NOTITIES WC 19/11/2025
mRNA voor translatie:
5’cap – untranslated region (UTR) – Coderend deel – UTR – poly-A-staart
Opdr 6: Exon = 650 nt, UTR = 450 nt, Poly-A = 200 nt
UTR = stuk van startsite tot eerste exon, en eind laatste exon tot terminatie site
PAP poly A polymerase: voegt Ax 200 toe, na klieving (knippen) en heeft geen template
nodig. Het gebruikt hiervoor ATP. Het GU-rijke 3’ uiteinde van het pre-mRNA wordt
gecodeerd door het gen.
ATP is een nucleotide dus daardoor wordt het gebruikt, dus het is een base A en PAP
verbruikt ATP.
Voor splicing worden wel RNA’s gebruikt.
Opdrachten deel A
1. Vul in.
Grote: 5S rRNA, 28S rRNA, 5.8S rRNA, 49 eiwitten
Kleine: 18S rRNA, 33 eiwitten
2. Beschrijf stapsgewijs de route die ribosomale eiwitten hebben afgelegd in de cel,
beginnend bij de transcriptie van de genen die coderen voor deze eiwitten en
eindigend bij hun assemblage in het ribonucleoproteine complex.
Start aflezen gen van ribosomale eiwitten, deze transcriptie is in de celkern.
Hieruit ontstaat het mRNA. Vervolgens translatie in het cytoplasma van de
ribosomale eiwitten. Deze eiwitten gaan vervolgens de nucleolus in, waarna ze
samen met ribosomale RNA’s gezet kunnen worden en zo bijdragen aan ribosoom
vorming.
3. 28S, 5.8S en 18S rRNA worden gemaakt uit 35S precursor-rRNA. Waar en door
welk polymerase vindt transcriptie van dit rRNA gen plaats en hoe komt het
, chromosomaal DNA op die plek?
Door DNA polymerase I, het wordt gedaan in de kern, specifiek in de nucleolus.
Door chemische modificatie wordt vanuit 35S de volgende rRNA gemaakt: 28S,
5.8S, 18S.
DNA vormt loops, waardoor het op verschillende locaties in de celkern (de
nucleolus) terecht kan komen.
4. Het precursor 35S rRNA wordt geprocessed en gemodificeerd door snoRNPs.
a. Waar staat de afkorting snoRNP in figuur 6-43 voor?
snoRNP = small nucleoler ribonucleic proteins
b. Uit welke onderdelen bestaan deze snoRNPs?
Figuur 6-43: RNA en eiwitten
c. Hoe en waar worden de onderdelen van deze snoRNPs gemaakt en welke RNA-
polymerases zijn daarbij betrokken?
Door polymerase II, dit gebeurt in de celkern. Translatie in cytoplasma.
SnoRNA worden ook afgeschreven door polymerase II. SnoRNP = RNA + eiwitten,
dit wordt gemaakt van intronen van coderende eiwitten, dus worden wel
afgeschreven.
5. In figuur 6-49 is te zie dat 5S RNA niet in de nucleolus maar in een ander deel van
de kern wordt
gemaakt en naar de nucleolus wordt getransporteerd. Zoek op p. 35S op door
welk RNApolymerase 5S RNA wordt afgeschreven.
5S wordt afgeschreven door RNA polymerase III
6. Uit de verschillende componenten die in de nucleolus samenkomen, wordt de
grote en de kleine ribosomale subunit gevormd. Wat kun je zeggen over een cel
als deze een grote nucleolus heef
In de cel is veel translatie doordat er veel ribosomale subunits nodig zijn en die
veel worden aangemaakt.
7. De nucleolus heeft niet alleen een rol in de biogenese van ribosomen, maar ook
andere non-coding RNA’s worden geprocessed en andere ribonucleoproteine
complexen worden gevormd in de nucleolus. Noem twee voorbeelden
Voorbeeld 1: splicing complexen: U6, U4
Voorbeeld 2: telomerase, signal recognition particles
, Op pagina 363 staat: the genetic code is translated by two sets of adaptors that act
sequentially. Each matches one molecular surface to another with great specificity, and it
is their combined action that associates each sequence of three nucleotides in the mRNA
molecule—that is, each codon—with its particular amino acid.
a) Wat wordt er bedoeld met deze “two sets of adaptors” en hoe komt hun grote
specificiteit tot stand?
Aminoacyl tRNA en tRNA, door deze aan elkaar te binding ontstaat een aminozuur
geladen tRNA. Grote specifiteit ontstaat doordat bij een hoge affiniteit tussen
synthetase en het tRNA, het goed genoeg aan elkaar bindt in de synthese site,
wanneer de affiniteit te laag is gaan het naar de editing site waar de binding wordt
verbroken en er weer een nieuw tRNA kan binden om zo de goede tRNA voor het
aminozuur te vinden. Het synthetase is dus specifiek voor het tRNA.
Adaptor 1: synthetase (zorgt voor binding aminozuur aan tRNA)
b) In figuur 6-61 worden aminoacyl-tRNA synthetases en DNA-polymerase in één
figuur geplaatst. Wat is de gelijkenis tussen deze twee eiwitten die in deze figuur
benadrukt wordt?
Gelijkenis is dat ze beide een editing site hebben en een synthese site, dus beide
proofreading.
Sommige aminozuren lijken qua structuur veel op elkaar (zoals isoleucine en valine)
waardoor ze allebei in beide actieve sites van het synthetase passen.
c) Wat kun je zeggen over de affiniteit voor isoleucine van de synthese- en editing
pocket van een valyl-tRNA synthetase als je die vergelijkt met de affiniteit voor
valine?
Affiniteit synthese pocket: affiniteit voor valine is hoger en die voor isoleucine is
lager
Affiniteit editing pocket: affiniteit voor isoleucine hoger en die voor valine lager
Affiniteit bij synthese pocket is het hoogste voor correcte aminozuur, maar kunnen
ook andere aminozuren binden.
d) Wat kun je zeggen over het verschil in specificiteit van de synthese pocket en de
editing pocket - van een aminoacyl-tRNA synthetase - voor de verschillende
aminozuren?
De specificiteit van de editingpocket is hoger dan die voor de synthese pocket. Er
kunnen meerdere aminozuren affiniteit hebben in synthese pocket, maar 1 heeft
het meeste. Editing pocket krijgt alleen de aminozuren die al in de synthese
pocket zijn geweest, maar kan er met maar 1 goede bindingen maken, dus
specifieker.
Synthese pocket
Editing pocket
Aminozuur eerst in synthese pocket, als genoeg binidng, dan naar editing pocket. Als niet
bindt in editing pocket, dan wel goede aminozuur, als wel bindt in editing pocket dan laat
het aminozuur los.
mRNA voor translatie:
5’cap – untranslated region (UTR) – Coderend deel – UTR – poly-A-staart
Opdr 6: Exon = 650 nt, UTR = 450 nt, Poly-A = 200 nt
UTR = stuk van startsite tot eerste exon, en eind laatste exon tot terminatie site
PAP poly A polymerase: voegt Ax 200 toe, na klieving (knippen) en heeft geen template
nodig. Het gebruikt hiervoor ATP. Het GU-rijke 3’ uiteinde van het pre-mRNA wordt
gecodeerd door het gen.
ATP is een nucleotide dus daardoor wordt het gebruikt, dus het is een base A en PAP
verbruikt ATP.
Voor splicing worden wel RNA’s gebruikt.
Opdrachten deel A
1. Vul in.
Grote: 5S rRNA, 28S rRNA, 5.8S rRNA, 49 eiwitten
Kleine: 18S rRNA, 33 eiwitten
2. Beschrijf stapsgewijs de route die ribosomale eiwitten hebben afgelegd in de cel,
beginnend bij de transcriptie van de genen die coderen voor deze eiwitten en
eindigend bij hun assemblage in het ribonucleoproteine complex.
Start aflezen gen van ribosomale eiwitten, deze transcriptie is in de celkern.
Hieruit ontstaat het mRNA. Vervolgens translatie in het cytoplasma van de
ribosomale eiwitten. Deze eiwitten gaan vervolgens de nucleolus in, waarna ze
samen met ribosomale RNA’s gezet kunnen worden en zo bijdragen aan ribosoom
vorming.
3. 28S, 5.8S en 18S rRNA worden gemaakt uit 35S precursor-rRNA. Waar en door
welk polymerase vindt transcriptie van dit rRNA gen plaats en hoe komt het
, chromosomaal DNA op die plek?
Door DNA polymerase I, het wordt gedaan in de kern, specifiek in de nucleolus.
Door chemische modificatie wordt vanuit 35S de volgende rRNA gemaakt: 28S,
5.8S, 18S.
DNA vormt loops, waardoor het op verschillende locaties in de celkern (de
nucleolus) terecht kan komen.
4. Het precursor 35S rRNA wordt geprocessed en gemodificeerd door snoRNPs.
a. Waar staat de afkorting snoRNP in figuur 6-43 voor?
snoRNP = small nucleoler ribonucleic proteins
b. Uit welke onderdelen bestaan deze snoRNPs?
Figuur 6-43: RNA en eiwitten
c. Hoe en waar worden de onderdelen van deze snoRNPs gemaakt en welke RNA-
polymerases zijn daarbij betrokken?
Door polymerase II, dit gebeurt in de celkern. Translatie in cytoplasma.
SnoRNA worden ook afgeschreven door polymerase II. SnoRNP = RNA + eiwitten,
dit wordt gemaakt van intronen van coderende eiwitten, dus worden wel
afgeschreven.
5. In figuur 6-49 is te zie dat 5S RNA niet in de nucleolus maar in een ander deel van
de kern wordt
gemaakt en naar de nucleolus wordt getransporteerd. Zoek op p. 35S op door
welk RNApolymerase 5S RNA wordt afgeschreven.
5S wordt afgeschreven door RNA polymerase III
6. Uit de verschillende componenten die in de nucleolus samenkomen, wordt de
grote en de kleine ribosomale subunit gevormd. Wat kun je zeggen over een cel
als deze een grote nucleolus heef
In de cel is veel translatie doordat er veel ribosomale subunits nodig zijn en die
veel worden aangemaakt.
7. De nucleolus heeft niet alleen een rol in de biogenese van ribosomen, maar ook
andere non-coding RNA’s worden geprocessed en andere ribonucleoproteine
complexen worden gevormd in de nucleolus. Noem twee voorbeelden
Voorbeeld 1: splicing complexen: U6, U4
Voorbeeld 2: telomerase, signal recognition particles
, Op pagina 363 staat: the genetic code is translated by two sets of adaptors that act
sequentially. Each matches one molecular surface to another with great specificity, and it
is their combined action that associates each sequence of three nucleotides in the mRNA
molecule—that is, each codon—with its particular amino acid.
a) Wat wordt er bedoeld met deze “two sets of adaptors” en hoe komt hun grote
specificiteit tot stand?
Aminoacyl tRNA en tRNA, door deze aan elkaar te binding ontstaat een aminozuur
geladen tRNA. Grote specifiteit ontstaat doordat bij een hoge affiniteit tussen
synthetase en het tRNA, het goed genoeg aan elkaar bindt in de synthese site,
wanneer de affiniteit te laag is gaan het naar de editing site waar de binding wordt
verbroken en er weer een nieuw tRNA kan binden om zo de goede tRNA voor het
aminozuur te vinden. Het synthetase is dus specifiek voor het tRNA.
Adaptor 1: synthetase (zorgt voor binding aminozuur aan tRNA)
b) In figuur 6-61 worden aminoacyl-tRNA synthetases en DNA-polymerase in één
figuur geplaatst. Wat is de gelijkenis tussen deze twee eiwitten die in deze figuur
benadrukt wordt?
Gelijkenis is dat ze beide een editing site hebben en een synthese site, dus beide
proofreading.
Sommige aminozuren lijken qua structuur veel op elkaar (zoals isoleucine en valine)
waardoor ze allebei in beide actieve sites van het synthetase passen.
c) Wat kun je zeggen over de affiniteit voor isoleucine van de synthese- en editing
pocket van een valyl-tRNA synthetase als je die vergelijkt met de affiniteit voor
valine?
Affiniteit synthese pocket: affiniteit voor valine is hoger en die voor isoleucine is
lager
Affiniteit editing pocket: affiniteit voor isoleucine hoger en die voor valine lager
Affiniteit bij synthese pocket is het hoogste voor correcte aminozuur, maar kunnen
ook andere aminozuren binden.
d) Wat kun je zeggen over het verschil in specificiteit van de synthese pocket en de
editing pocket - van een aminoacyl-tRNA synthetase - voor de verschillende
aminozuren?
De specificiteit van de editingpocket is hoger dan die voor de synthese pocket. Er
kunnen meerdere aminozuren affiniteit hebben in synthese pocket, maar 1 heeft
het meeste. Editing pocket krijgt alleen de aminozuren die al in de synthese
pocket zijn geweest, maar kan er met maar 1 goede bindingen maken, dus
specifieker.
Synthese pocket
Editing pocket
Aminozuur eerst in synthese pocket, als genoeg binidng, dan naar editing pocket. Als niet
bindt in editing pocket, dan wel goede aminozuur, als wel bindt in editing pocket dan laat
het aminozuur los.
