MOLECULAIRE EPIDEMIOLOGIE
Studiemateriaal:
- Molecular biology of the cell, Alberts et al. (college 1)
- Wetenschappelijke artikelen (colleges 1 t/m 6)
- Powerpoint presentaties
Toets bestaande uit:
- MC vragen over de lessen (telt voor 60% mee)
- Open vragen over nieuw artikel (telt voor 40% mee)
WERKCOLLEGE 1: INLEIDING MOLECULAIRE EVOLUTIE
Doelstellingen:
• Kennis van diverse typeringstechnieken
- Epidemiologische moleculaire markers
- Genetische variatie van micro-organismen
• Inzicht van toepassingen van typeringstechnieken
- Verspreiding van resistente bacterien en virussen.
- Interpretatie van moleculair epidemiologische data.
• Kritisch lezen van wetenschappelijke artikelen.
Algemene opdrachten bij artikelen
1. Schrijf een samenvatting van het artikel in je eigen woorden. Gebruik maximaal 5 zinnen.
2. Wat is het exacte doel van deze studie en waar in het stuk staat dit expliciet beschreven? Zijn
de auteurs hier duidelijk genoeg in?
3. Is het duidelijk waarom men dit onderzoek heeft uitgevoerd? Wat is de probleemstelling?
4. Waarom is voor de beschreven methode(n) gekozen?
5. Zijn de Materials and Methods nauwkeurig genoeg beschreven om de experimenten te
kunnen herhalen op je eigen lab? Zet ‘materiaal & methode’ om in een protocol.
6. Welke figu(u)r(en)/ tabel(len) geeft/ geven de conclusie volgens jou weer? Beschrijf duidelijk
waarom! (belangrijk!)
Veelvoorkomende opbouw van wetenschappelijke artikelen
• Samenvatting (soms met onderverdeling)
• Inleiding
• Materiaal en methode
• Resultaten
• Discussie
• Dankwoord
• Referenties (verwijzingen naar andere publicaties
,Short notes
• Samenvatting
• Verdere onderverdeling is niet als zodanig aangegeven, maar wel uit de tekst op te maken en
heeft meestal dezelfde opbouw als normale wetenschappelijke artikelen
• Referenties
Reviews
Groter breder perspectief.
• Samenvatting
• Inleiding
• “Literatuurstudie”
• Conclusie
• Referenties
Moleculaire epidemiologie?
Epidemiologie: de epidemiologie is de wetenschappelijke
studie van het voorkomen en de verspreiding van ziekten
onder de bevolking. De epidemiologie houdt zich dus niet
bezig met de diagnose en behandeling, maar probeert uit te
zoeken wie er door een ziekte getroffen worden en welke
factoren dat in de hand werken of juist niet (leeftijd, geslacht,
besmettingsbronnen, voeding etc).
John Snow (York (Engeland), 16 maart 1813 - Londen, 16 juni
1858) is de Britse grondlegger van de huidige wetenschappen
van de epidemiologie en de volksgezondheid. Snow ontdekte dat de cholera-epidemie van 1854 in
Londen werd veroorzaakt door besmet water uit de waterpomp op Broadstreet.
De door dr. Snow gehanteerde technieken worden in de huidige epidemiologische studies nog steeds
toegepast.
Snow veronderstelde dat iemand cholera krijgt door water dat besmet is door afval van andere
cholerapatiënten. Hij stond sceptisch tegenover de miasmatheorie, die in zijn tijd gangbaar was.
1) miasma: benaming voor uitwasemingen van rottende stoffen, van moerassen e.d.,die geacht
worden ziekten te veroorzaken
De infectietheorie was nog niet beschreven. Daarom wist hij niet waardoor de ziekte werd
overgebracht. Later gebruikte Snow een kaart met stippen om te laten zien dat er in de buurt van de
pomp veel choleragevallen voorkwamen. Hij maakte ook vakbekwaam gebruik van statistische
methoden om te laten zien wat het verband is tussen de kwaliteit van bronwater en cholera.
Over Broad Street schreef hij:
Toen ik daar aankwam ontdekte ik dat bijna alle sterfgevallen dicht bij de pomp hadden
plaatsgevonden. In huizen die overduidelijk dichter bij een andere straatpomp stonden waren maar
tien doden. In vijf van die gevallen vertelden de familieleden mij dat de overledenen altijd water bij
de Broad-Streetpomp hadden laten halen, omdat ze dat liever hadden dan water van pompen die
dichterbij stonden. In drie andere gevallen waren het kinderen die overleden waren. Ze hadden vlak
bij de pomp van Broad Street op school gezeten...Wat de sterfgevallen betreft die plaatsvonden in de
omgeving van de pomp, er waren 61 gevallen waarover mij is verteld dat de overledenen gewend
waren om - altijd of zo nu en dan - water uit de pomp van Broad Street te drinken...
, Het resultaat van het onderzoek is dat daar, in dat deel van Londen, geen specifieke uitbraak of
verspreiding van cholera is geweest, behalve bij mensen die gewend waren water uit de hierboven
genoemde pomp te drinken...
Op de zevende (7 september) had ik 's avonds een gesprek met de Board of Guardians [een soort
gemeenteraad voor armen] van de St-Jamesparochie. Ik heb de situatie aan hen voorgelegd. Naar
aanleiding van wat ik heb gezegd werd de volgende dag de zwengel van de pomp gehaald.
Het onderzoek van John Snow was een belangrijke mijlpaal in de geschiedenis van de
volksgezondheid. Het kan beschouwd worden als het moment waarop de wetenschap epidemiologie
ontstond.
.
.
.
.
.
.
.
Pearson correlation (Opt:1.00%) [5.0%-90.0%]
PFGE
100
80
60
40
PFGE
20
Wat hebben deze 2 afbeeldingen met elkaar gemeen?
- Allebei illustreren zij de mate van verwantschap.
Epidemiologische vraagstukken
Wat zien we hier?
We zien hier besmettingscurves. Weergegeven 1e golf 2e golf, alle mogelijkheden die er zijn. Dit zijn
vraagstukken over een uitbraak die ook m.b.v. moleculaire technieken antwoorden kan geven op
bepaalde vragen.
, ‘Family tree shows the path of the virus’
Genetische epidemiologie van het nieuwe corona virus; Sars-CoV2
In detail een plaatje van het corona virus. Je moet ook zo’n plaatje kunnen
gaan analyseren en begrijpen. Dit plaatje laat dus de route van het virus zien.
Zo kan je ook de verwantschap en verschillen tussen de virussen zien.
Les 2: Mycobacterium tuberculosis
• Verwekker van tuberculose
• Wereldwijde infectieziekte met veel slachtoffers (per jaar overlijden 2 miljoenen mensen).
• Gecombineerde HIV/tuberculose epidemie
• Multi-drugresistentie
• Public Health (GGD):
- Meldingsplichtige ziekte. Zodra wordt vastgesteld dat iemand het heeft moet het gelijk
doorgegeven worden.
- Actief bron, contact opsporing
Casus: uitbraak van TB
• Index case: 2,5 jaar oud kind in Harlingen met tuberculose meningitis
• Bron opsporing gestart vanuit geïnfecteerde individuen: ‘klassiek’ epidemiologisch onderzoek
• Bron, contactopsporing
Dit is niet anders dan wat ze bij corona doen. Eerst op zoek naar de bron van de patiënt. Dan
beginnen met de bron source (de moeder, kind) deze blijken veel in de bars te komen. Dan op zoek
naar de mensen die ook in die bar komen.
• Spoedig al 130 geïnfecteerde personen geïdentificeerd die allemaal een of meer kroegen in
Harlingen hadden bezocht.
• Na tv-uitzendingen over deze uitbraak melden zich mensen met tuberculose uit heel
Nederland
• Zijn al deze gevallen gerelateerd?
- Moleculaire typering.
Zelfstudie: twee artikelen
• Artikel les 2: casus TB uitbraak
• Artikel les 2: inf. Bulletin TB
Studiemateriaal:
- Molecular biology of the cell, Alberts et al. (college 1)
- Wetenschappelijke artikelen (colleges 1 t/m 6)
- Powerpoint presentaties
Toets bestaande uit:
- MC vragen over de lessen (telt voor 60% mee)
- Open vragen over nieuw artikel (telt voor 40% mee)
WERKCOLLEGE 1: INLEIDING MOLECULAIRE EVOLUTIE
Doelstellingen:
• Kennis van diverse typeringstechnieken
- Epidemiologische moleculaire markers
- Genetische variatie van micro-organismen
• Inzicht van toepassingen van typeringstechnieken
- Verspreiding van resistente bacterien en virussen.
- Interpretatie van moleculair epidemiologische data.
• Kritisch lezen van wetenschappelijke artikelen.
Algemene opdrachten bij artikelen
1. Schrijf een samenvatting van het artikel in je eigen woorden. Gebruik maximaal 5 zinnen.
2. Wat is het exacte doel van deze studie en waar in het stuk staat dit expliciet beschreven? Zijn
de auteurs hier duidelijk genoeg in?
3. Is het duidelijk waarom men dit onderzoek heeft uitgevoerd? Wat is de probleemstelling?
4. Waarom is voor de beschreven methode(n) gekozen?
5. Zijn de Materials and Methods nauwkeurig genoeg beschreven om de experimenten te
kunnen herhalen op je eigen lab? Zet ‘materiaal & methode’ om in een protocol.
6. Welke figu(u)r(en)/ tabel(len) geeft/ geven de conclusie volgens jou weer? Beschrijf duidelijk
waarom! (belangrijk!)
Veelvoorkomende opbouw van wetenschappelijke artikelen
• Samenvatting (soms met onderverdeling)
• Inleiding
• Materiaal en methode
• Resultaten
• Discussie
• Dankwoord
• Referenties (verwijzingen naar andere publicaties
,Short notes
• Samenvatting
• Verdere onderverdeling is niet als zodanig aangegeven, maar wel uit de tekst op te maken en
heeft meestal dezelfde opbouw als normale wetenschappelijke artikelen
• Referenties
Reviews
Groter breder perspectief.
• Samenvatting
• Inleiding
• “Literatuurstudie”
• Conclusie
• Referenties
Moleculaire epidemiologie?
Epidemiologie: de epidemiologie is de wetenschappelijke
studie van het voorkomen en de verspreiding van ziekten
onder de bevolking. De epidemiologie houdt zich dus niet
bezig met de diagnose en behandeling, maar probeert uit te
zoeken wie er door een ziekte getroffen worden en welke
factoren dat in de hand werken of juist niet (leeftijd, geslacht,
besmettingsbronnen, voeding etc).
John Snow (York (Engeland), 16 maart 1813 - Londen, 16 juni
1858) is de Britse grondlegger van de huidige wetenschappen
van de epidemiologie en de volksgezondheid. Snow ontdekte dat de cholera-epidemie van 1854 in
Londen werd veroorzaakt door besmet water uit de waterpomp op Broadstreet.
De door dr. Snow gehanteerde technieken worden in de huidige epidemiologische studies nog steeds
toegepast.
Snow veronderstelde dat iemand cholera krijgt door water dat besmet is door afval van andere
cholerapatiënten. Hij stond sceptisch tegenover de miasmatheorie, die in zijn tijd gangbaar was.
1) miasma: benaming voor uitwasemingen van rottende stoffen, van moerassen e.d.,die geacht
worden ziekten te veroorzaken
De infectietheorie was nog niet beschreven. Daarom wist hij niet waardoor de ziekte werd
overgebracht. Later gebruikte Snow een kaart met stippen om te laten zien dat er in de buurt van de
pomp veel choleragevallen voorkwamen. Hij maakte ook vakbekwaam gebruik van statistische
methoden om te laten zien wat het verband is tussen de kwaliteit van bronwater en cholera.
Over Broad Street schreef hij:
Toen ik daar aankwam ontdekte ik dat bijna alle sterfgevallen dicht bij de pomp hadden
plaatsgevonden. In huizen die overduidelijk dichter bij een andere straatpomp stonden waren maar
tien doden. In vijf van die gevallen vertelden de familieleden mij dat de overledenen altijd water bij
de Broad-Streetpomp hadden laten halen, omdat ze dat liever hadden dan water van pompen die
dichterbij stonden. In drie andere gevallen waren het kinderen die overleden waren. Ze hadden vlak
bij de pomp van Broad Street op school gezeten...Wat de sterfgevallen betreft die plaatsvonden in de
omgeving van de pomp, er waren 61 gevallen waarover mij is verteld dat de overledenen gewend
waren om - altijd of zo nu en dan - water uit de pomp van Broad Street te drinken...
, Het resultaat van het onderzoek is dat daar, in dat deel van Londen, geen specifieke uitbraak of
verspreiding van cholera is geweest, behalve bij mensen die gewend waren water uit de hierboven
genoemde pomp te drinken...
Op de zevende (7 september) had ik 's avonds een gesprek met de Board of Guardians [een soort
gemeenteraad voor armen] van de St-Jamesparochie. Ik heb de situatie aan hen voorgelegd. Naar
aanleiding van wat ik heb gezegd werd de volgende dag de zwengel van de pomp gehaald.
Het onderzoek van John Snow was een belangrijke mijlpaal in de geschiedenis van de
volksgezondheid. Het kan beschouwd worden als het moment waarop de wetenschap epidemiologie
ontstond.
.
.
.
.
.
.
.
Pearson correlation (Opt:1.00%) [5.0%-90.0%]
PFGE
100
80
60
40
PFGE
20
Wat hebben deze 2 afbeeldingen met elkaar gemeen?
- Allebei illustreren zij de mate van verwantschap.
Epidemiologische vraagstukken
Wat zien we hier?
We zien hier besmettingscurves. Weergegeven 1e golf 2e golf, alle mogelijkheden die er zijn. Dit zijn
vraagstukken over een uitbraak die ook m.b.v. moleculaire technieken antwoorden kan geven op
bepaalde vragen.
, ‘Family tree shows the path of the virus’
Genetische epidemiologie van het nieuwe corona virus; Sars-CoV2
In detail een plaatje van het corona virus. Je moet ook zo’n plaatje kunnen
gaan analyseren en begrijpen. Dit plaatje laat dus de route van het virus zien.
Zo kan je ook de verwantschap en verschillen tussen de virussen zien.
Les 2: Mycobacterium tuberculosis
• Verwekker van tuberculose
• Wereldwijde infectieziekte met veel slachtoffers (per jaar overlijden 2 miljoenen mensen).
• Gecombineerde HIV/tuberculose epidemie
• Multi-drugresistentie
• Public Health (GGD):
- Meldingsplichtige ziekte. Zodra wordt vastgesteld dat iemand het heeft moet het gelijk
doorgegeven worden.
- Actief bron, contact opsporing
Casus: uitbraak van TB
• Index case: 2,5 jaar oud kind in Harlingen met tuberculose meningitis
• Bron opsporing gestart vanuit geïnfecteerde individuen: ‘klassiek’ epidemiologisch onderzoek
• Bron, contactopsporing
Dit is niet anders dan wat ze bij corona doen. Eerst op zoek naar de bron van de patiënt. Dan
beginnen met de bron source (de moeder, kind) deze blijken veel in de bars te komen. Dan op zoek
naar de mensen die ook in die bar komen.
• Spoedig al 130 geïnfecteerde personen geïdentificeerd die allemaal een of meer kroegen in
Harlingen hadden bezocht.
• Na tv-uitzendingen over deze uitbraak melden zich mensen met tuberculose uit heel
Nederland
• Zijn al deze gevallen gerelateerd?
- Moleculaire typering.
Zelfstudie: twee artikelen
• Artikel les 2: casus TB uitbraak
• Artikel les 2: inf. Bulletin TB
