Samenvatting/keywords: Microben
Biomedische Wetenschappen - Universiteit van Amsterdam 2019/2020
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Hoorcollege 1: Bacterien, Archaea & Bacteriofagen
Leendert Harmoen
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Bacteriële ziekten:
Streptococcus pneumoniae Longontsteking
Mycobacterium tuberculosis Tuberculose (TB)
Salmonella typhimurium Voedselvergiftiging
Escherichia coli
Helicobacter pylori Maagzweer
Neisseria gonorrhoeae Gonorroe
Legionella pneumophila Veteranenziekte
Haemophilus influenzae Hersenvliesontsteking
Bacillus anthracis Miltvuur (antrax)
______________________________________________________________________
Schimmelinfecties:
Planten:
Fusarium / Phytophthora: Fusarium oxysporum: bananenziekte
Phytophthora infestants: behoort eigenlijk niet
tot de schimmels: produceren mycotoxines >
Aardappelziekte
Mensen:
Candida albicans: (oraal, vaginaal) Opportunistische infectie, kan optreden bij
mensen met een verminderde afweer: bijv.
aids). Normaal gesproken ongevaarlijk.
______________________________________________________________________
Eukaryoten protozoa:
Plasmodium falciparum: Eencellige parasiet: veroorzaakt malaria
, Trypanosoma brucei: Eencellige parasiet: veroorzaakt slaapziekte
Leishmania major: Parasiet: veroorzaakt zandmug ziekte
Virusziekten
Hepatitis, dengue, HIV, polio, measles
______________________________________________________________________
Keywords explained:
● MRSA: methicillin-resistant Staphylococcus aureus
- Staphylococcus aureus is een stafylokok die toxinen afscheidt en grampositief kleurt. De
toxinen hebben een negatieve werking op het menselijk lichaam. Staphylococcus aureus zit
in 20 tot 30 procent van de gevallen op de huid van mens en dier en op de slijmvliezen,
zoals de neusholte.
______________________________________________________________________
Immunization Prevents Disease
● Vaccine (attenuated): Louis Pasteur (1822-1895) ontwikkelde de eerste vaccins op
basis van verzwakte stammen: gevoogelte cholera, hondsdolheid
● Immunisatie: de stimulering van een immuunrespons door opzettelijke inenting met een
verzwakte ziekteverwekker
______________________________________________________________________
Symbiose nutrienten:
● Symbiosis: het langdurig samenleven van twee of meer organismen van verschillende
soorten waarbij de samenleving voor ten minste een van de organismen gunstig of zelfs
noodzakelijk is.
> Rhizobium: wortelknobbelbacteriën, leven in symbiose met vlinderbloemige planten
soorten (peulvruchten), leggen voor de planten de stikstof uit de lucht vast
(stikstoffixatie) vanwege de voedselarme grond. Ze verkrijgen hun eigen energie uit de
assimilaten van de plant (heterotroof).
> Micorrhiza (fungi): samenwerkingsvorm tussen schimmels en de wortels van planten:
zorgen voor een groter wortelnetwerk > de plant kan efficiënter nutriënten uit de grond
opnemen > planten zorgen dan weer voor de suikers (voedsel) voor de schimmels
> Lichens (korstmossen): samenwerkingsvorm (mutualistisch) tussen schimmel en
alg, de schimmel zorgt voor bepaalde structuur dat als leefomgeving dient voor de alg >
nutriënten worden uitgewisseld > kunnen soms niet zonder elkaar overleven
- symbiose tussen ascomycete en cyanobacterien
, ● Microbiome: het totaal aan micro organismen die op en in ons lichaam leven en hun
genetisch materiaal
● Flemming: in 1929, Alexander Flemming: ontdekte dat de Penicillium schimmel een
substantie uitscheidde dat bacterien dood.
● Examples of food preservation/processing: bier, wijn, mexicaanse pulque,
zuurdesem, zuurkool, salami, thempeh, natto, kaas
______________________________________________________________________
Essential roles & useful activities:
Bacterien Virussen
Huidflora Onder controle houden algengroei
Darmflora Tullip breaking virus (decoratie)
Bewaren en bereiden van eten Gentherapie en transformatie van eukaryote
cellen
Stikstoffixatie
Waterzuivering
______________________________________________________________________
Observing the bacterial cell:
● Robert Hooke (1635–1703)
- Built the first compound microscope
- Gebruikte de microscoop voor het observeren van schimmel
- Published Micrographia, the first manuscript that illustrated objects under the
microscope
- Bedenker van de term: “cell”
● Shapes:
bacilli (staafjes)
cocci (rondjes in paren of strengen), diplococci (gepaarde cocci)
spiral (spiraalvormig)
● Microbial scale (micrometres): van 1 milimeter tot 1 micrometer
Light microscopy:
● Wavelength visible light~bacterial cell: golflengte moet gelijk of kleiner zijn dan het
object dat men wil bekijken. Zichtbaar licht is hier een voorbeeld van omdat je met een
lichtmicroscoop bacteriën kunt zien
, ● Phase-Contrast Microscopy: Microscoop waarbij met behulp van faseverschillen een
contrast gecreëerd wordt waarmee in levende transparante cellen de structuren gezien
kunnen worden.
● Brightfield: genereert een donkere afbeelding van een object op een lichte achtergrond.
● Oil immersion: techniek die wordt gebruikt om het oplossend vermogen van een
microscoop te vergroten: vergroot de resolutie.
______________________________________________________________________
Gram positive/negative:
● Gram-stain (1884): gramkleuring, methode om bacteriën te kleuren om ze zo onder een
lichtmicroscoop zichtbaar te maken. Hans Christian Gram (1853-1938).
● Gram-positive: bacteriën behouden de kristalviolette vlek > dikke celwand
● Gram-negative: bacteriën behouden niet de kristalviolette vlek, maar hebben wel een
buitenmembraan > dunne celwand
● Negative stain: kleurt de achtergrond, waardoor de capsules van de bacteriën beter
zichtbaar worden
______________________________________________________________________
Fluorescence Microscopy:
Het monster/de specimen absorbeert licht van een bepaalde golflengte en zendt dan licht uit
van een lagere energie: ofwel een grotere golflengte > specimen fluorescens
● DAPI: kleuring die bindt aan het DNA en het DNA oplicht.
● Immunofluorescence (primary/secondary antibody): elk eiwit beschikt over een
antilichaam dat bindt aan het eiwit, ook wel de primary antibody (altijd anders, niet te
kleuren), vervolgens bindt daaraan een secondary antibody met een fluorescente
eiwitgroep.
● GFP (Green Fluorescence Protein): eiwit dat groen kleurt als je erop schijnt met blauw
licht. Het eiwit is genetisch te koppelen aan andere eiwitten (ook in levende cellen) om
deze te kleuren. Het eiwit is afkomstig van de kwal (Aequeorea Victoria).
______________________________________________________________________
Phase contrast microscope (Zernike):
- superponeert gebroken licht en doorgelaten licht verschoven uit fase,
- onthult verschillen in brekingsindex als patronen van licht en donker
- kan worden gebruikt om levende cellen en cellulaire organellen te bekijken
Hoorcollege 2: Gisten en Schimmels
Gertien Smits
Biomedische Wetenschappen - Universiteit van Amsterdam 2019/2020
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Hoorcollege 1: Bacterien, Archaea & Bacteriofagen
Leendert Harmoen
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Bacteriële ziekten:
Streptococcus pneumoniae Longontsteking
Mycobacterium tuberculosis Tuberculose (TB)
Salmonella typhimurium Voedselvergiftiging
Escherichia coli
Helicobacter pylori Maagzweer
Neisseria gonorrhoeae Gonorroe
Legionella pneumophila Veteranenziekte
Haemophilus influenzae Hersenvliesontsteking
Bacillus anthracis Miltvuur (antrax)
______________________________________________________________________
Schimmelinfecties:
Planten:
Fusarium / Phytophthora: Fusarium oxysporum: bananenziekte
Phytophthora infestants: behoort eigenlijk niet
tot de schimmels: produceren mycotoxines >
Aardappelziekte
Mensen:
Candida albicans: (oraal, vaginaal) Opportunistische infectie, kan optreden bij
mensen met een verminderde afweer: bijv.
aids). Normaal gesproken ongevaarlijk.
______________________________________________________________________
Eukaryoten protozoa:
Plasmodium falciparum: Eencellige parasiet: veroorzaakt malaria
, Trypanosoma brucei: Eencellige parasiet: veroorzaakt slaapziekte
Leishmania major: Parasiet: veroorzaakt zandmug ziekte
Virusziekten
Hepatitis, dengue, HIV, polio, measles
______________________________________________________________________
Keywords explained:
● MRSA: methicillin-resistant Staphylococcus aureus
- Staphylococcus aureus is een stafylokok die toxinen afscheidt en grampositief kleurt. De
toxinen hebben een negatieve werking op het menselijk lichaam. Staphylococcus aureus zit
in 20 tot 30 procent van de gevallen op de huid van mens en dier en op de slijmvliezen,
zoals de neusholte.
______________________________________________________________________
Immunization Prevents Disease
● Vaccine (attenuated): Louis Pasteur (1822-1895) ontwikkelde de eerste vaccins op
basis van verzwakte stammen: gevoogelte cholera, hondsdolheid
● Immunisatie: de stimulering van een immuunrespons door opzettelijke inenting met een
verzwakte ziekteverwekker
______________________________________________________________________
Symbiose nutrienten:
● Symbiosis: het langdurig samenleven van twee of meer organismen van verschillende
soorten waarbij de samenleving voor ten minste een van de organismen gunstig of zelfs
noodzakelijk is.
> Rhizobium: wortelknobbelbacteriën, leven in symbiose met vlinderbloemige planten
soorten (peulvruchten), leggen voor de planten de stikstof uit de lucht vast
(stikstoffixatie) vanwege de voedselarme grond. Ze verkrijgen hun eigen energie uit de
assimilaten van de plant (heterotroof).
> Micorrhiza (fungi): samenwerkingsvorm tussen schimmels en de wortels van planten:
zorgen voor een groter wortelnetwerk > de plant kan efficiënter nutriënten uit de grond
opnemen > planten zorgen dan weer voor de suikers (voedsel) voor de schimmels
> Lichens (korstmossen): samenwerkingsvorm (mutualistisch) tussen schimmel en
alg, de schimmel zorgt voor bepaalde structuur dat als leefomgeving dient voor de alg >
nutriënten worden uitgewisseld > kunnen soms niet zonder elkaar overleven
- symbiose tussen ascomycete en cyanobacterien
, ● Microbiome: het totaal aan micro organismen die op en in ons lichaam leven en hun
genetisch materiaal
● Flemming: in 1929, Alexander Flemming: ontdekte dat de Penicillium schimmel een
substantie uitscheidde dat bacterien dood.
● Examples of food preservation/processing: bier, wijn, mexicaanse pulque,
zuurdesem, zuurkool, salami, thempeh, natto, kaas
______________________________________________________________________
Essential roles & useful activities:
Bacterien Virussen
Huidflora Onder controle houden algengroei
Darmflora Tullip breaking virus (decoratie)
Bewaren en bereiden van eten Gentherapie en transformatie van eukaryote
cellen
Stikstoffixatie
Waterzuivering
______________________________________________________________________
Observing the bacterial cell:
● Robert Hooke (1635–1703)
- Built the first compound microscope
- Gebruikte de microscoop voor het observeren van schimmel
- Published Micrographia, the first manuscript that illustrated objects under the
microscope
- Bedenker van de term: “cell”
● Shapes:
bacilli (staafjes)
cocci (rondjes in paren of strengen), diplococci (gepaarde cocci)
spiral (spiraalvormig)
● Microbial scale (micrometres): van 1 milimeter tot 1 micrometer
Light microscopy:
● Wavelength visible light~bacterial cell: golflengte moet gelijk of kleiner zijn dan het
object dat men wil bekijken. Zichtbaar licht is hier een voorbeeld van omdat je met een
lichtmicroscoop bacteriën kunt zien
, ● Phase-Contrast Microscopy: Microscoop waarbij met behulp van faseverschillen een
contrast gecreëerd wordt waarmee in levende transparante cellen de structuren gezien
kunnen worden.
● Brightfield: genereert een donkere afbeelding van een object op een lichte achtergrond.
● Oil immersion: techniek die wordt gebruikt om het oplossend vermogen van een
microscoop te vergroten: vergroot de resolutie.
______________________________________________________________________
Gram positive/negative:
● Gram-stain (1884): gramkleuring, methode om bacteriën te kleuren om ze zo onder een
lichtmicroscoop zichtbaar te maken. Hans Christian Gram (1853-1938).
● Gram-positive: bacteriën behouden de kristalviolette vlek > dikke celwand
● Gram-negative: bacteriën behouden niet de kristalviolette vlek, maar hebben wel een
buitenmembraan > dunne celwand
● Negative stain: kleurt de achtergrond, waardoor de capsules van de bacteriën beter
zichtbaar worden
______________________________________________________________________
Fluorescence Microscopy:
Het monster/de specimen absorbeert licht van een bepaalde golflengte en zendt dan licht uit
van een lagere energie: ofwel een grotere golflengte > specimen fluorescens
● DAPI: kleuring die bindt aan het DNA en het DNA oplicht.
● Immunofluorescence (primary/secondary antibody): elk eiwit beschikt over een
antilichaam dat bindt aan het eiwit, ook wel de primary antibody (altijd anders, niet te
kleuren), vervolgens bindt daaraan een secondary antibody met een fluorescente
eiwitgroep.
● GFP (Green Fluorescence Protein): eiwit dat groen kleurt als je erop schijnt met blauw
licht. Het eiwit is genetisch te koppelen aan andere eiwitten (ook in levende cellen) om
deze te kleuren. Het eiwit is afkomstig van de kwal (Aequeorea Victoria).
______________________________________________________________________
Phase contrast microscope (Zernike):
- superponeert gebroken licht en doorgelaten licht verschoven uit fase,
- onthult verschillen in brekingsindex als patronen van licht en donker
- kan worden gebruikt om levende cellen en cellulaire organellen te bekijken
Hoorcollege 2: Gisten en Schimmels
Gertien Smits
