elektronen / 2 = het aantal paren
Gewenst – aanwezig / 2 zijn het aantal bindende paren.
De rest van de paren los tekenen. Zorg dat elk atoom aan octet voldoet.
Formele lading = valentie – ( vrije + 0,5 x de bindende)
Hoe meer naar rechts en naar boven in het systeem hoe elektronegatieve en hoe harder ze trekken
aan een atoom.
Niet polaire covalente bindingen = gelijk verdeelde elektronen, verschil in elektronegatieviteit minder
dan 0,5
Polaire covalente bindingen, elektronen dichter bij de een dan bij het andere molecuul, verschil in
negatieviteit tussen 0,5 en 1,6. Dit zorgt voor polaire binding.
Ion bindingen,
Atoom neemt elektronen geheel over, bijvoorbeeld natrium heeft maar 1 elektron in buitenste schil
dus makkelijker om hem kwijt te raken dan de schil te vullen hierdoor worden atomen geladen en
trekken ze elkaar aan. Kation is positief anion is negatief.
Waterstofbruggen = n-h o-h komt door partiele lading in atoom h is beetje positief en n en o zijn
beetje negatief.
Van der waals = kleine ladingsverschillen waardoor moleculen als ze erg dicht bij elkaar zijn elkaar
aantrekken.
Elke interactie is omkeerbaar.
,Vorm van molecuul bepaald de functie, daardoor past het bijvoorbeeld op een receptor en kunnen
we ook dingen namaken, endorfine / morfine , alleen stukje dat op receptor komt is gelijk.
Polariteit van water,
Water heeft polaire covalente binding en is een polair molecuul. Daardoor kunnen er ook
waterstofbruggen gevormd worden.
Cohesie eigenschappen, watermoleculen trekken elkaar aan, daardoor bolling op glas.
Adhesie, bijvoorbeeld tussen water en glas daarom kuiltje in reactie buisje want het glas trekt het
water omhoog.
Thermische energie, warm koud, water kan grote hoeveelheid energie opnemen zonder dat
tempratuur gelijk stijgt. Water is een soort buffer. Hitte absorberen is waterstofbruggen breken en
afgeven is waterstofbruggen maken. Zweten is dus waterstof bruggen breken en wat achterblijft is
koel.
daardoor zet het uit.
Goed oplosmiddel door de hoge polariteit. Hydrofyl, polair = houdt van water. Hydrofoob, apolair,
bang voor water.
PH van water,
2H20 h30+ + oh- (evenwicht) in puur water ligt het evenwicht bij ph 7
Ph = - log [h30+]
[h30+] = 10 tot de macht – ph
Ph + poh = 14 let op rekenen met oh- gebruik poh
Sterke zuren en basen splitsen ( dissocieren geheel ) en zwakke maar voor een klein deel.
Zuur is proton donor, H+ afstaan en base is proton acceptor, kan H+ opnemen.
Buffer houdt ph stabiel, zwak zuur met zwakke geconjugeerde base.
Organische chemie,
Moleculen zijn organisch als er c in zit,
C heeft 4 valentie elektronen en zoekt er dus nog 4, hij kan dus 4 bindingen maken.
4 bindingen is tetrahedron vorm, dubbele bindingen kunne niet meer draaien daardoor wordt het
molecuul vlak.
Koolwaterstoffen = stoffen die uitsluitend uit kool en waterstof bestaan. Nooit polair lost lastig op in
water.
Isomeren, zelfde molecuulformule andere structuur en eigenschappen
- Structuutisomeren,
Molecuulformule zelfde maar zitten anders vast
- Cis trans isomeren,
Bij dubbele bindingen.
- Spiegelbeeld isomeren ( enantiomeren )
Kan alleen bij 4 verschillende groepen aan een c atoom. Vaak maar 1 van de 2 actief. L en D vorm.
Net als vorm kunnen functionele groepen ( stukjes aan het molecuul vast ) de functie van een
molecuul bepalen,
- Hydroxyl groep- OH groep, zorgt dat stof polair wordt, waterstof bruggen kan vormen,
alchohol.
- Carbonyl groep C=O kan als keton ( tussen 2 c ) of als aldehyde ( aan
het einde)
- Carboxyl groep COOH C=O O-H gedraagd zich als zuur, carbonzuur
, - Amino groep NH2 aan buitenkant gedraagd zich als base, kan H+ opnemen, amine 1h zit aan
binnenkant.
- Sulfhydryl -SH 2 sh kunnen crosslinks vormen =, thiol
- Fosfaat groep OPO wordt gebruikt voor atp en slaat dus energie op
- Methylgroep CH3 , heeft effect op expressie van genen. Gemethyleerd
molecuul.
Les 2 samenvatting kennisclips:
5.2 bouwstoffen van de cellen
- suikers
- 1e c is de c rechts van de o in de keten. Of de c die 2 o’s gebonden heeft.
Monosachariden
- Formule ( ch2o)n voorbeeld is glucose ( c6h12o6)
- Ketose ( keton dubbelgebonden o in het midden)
- of aldose ( aldehyde, dubbelgebonden o aan het einde van de keten)
- 3c is triose 5c is pentose 6c is hexose,
- In oplossingen gaan suikers over in ringstructuur. Kan op
alfa of beta manier, alfa is oh wijst naar beneden en bij
beta wijst hij naar boven.
- Het plaatje laat monosachariden zien
Disachariden
- 2 monosachariden aan elkaar verbonden door dehydratatie reactie. Water molecuul
komt vrij. Er vormt Glycoside binding, binding tussen suiker en ander molecuul.
- De naam van de binding wordt bepaald door aan welke c atomen de binding zit, bijv
1,4.
- Een beta en een beta sacharide binden niet goed aan elkaar omdat de oh groepen
niet dicht bij elkaar zitten, daarom moet je er 1tje omdraaien zodat ze wel goed
binden.
- Als de binding omlaag staat is het een alfa glycosidische binding en omhoog beta.
Polysachariden
- Polymeren van sachariden, als opslag van energie en het heeft structurele rol.
- Vorm en structuur bepaald door welke monomeren en welke bindingen.
Polysachariden voor opslag:
Planten:
- Zetmeel:
- Polymeer van alfa glucose monomeren. 1,4 binding
- Vormen helix
- Amylose, zonder vertakkingen alleen α 1,4 glycoside bindingen.
- Amylopectine, met ook α 1,6 glycosidic bindingen. ( om de 30 monomeren)
Daardoor meer netwerk vormen
, Dieren
- Glycogeen, opslag in lever en spiercellen.
- alfa glucose monomeren die helix vormen, met 1,6 vertakkingen ( om de 10
monomeren ) daardoor netwerk.
Structurele polysachariden:
- Cellulose, β glucose monomeren, β 1,4 glycoside
bindingen,
- Glucose om en om draaien, daardoor geen helix
maar lineare strucuur. Alfa gaat zo door maar beta
moet telkens draaien.
- Doordat de ketens recht liggen kunnen ze recht
onder elkaar liggen en onderling waterstof bruggen
vormen.
- Dierlijke enzymen kunnen alleen alfa bindingen
hydrolyseren daardoor wordt cellulose niet
opgenomen en zetmeel wel.
- Koeien hebben symbiose (++) met micro organismen
die dit wel kunnen afbreken’.
5.3 lipiden
grote biomoleculen maar geen polymeren, hydrofoob, vooral koolwaterstof.
vetten:
Opgebouwd uit:
1 glycerol molecuul met 3 vetzuren, zuurgroep op
het einde. Verbonden via ester binding.
Triglyceride.
Vetzuurstaarten kunnen verschillen in lengte en
verzadiging,
Verzadigde vetten
- Geen dubbele bindingen
- Dierlijkvet
- Vast
Onverzadigde vetten
- 1 of meerdere dubbele bindingen
- Vloeibaar
- Planten en vis
Veel verzadigde vetten ongezond. Zorgt voor hart en vaatziekten
Transvetten, omgezette onverzadigde vetten naar verzadigde.
Functies
- Energieopslag in vetcellen ( adipocyten
- Isolatie en ondersteuning vitale organen.
Zelfstudie moleculaire biologie:
Paginas lezen uit biology die bij hoofdstukken van de les horen.
Mastering biology maken dat bij de les hoort
Feedbackfruits voor kennisclips en korte opdrachten.
Blackboard toets
Les 1 samenvatting kennisclips:
O atoomnummer 8, 6 valentie elektronen 3,44 = elektronegativiteit
C atoomnummer 6, 4 valentie elektronen = 2,55 = elektronegativiteit
H atoomnummer 1, 1 valentie elektron 2,20 = elektronegativiteit.
N atoomnummer 7, 5 valentie elektronen 3,04 = elektronegativiteit
Verschil in elektronegativiteit groter dan 0,5 dan polaire covalente binding.
Dit uit je hoofd leren.
O C H N maken 96% van het leven.
Massagetal, linksbovenaan protonen+neutronen.
Atoomnummer = aantal protonen, zelfde aantal protonen is zelfde eigenschap.
Isotopen, zelfde protonen ander massagetal.
Valentie elektronen = aantal elektronen buitenste schil. 1 e schil heeft 2 elektronen daarna 8
Zelfde aantal valentie elektronen = vergelijkbare eigenschappen.
Orbitaal is plek waar elektronen zich bevinden. 1 orbitaal = 2 elektronen.
Bij incomplete valentieschil probeert buitenste schil vol te krijgen, dan gaan ze samen met een ander
atoom elektronen delen, zo ontstaat een covalente binding ( interactie tussen atomen)
Voorbeelden zijn H20 NH3 en CH4 (enkele binding , 1 paar delen)
Ze kunnen ook meer paren delen.
Lewis structuren,
Altijd 8 gewenst behalve bij H dan zijn het er 2
valentie elektronen / 2 = het aantal paren
Gewenst – aanwezig / 2 zijn het aantal bindende paren.
De rest van de paren los tekenen. Zorg dat elk atoom aan octet voldoet.
Formele lading = valentie – ( vrije + 0,5 x de bindende)
Hoe meer naar rechts en naar boven in het systeem hoe elektronegatieve en hoe harder ze trekken
aan een atoom.
Niet polaire covalente bindingen = gelijk verdeelde elektronen, verschil in elektronegatieviteit minder
dan 0,5
Polaire covalente bindingen, elektronen dichter bij de een dan bij het andere molecuul, verschil in
negatieviteit tussen 0,5 en 1,6. Dit zorgt voor polaire binding.
Ion bindingen,
Atoom neemt elektronen geheel over, bijvoorbeeld natrium heeft maar 1 elektron in buitenste schil
dus makkelijker om hem kwijt te raken dan de schil te vullen hierdoor worden atomen geladen en
trekken ze elkaar aan. Kation is positief anion is negatief.
Waterstofbruggen = n-h o-h komt door partiele lading in atoom h is beetje positief en n en o zijn
beetje negatief.
Van der waals = kleine ladingsverschillen waardoor moleculen als ze erg dicht bij elkaar zijn elkaar
aantrekken.
Elke interactie is omkeerbaar.
,Vorm van molecuul bepaald de functie, daardoor past het bijvoorbeeld op een receptor en kunnen
we ook dingen namaken, endorfine / morfine , alleen stukje dat op receptor komt is gelijk.
Polariteit van water,
Water heeft polaire covalente binding en is een polair molecuul. Daardoor kunnen er ook
waterstofbruggen gevormd worden.
Cohesie eigenschappen, watermoleculen trekken elkaar aan, daardoor bolling op glas.
Adhesie, bijvoorbeeld tussen water en glas daarom kuiltje in reactie buisje want het glas trekt het
water omhoog.
Thermische energie, warm koud, water kan grote hoeveelheid energie opnemen zonder dat
tempratuur gelijk stijgt. Water is een soort buffer. Hitte absorberen is waterstofbruggen breken en
afgeven is waterstofbruggen maken. Zweten is dus waterstof bruggen breken en wat achterblijft is
koel.
daardoor zet het uit.
Goed oplosmiddel door de hoge polariteit. Hydrofyl, polair = houdt van water. Hydrofoob, apolair,
bang voor water.
PH van water,
2H20 h30+ + oh- (evenwicht) in puur water ligt het evenwicht bij ph 7
Ph = - log [h30+]
[h30+] = 10 tot de macht – ph
Ph + poh = 14 let op rekenen met oh- gebruik poh
Sterke zuren en basen splitsen ( dissocieren geheel ) en zwakke maar voor een klein deel.
Zuur is proton donor, H+ afstaan en base is proton acceptor, kan H+ opnemen.
Buffer houdt ph stabiel, zwak zuur met zwakke geconjugeerde base.
Organische chemie,
Moleculen zijn organisch als er c in zit,
C heeft 4 valentie elektronen en zoekt er dus nog 4, hij kan dus 4 bindingen maken.
4 bindingen is tetrahedron vorm, dubbele bindingen kunne niet meer draaien daardoor wordt het
molecuul vlak.
Koolwaterstoffen = stoffen die uitsluitend uit kool en waterstof bestaan. Nooit polair lost lastig op in
water.
Isomeren, zelfde molecuulformule andere structuur en eigenschappen
- Structuutisomeren,
Molecuulformule zelfde maar zitten anders vast
- Cis trans isomeren,
Bij dubbele bindingen.
- Spiegelbeeld isomeren ( enantiomeren )
Kan alleen bij 4 verschillende groepen aan een c atoom. Vaak maar 1 van de 2 actief. L en D vorm.
Net als vorm kunnen functionele groepen ( stukjes aan het molecuul vast ) de functie van een
molecuul bepalen,
- Hydroxyl groep- OH groep, zorgt dat stof polair wordt, waterstof bruggen kan vormen,
alchohol.
- Carbonyl groep C=O kan als keton ( tussen 2 c ) of als aldehyde ( aan
het einde)
- Carboxyl groep COOH C=O O-H gedraagd zich als zuur, carbonzuur
, - Amino groep NH2 aan buitenkant gedraagd zich als base, kan H+ opnemen, amine 1h zit aan
binnenkant.
- Sulfhydryl -SH 2 sh kunnen crosslinks vormen =, thiol
- Fosfaat groep OPO wordt gebruikt voor atp en slaat dus energie op
- Methylgroep CH3 , heeft effect op expressie van genen. Gemethyleerd
molecuul.
Les 2 samenvatting kennisclips:
5.2 bouwstoffen van de cellen
- suikers
- 1e c is de c rechts van de o in de keten. Of de c die 2 o’s gebonden heeft.
Monosachariden
- Formule ( ch2o)n voorbeeld is glucose ( c6h12o6)
- Ketose ( keton dubbelgebonden o in het midden)
- of aldose ( aldehyde, dubbelgebonden o aan het einde van de keten)
- 3c is triose 5c is pentose 6c is hexose,
- In oplossingen gaan suikers over in ringstructuur. Kan op
alfa of beta manier, alfa is oh wijst naar beneden en bij
beta wijst hij naar boven.
- Het plaatje laat monosachariden zien
Disachariden
- 2 monosachariden aan elkaar verbonden door dehydratatie reactie. Water molecuul
komt vrij. Er vormt Glycoside binding, binding tussen suiker en ander molecuul.
- De naam van de binding wordt bepaald door aan welke c atomen de binding zit, bijv
1,4.
- Een beta en een beta sacharide binden niet goed aan elkaar omdat de oh groepen
niet dicht bij elkaar zitten, daarom moet je er 1tje omdraaien zodat ze wel goed
binden.
- Als de binding omlaag staat is het een alfa glycosidische binding en omhoog beta.
Polysachariden
- Polymeren van sachariden, als opslag van energie en het heeft structurele rol.
- Vorm en structuur bepaald door welke monomeren en welke bindingen.
Polysachariden voor opslag:
Planten:
- Zetmeel:
- Polymeer van alfa glucose monomeren. 1,4 binding
- Vormen helix
- Amylose, zonder vertakkingen alleen α 1,4 glycoside bindingen.
- Amylopectine, met ook α 1,6 glycosidic bindingen. ( om de 30 monomeren)
Daardoor meer netwerk vormen
, Dieren
- Glycogeen, opslag in lever en spiercellen.
- alfa glucose monomeren die helix vormen, met 1,6 vertakkingen ( om de 10
monomeren ) daardoor netwerk.
Structurele polysachariden:
- Cellulose, β glucose monomeren, β 1,4 glycoside
bindingen,
- Glucose om en om draaien, daardoor geen helix
maar lineare strucuur. Alfa gaat zo door maar beta
moet telkens draaien.
- Doordat de ketens recht liggen kunnen ze recht
onder elkaar liggen en onderling waterstof bruggen
vormen.
- Dierlijke enzymen kunnen alleen alfa bindingen
hydrolyseren daardoor wordt cellulose niet
opgenomen en zetmeel wel.
- Koeien hebben symbiose (++) met micro organismen
die dit wel kunnen afbreken’.
5.3 lipiden
grote biomoleculen maar geen polymeren, hydrofoob, vooral koolwaterstof.
vetten:
Opgebouwd uit:
1 glycerol molecuul met 3 vetzuren, zuurgroep op
het einde. Verbonden via ester binding.
Triglyceride.
Vetzuurstaarten kunnen verschillen in lengte en
verzadiging,
Verzadigde vetten
- Geen dubbele bindingen
- Dierlijkvet
- Vast
Onverzadigde vetten
- 1 of meerdere dubbele bindingen
- Vloeibaar
- Planten en vis
Veel verzadigde vetten ongezond. Zorgt voor hart en vaatziekten
Transvetten, omgezette onverzadigde vetten naar verzadigde.
Functies
- Energieopslag in vetcellen ( adipocyten
- Isolatie en ondersteuning vitale organen.
