Colleges en practicum aantekeningen Biomoleculen (B1BI)

HC2 Microscopische technieken
Chromatische aberratie  verschillende kleuren worden anders afgebogen door lens
Sferische aberratie  verschillende brekingsindex, afstand
Resolutie = scheidend vermogen; is beter als numerieke apertuur NA (opening van de lens)
groter wordt
Lage NA is hoge dieptescherpte (dus beter voor overzicht)
Fase condenser voor contrast; darkfield illumination
Fluorescentie = als elektron van hoger aangeslagen toestand teruggaat  komt energie vrij
cλ
d= met d is afstand waarbij je 2 punten gescheiden ziet; NA = eigenschap lens; c = vaste
NA
factor;  = golflengte

WG 3.9 Meiose
6 verschillende fluorescentie kleuren  alle chromosomen kleuren door combinaties
Aan de perifere kant liggen de genen/chromosomen die niet actief zijn
Inactieve X-chromosoom komt in Barr-body
Extra kopieën van X worden geïnactiveerd = lyonisatie
Een reciproke translocatie ontstaat als twee stukken van twee verschillende chromosomen
afbreken en van plaats wisselen
Bij een gebalanceerde translocatie gaat er geen erfelijk materiaal verloren
Translocatie bepalen kan als je weet waar de breuk is en waar het vandaan komt

HC Endosomen (verdiepingscollege)
Endocytose pathway  stoffen komen de cel in via endocytose, gaan naar organellen of
naar ER voor afbraak
Aan endosomen kan je de state bepalen (vroeg, laat, enz.)  terwijl ze bewegen veranderen
ze
MHC worden gemaakt in ER en worden geëxporteerd naar het membraan
MHC-II moleculen komen in endosomen terecht  endosomen kunnen gerecycled worden
(dus MHC-II komt weer op membraan terecht zodat ze kunnen laten zien dat de cel
geïnfecteerd is) of in lysosomen terecht komen
Groeireceptoren wordt geactiveerd  signaal naar nucleus  moet niet oneindig door gaan
 door endocytose worden geactiveerde receptoren de cel in getrokken waar de inactief
worden  weer terug naar celmembraan en weer opnieuw
De binding van ubiquitine bepaald of receptor gerecycled of afgebroken wordt
Als endosomen in een soort wolk bij elkaar zitten bewegen ze weinig, maar als ze daarbuiten
zijn heel veel
Transport via microtubuli (negatieve kant bij nucleus)  motor nodig (die bepaalt niks, maar
GTPases)  GTPases kunnen aan en uit staan (kunnen ze niet zelf, zorgt voor regulatie), met
effector molecuul en motor doet het transport

HC Enzymen
Toevoegen van enzym  substraat bindt met enzym (ES-complex), lagere energie dan
beginsituatie  reactie vindt plaats (minder energie nodig dan zonder)  product
Binding enzym-substraat  geen sleutel-slot model want anders kan er niks veranderen 
induced-fit model = actieve zijde lijkt op product (die bindt dus beter dan het substraat)

, Hoe verandert de reactiesnelheid van een enzym onder verschillende omstandigheden?
Snelheid V bepaald door substraat concentratie [S]  deze verandert, dus bekijk begin van
reactie (V0 of Vi)
→ ← →
E+ S k 1 /k −1 ES k 2 E+ P  Michaelis-Menten vergelijking
Steady-state: [ES] aanmaak = [ES] afbraak
V [ S]
V = max met V is de initiële snelheid (dus op het begin)  grafiek is een soort
K M +[S ]
hyperbool waarbij Vmax eigenlijk nooit bereikt wordt, maar gaat er wel naartoe
Als [S] = KM volgt V = Vmax/2 dus Michaelis constante is concentratie S waarbij de snelheid half
maximaal is, soort van maat voor affiniteit (lage KM is hoge affiniteit)

Als [S] veel groter is dan KM geldt er V0 = Vmax en deze is afhankelijk van [E]
Daarom geldt er kcat wat het aantal moleculen S per enzym per seconde is  kcat = Vmax/[E]

k cat
Enzymen vergelijken  met kcat en KM  V 0= [ E ] [S ]
KM
Maximale waarde is het diffusie limiet  katalytisch perfect enzym

Analyseren  non-lineaire regressieanalyse van V0/[S] plot  lineaire stuk analyseren,
helling is de V0, deze plotten tegenover [S] daaruit volgen KM en Vmax

Enzym remming  reversibel:
- Competitief  vecht tegen het substraat waardoor substraat niet meer kan binding,
werkt niet bij hoge concentratie substraat want dan wint hij waardoor KM
omhooggaat en Vmax blijft hetzelfde
- Non-competitief  bindt op andere plaats waardoor enzym niet goed werkt,
bijvoorbeeld niet dichtklappen (op allostere bindingsplek) waardoor V max omlaag gaat
en KM niet want kan nog steeds binden
- Mixed non-competitief  bindt op allostere plek maar beïnvloed ook de ES-binding
waardoor Vmax omlaaggaat en KM omhoog
- Oncompetitief  bindt aan ES-complex waardoor Vmax en KM omlaaggaan

HC Kernvorming na mitose
Hoe kunnen eiwitten buiten de kern niet gevangen raken?
Kernmembraan wordt tijdens mitose in de profase gefragmenteerd  geen scheiding meer
 tijdens telofase en cytokinese wordt het weer opgebouwd  hoe zitten er geen eiwitten
in de kern die daar niet horen
Eiwitten bekijken met GFP en kernkleuring
Bij de vorming van het membraan gaan de eiwitten die in het cytosol horen daar zo snel
mogelijk heen en eiwitten die in de kern horen erin door een signaal
Hoe groter het eiwit is, hoe minder het in de kern gaat zitten
Alleen kleine eiwitten kunnen bij het DNA zitten waar het kernmembraan dan omheen gaat
DNA condenseert  volume wordt heel klein, alleen de kerneiwitten kunnen daarbij,
sommige niet maar die komen er wel snel in door het signaal
Proteosoom is een eiwit dat andere eiwitten afbreekt in de cel en in de kern, is wel een groot
eiwit
Nucleaire import en export  GTPase is betrokken  GTP gebonden en GDP