Genoom samenvatting deeltoets 1
Met plaatjes uit molecular biology of the cell (Alberts)
Week 2
Hoofdstuk 6 How cells read the genome
Central dogma-> Genetische informatie overdragen van DNA naar RNA en van RNA naar
eiwit
FROM DNA TO RNA
RNA Molecules Are Single-Stranded ***
Een cel kan een gen in verschillende mate van efficiëntie tot expressie laten komen, zowel
op niveau van transcriptie, als translatie.
DNA RNA
Deoxyribose nucleic acid Ribonucleic acid
Adenine, guanine, cytosine en thymine Adenine, guanine, cytosine en uracil
Dubbelstrengs Enkelstrengs
Basen zijn met waterstofruggen aan elkaar Kan met zichzelf een complementaire
gebonden binding aangaan en 3D structuren vormen
RNA Polymerase Carry Out Transcription **
RNA-polymerase ontwindt het DNA en zorgt voor een fosfordiester binding die de
nucleotiden aan elkaar bindt wat zorgt voor een RNA keten. De inkomende nucleotide zijn
ATP, CTP, GTP en UTP. De energie hiervan zorgt voor de polymerase reactiekracht.
Als de polymerase een verkeerde nucleotide invoegt, dan vervangt een watermolecuul de
pyrofosfaat en de nucleotide mono fosfaat komt vrij. (Proofreading).
De oriëntatie van de promotor bepaalt welke streng de coderende en welke de template
streng is.
DNA polymerase RNA polymerase
Voegt deoxyribonucleotiden toe Voegt ribonucleotiden toe
Heeft een primer nodig om te beginnen Kan zonder een primer beginnen met
(DNA primase) transcriberen (hoeft minder nauwkeurig
dan DNA-replicatie want dat draagt
genetische info)
Maakt een fout bij 1 op de 107 nucleotide Maakt een fout bij 1 op de 104 nucleotide
Laat tussendoor los (lagging strand) Blijft tot het einde zitten
Heeft een Mg 2+ molecuul Heeft een Mg 2+ molecuul
,Er kunnen meerdere polymerases tegelijk
actief zijn op één gen, waarbij elk
polymerase hetzelfde RNA-molecuul
synthetiseert, maar op verschillende
momenten gestart is met de transcriptie.
Cells Produce Different Categories of RNA
Molecules **
De RNA-moleculen die getransleerd worden
naar eiwitten, worden messenger-RNA’s (mRNA) genoemd. De RNA’s die niet coderen voor
eiwitten heten noncoding RNA’s.
Ze hebben wel een functie! (enzymatische bijvoorbeeld).
Afkortingen kunnen onderscheiden en toepassen.
Signals Encoded in DNA Tell RNA Polymerase Where to Start and Stop ***
Prokaryoten-> De sigmafactor zit op de polymerase en samen vormen ze het
polymerase holoenzym.
Stap 1: Ze glijden samen langs het DNA en binden als ze een DNA-sequentie
tegenkomen die de promotor is.
Stap 2: Op de promotor opent het holoenzym de dubbele DNA helix
(transcriptiebubbel). De sigmafactor bindt aan de ene streng en
polymerase begint met de transcriptie van de andere streng.
Stap 3: De transcriptie begint met abortive initiation, kleine stukjes RNA (core
enzym zit nog vast) (scrunching).
Stap 4: Als de poly zijn binding met promotor verbreekt (core enzym gaat
los) dan schiet hij los en gaat de sigma factor ook los en die wordt
later hergebruikt.
Stap 5: De elongatie begint nu (verdere transcriptie).
Stap 6: De elongatie stopt zodra hij een terminatie signaal tegen komt op
het DNA. Er wordt dan een hairpin structuur gevormd wat de
polymerase destabiliseert en laat los van het RNA.
Stap 7: Het RNA en het DNA laten los van de polymerase en de sigmafactor
bindt weer aan de polymerase.
, Transcription Start and Stop Signals Are Heterogeneous in Nucleotide Sequence ****
Een consensus nucleotide sequentie is een volgorde van nucleotiden waarin de meest
voorkomende nucleotide in een sequentie met dezelfde functie (bijvoorbeeld een
promotor) wordt weergeven. Het is dus een gemiddelde sequentie.
De sterkte van een promotor wordt gedefinieerd als de hoeveelheid initiaties per unit time
op de promotor. De efficiëntie van zo’n promotor hangt af van hoe sterk de promotor-
sequentie op de consensus-sequentie lijkt. Een promotor voor een veel voorkomend eiwit is
sterker dan voor een eiwit dat weinig voorkomt.
Transcription Initiation in Eukaryotes Requires Many Proteins ****
The Three RNA Polymerases in Eukaryotic
cells
Type of polymerase Genes transcribed
RNA polymerase 1 5.8S, 18S, and 28S rRNA genes
RNA polymerase 2 All protein-coding genes, plus snoRNA
genes, miRNA genes, siRNA genes, lncRNA
genes and most snRNA genes
RNA polymerase 3 tRNA genes, 5S rRNA genes, some snRNA
genes and genes for other small RNAs
The larger the S value, the larger the rRNA
Polymerase 1 en 3 transcriberen genen voor transfer RNA, ribosomaal RNA en kleine RNA’s.
Polymerase 2 transcribeert genen die allemaal coderen voor eiwitten en heeft transcriptie
factoren nodig.
Verschil tussen pro- en eukaryoten transcriptie is dat bij prokaryoten er een sigmafactor
nodig is en bij eukaryoten algemene transcriptiefactoren. Bij eukaryoten kan de transcriptie
alleen beginnen als het DNA in nucleosomen zit ingepakt.
RNA Polymerase 2 Requires a Set of General Transcription Factors *****
Om RNA-polymerase 2 goed op de promotor van eukaryoten DNA te krijgen zijn er
algemene transcriptie factoren nodig. De transcriptiefactoren zijn:
- TF2A - TF2C
- TF2B - TF2D
- TF2H - TF2F (aan polymerase)
De TBP die op de TF2D zit bindt op plek -30, de andere tussen -35 en +30
Met plaatjes uit molecular biology of the cell (Alberts)
Week 2
Hoofdstuk 6 How cells read the genome
Central dogma-> Genetische informatie overdragen van DNA naar RNA en van RNA naar
eiwit
FROM DNA TO RNA
RNA Molecules Are Single-Stranded ***
Een cel kan een gen in verschillende mate van efficiëntie tot expressie laten komen, zowel
op niveau van transcriptie, als translatie.
DNA RNA
Deoxyribose nucleic acid Ribonucleic acid
Adenine, guanine, cytosine en thymine Adenine, guanine, cytosine en uracil
Dubbelstrengs Enkelstrengs
Basen zijn met waterstofruggen aan elkaar Kan met zichzelf een complementaire
gebonden binding aangaan en 3D structuren vormen
RNA Polymerase Carry Out Transcription **
RNA-polymerase ontwindt het DNA en zorgt voor een fosfordiester binding die de
nucleotiden aan elkaar bindt wat zorgt voor een RNA keten. De inkomende nucleotide zijn
ATP, CTP, GTP en UTP. De energie hiervan zorgt voor de polymerase reactiekracht.
Als de polymerase een verkeerde nucleotide invoegt, dan vervangt een watermolecuul de
pyrofosfaat en de nucleotide mono fosfaat komt vrij. (Proofreading).
De oriëntatie van de promotor bepaalt welke streng de coderende en welke de template
streng is.
DNA polymerase RNA polymerase
Voegt deoxyribonucleotiden toe Voegt ribonucleotiden toe
Heeft een primer nodig om te beginnen Kan zonder een primer beginnen met
(DNA primase) transcriberen (hoeft minder nauwkeurig
dan DNA-replicatie want dat draagt
genetische info)
Maakt een fout bij 1 op de 107 nucleotide Maakt een fout bij 1 op de 104 nucleotide
Laat tussendoor los (lagging strand) Blijft tot het einde zitten
Heeft een Mg 2+ molecuul Heeft een Mg 2+ molecuul
,Er kunnen meerdere polymerases tegelijk
actief zijn op één gen, waarbij elk
polymerase hetzelfde RNA-molecuul
synthetiseert, maar op verschillende
momenten gestart is met de transcriptie.
Cells Produce Different Categories of RNA
Molecules **
De RNA-moleculen die getransleerd worden
naar eiwitten, worden messenger-RNA’s (mRNA) genoemd. De RNA’s die niet coderen voor
eiwitten heten noncoding RNA’s.
Ze hebben wel een functie! (enzymatische bijvoorbeeld).
Afkortingen kunnen onderscheiden en toepassen.
Signals Encoded in DNA Tell RNA Polymerase Where to Start and Stop ***
Prokaryoten-> De sigmafactor zit op de polymerase en samen vormen ze het
polymerase holoenzym.
Stap 1: Ze glijden samen langs het DNA en binden als ze een DNA-sequentie
tegenkomen die de promotor is.
Stap 2: Op de promotor opent het holoenzym de dubbele DNA helix
(transcriptiebubbel). De sigmafactor bindt aan de ene streng en
polymerase begint met de transcriptie van de andere streng.
Stap 3: De transcriptie begint met abortive initiation, kleine stukjes RNA (core
enzym zit nog vast) (scrunching).
Stap 4: Als de poly zijn binding met promotor verbreekt (core enzym gaat
los) dan schiet hij los en gaat de sigma factor ook los en die wordt
later hergebruikt.
Stap 5: De elongatie begint nu (verdere transcriptie).
Stap 6: De elongatie stopt zodra hij een terminatie signaal tegen komt op
het DNA. Er wordt dan een hairpin structuur gevormd wat de
polymerase destabiliseert en laat los van het RNA.
Stap 7: Het RNA en het DNA laten los van de polymerase en de sigmafactor
bindt weer aan de polymerase.
, Transcription Start and Stop Signals Are Heterogeneous in Nucleotide Sequence ****
Een consensus nucleotide sequentie is een volgorde van nucleotiden waarin de meest
voorkomende nucleotide in een sequentie met dezelfde functie (bijvoorbeeld een
promotor) wordt weergeven. Het is dus een gemiddelde sequentie.
De sterkte van een promotor wordt gedefinieerd als de hoeveelheid initiaties per unit time
op de promotor. De efficiëntie van zo’n promotor hangt af van hoe sterk de promotor-
sequentie op de consensus-sequentie lijkt. Een promotor voor een veel voorkomend eiwit is
sterker dan voor een eiwit dat weinig voorkomt.
Transcription Initiation in Eukaryotes Requires Many Proteins ****
The Three RNA Polymerases in Eukaryotic
cells
Type of polymerase Genes transcribed
RNA polymerase 1 5.8S, 18S, and 28S rRNA genes
RNA polymerase 2 All protein-coding genes, plus snoRNA
genes, miRNA genes, siRNA genes, lncRNA
genes and most snRNA genes
RNA polymerase 3 tRNA genes, 5S rRNA genes, some snRNA
genes and genes for other small RNAs
The larger the S value, the larger the rRNA
Polymerase 1 en 3 transcriberen genen voor transfer RNA, ribosomaal RNA en kleine RNA’s.
Polymerase 2 transcribeert genen die allemaal coderen voor eiwitten en heeft transcriptie
factoren nodig.
Verschil tussen pro- en eukaryoten transcriptie is dat bij prokaryoten er een sigmafactor
nodig is en bij eukaryoten algemene transcriptiefactoren. Bij eukaryoten kan de transcriptie
alleen beginnen als het DNA in nucleosomen zit ingepakt.
RNA Polymerase 2 Requires a Set of General Transcription Factors *****
Om RNA-polymerase 2 goed op de promotor van eukaryoten DNA te krijgen zijn er
algemene transcriptie factoren nodig. De transcriptiefactoren zijn:
- TF2A - TF2C
- TF2B - TF2D
- TF2H - TF2F (aan polymerase)
De TBP die op de TF2D zit bindt op plek -30, de andere tussen -35 en +30
