Geïntegreerd practicum: moleculaire en
menselijke genetica
Lore Totté, Evie Van Puyvelde en Femke Van Nimmen
S0223527, S0223080 en S0213580
Groep 12
,Tabel producten met hun functie
Product Functie
0,9% NaCl Spoeloplossing dat de cellen intact houdt.
(natriumchloride)
Lysisbuffer: Openbreken van de cellen.
- Tris - Helpt om de pH stabiel te houden
(pH=8,0) licht basisch, optimaal voor
de stabiliteit van de biomoleculen.
- NaCl - Verhoogt ionensterkte in oplossing
stabilisatie van nucleïnezuren + helpt bij
oplossen van biomoleculen door de
verstoring van ionische interacties
tussen DNA en eiwitten.
- Chelerend middel dat divalente
- EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid) kationen bindt. De activiteit van
nucleasen wordt geremd, zodat
DNA/RNA intact blijft.
- SDS (sodium dodecyl sulfate) - Anionisch detergent dat celmembranen
afbreekt door lipiden op te lossen en
eiwitten te denatureren.
Proteïnase K Enzym dat de contaminerende eiwitten
afbreekt die aan DNA gebonden zijn, door
peptidebindingen te hydrolyseren. Biedt een
brede specificiteit en thermische stabiliteit. Het
is dus nodig om zuiver DNA te isoleren.
100% ethanol Zorgt ervoor dat een DNA vlok ontstaat door
ontwatering DNA.
70% ethanol Zorgt voor sterilisatie, reiniging en milde fixatie.
−4
TE buffer Oplossing voor DNA en zorgt ervoor dat DNA
stabiel blijft en niet wordt afgebroken.
- EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid)
- TrisHCl - Zie boven
- Zorgt voor een stabiele pH.
Verzadigd NaCl Breekt de mantel rond de eiwitten af, waardoor
eiwitten gaan neerslaan.
TBE-buffer: - TRIS boorzuur - Stabilisatie pH, voorkomt dat DNA
degradeert en helpt bij migratie
nucleïnezuren. (neg-pool pos-pool)
2
, - EDTA - Zie boven
Gelred Zorgt ervoor dat DNA zichtbaar wordt op de
agarosegel (intercalerend molecuul).
Sample loading mix: - EDTA - zie boven
- SDS - zie boven
- Sucrose - zorgt ervoor dat de stalen zwaarder
worden, waardoor het staal in het slotje
- broomfenolblauw zakt.
- kleurstof die toelaat migratie van DNA
tijdens elektroforese te volgen.
Agarose Polysacharide dat gelvormig netwerk vormt
waarin DNA kan migreren.
Mastermix PCR:
- PCR-buffer (kleurloos/ groen) - Voorziet een optimale pH, ionische
stabiliteit, levert magnesiumionen en
maximaliseert de enzymactiviteit.
(groen bevat ladingsbuffer voor de
agarosegel)
- MgCl2 - Essentiële cofactor voor de werking van
DNA Taq polymerase.
- bindt complementair aan een specifieke
- Forward primer
sequentie op de 3’-5’-streng van het
DNA. Dit is de startplaats voor DNA
polymerase.
- Bindt complementair aan een specifieke
- Reverse primer sequentie op de 5’-3’-streng van het
DNA. Hieruit wordt het DNA
gesynthetiseerd in de tegengestelde
richting van de forward primer.
- dNTP’s - Deoxyribonucleotides trifosfaat: wordt
gebruikt bij PCR om de nieuwe DNA
streng te synthetiseren.
- DNA Taq polymerase
- Katalysator enzym voor DNA-synthese.
Na acetaat Wordt gebruikt bij PCR-cleaning om Taq
polymerase en de primers van het PCR-product
te scheiden waardoor het PCR-product kan
neerslaan.
T-tailed plasmide vector (TOPO kit Invitrogen) T-tailed: overhangende T’s waardoor deze aan
de A’s (die aangemaakt zijn door de Taq
polymerase) kunnen binden.
SOC-medium (TOPO kit Invitrogen) Staat voor ‘super optimal broth with catabolite
repression medium’. Medium dat gebruikt
wordt voor het optimaliseren van de
3
menselijke genetica
Lore Totté, Evie Van Puyvelde en Femke Van Nimmen
S0223527, S0223080 en S0213580
Groep 12
,Tabel producten met hun functie
Product Functie
0,9% NaCl Spoeloplossing dat de cellen intact houdt.
(natriumchloride)
Lysisbuffer: Openbreken van de cellen.
- Tris - Helpt om de pH stabiel te houden
(pH=8,0) licht basisch, optimaal voor
de stabiliteit van de biomoleculen.
- NaCl - Verhoogt ionensterkte in oplossing
stabilisatie van nucleïnezuren + helpt bij
oplossen van biomoleculen door de
verstoring van ionische interacties
tussen DNA en eiwitten.
- Chelerend middel dat divalente
- EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid) kationen bindt. De activiteit van
nucleasen wordt geremd, zodat
DNA/RNA intact blijft.
- SDS (sodium dodecyl sulfate) - Anionisch detergent dat celmembranen
afbreekt door lipiden op te lossen en
eiwitten te denatureren.
Proteïnase K Enzym dat de contaminerende eiwitten
afbreekt die aan DNA gebonden zijn, door
peptidebindingen te hydrolyseren. Biedt een
brede specificiteit en thermische stabiliteit. Het
is dus nodig om zuiver DNA te isoleren.
100% ethanol Zorgt ervoor dat een DNA vlok ontstaat door
ontwatering DNA.
70% ethanol Zorgt voor sterilisatie, reiniging en milde fixatie.
−4
TE buffer Oplossing voor DNA en zorgt ervoor dat DNA
stabiel blijft en niet wordt afgebroken.
- EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid)
- TrisHCl - Zie boven
- Zorgt voor een stabiele pH.
Verzadigd NaCl Breekt de mantel rond de eiwitten af, waardoor
eiwitten gaan neerslaan.
TBE-buffer: - TRIS boorzuur - Stabilisatie pH, voorkomt dat DNA
degradeert en helpt bij migratie
nucleïnezuren. (neg-pool pos-pool)
2
, - EDTA - Zie boven
Gelred Zorgt ervoor dat DNA zichtbaar wordt op de
agarosegel (intercalerend molecuul).
Sample loading mix: - EDTA - zie boven
- SDS - zie boven
- Sucrose - zorgt ervoor dat de stalen zwaarder
worden, waardoor het staal in het slotje
- broomfenolblauw zakt.
- kleurstof die toelaat migratie van DNA
tijdens elektroforese te volgen.
Agarose Polysacharide dat gelvormig netwerk vormt
waarin DNA kan migreren.
Mastermix PCR:
- PCR-buffer (kleurloos/ groen) - Voorziet een optimale pH, ionische
stabiliteit, levert magnesiumionen en
maximaliseert de enzymactiviteit.
(groen bevat ladingsbuffer voor de
agarosegel)
- MgCl2 - Essentiële cofactor voor de werking van
DNA Taq polymerase.
- bindt complementair aan een specifieke
- Forward primer
sequentie op de 3’-5’-streng van het
DNA. Dit is de startplaats voor DNA
polymerase.
- Bindt complementair aan een specifieke
- Reverse primer sequentie op de 5’-3’-streng van het
DNA. Hieruit wordt het DNA
gesynthetiseerd in de tegengestelde
richting van de forward primer.
- dNTP’s - Deoxyribonucleotides trifosfaat: wordt
gebruikt bij PCR om de nieuwe DNA
streng te synthetiseren.
- DNA Taq polymerase
- Katalysator enzym voor DNA-synthese.
Na acetaat Wordt gebruikt bij PCR-cleaning om Taq
polymerase en de primers van het PCR-product
te scheiden waardoor het PCR-product kan
neerslaan.
T-tailed plasmide vector (TOPO kit Invitrogen) T-tailed: overhangende T’s waardoor deze aan
de A’s (die aangemaakt zijn door de Taq
polymerase) kunnen binden.
SOC-medium (TOPO kit Invitrogen) Staat voor ‘super optimal broth with catabolite
repression medium’. Medium dat gebruikt
wordt voor het optimaliseren van de
3
